MmuINT0044858 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000025003 | Cyp2c39
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily c, polypeptide 39 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1306818]
Coordinates
chr19:39613344-39635490:+
Coord C1 exon
chr19:39613344-39613520
Coord A exon
chr19:39613521-39635348
Coord C2 exon
chr19:39635349-39635490
Length
21828 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAA
5' ss Score
8.59
3' ss Seq
TTTTATGAAATTACTCATAGGCA
3' ss Score
5.4
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000025003-Cyp2c39:NM_010003:5
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(12.7=100)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: