HsaINT0026471 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000157445 | CACNA2D3
Description
calcium voltage-gated channel auxiliary subunit alpha2delta 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15460]
Coordinates
chr3:54764218-54816870:+
Coord C1 exon
chr3:54764218-54764351
Coord A exon
chr3:54764352-54816852
Coord C2 exon
chr3:54816853-54816870
Length
52501 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTGAGT
5' ss Score
7.94
3' ss Seq
GTTTTGTTTTCCCCCTTCAGCTC
3' ss Score
10.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTTTTTACCCAGATCTCCACCTTGGCTGATGTGCAGGAGAATGTCATGGAATACCTTCACGTGCTTAGCCGGCCCAAAGTCATCGACCAGGAGCATGATGTGGTGTGGACCGAAGCTTACATTGACAGCACT
Seq A exon
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Vast-tools module Information
Secondary ID
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Mappability confidence:
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Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
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Features
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Domain overlap (PFAM):
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A:
NA
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development