BtaINT0030489 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000013117 | CACNA2D3
Description
calcium channel, voltage-dependent, alpha 2/delta subunit 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:15460]
Coordinates
chr22:46711712-46752470:-
Coord C1 exon
chr22:46752337-46752470
Coord A exon
chr22:46711730-46752336
Coord C2 exon
chr22:46711712-46711729
Length
40607 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
ACTGTGAGT
5' ss Score
7.94
3' ss Seq
TTTTTCTCCTTATTTTTCAGCTC
3' ss Score
11.99
Exon sequences
Seq C1 exon
GATTTTTCACCCAGATCTCCACCTTGGCTGACGTGCAGGAAAATGTCATGGAATACCTCCATGTACTCAGCCGGCCCAAAGTCATCGACCAGGAGCACGATGTGGTGTGGACTGAAGCGTACATTGACAGCACT
Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCCCTCAGGCACAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000013117:ENSBTAT00000061412:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF135191=VWA_2=PD(10.6=42.2),PF0274313=Cache_1=PU(8.2=17.8)
A:
NA
C2:
PF0274313=Cache_1=FE(5.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]