MmuINT0044880 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000054827 | Cyp2c50
Description
cytochrome P450, family 2, subfamily c, polypeptide 50 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2147497]
Coordinates
chr19:40172445-40185907:+
Coord C1 exon
chr19:40172445-40172632
Coord A exon
chr19:40172633-40185765
Coord C2 exon
chr19:40185766-40185907
Length
13133 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGC
5' ss Score
10.22
3' ss Seq
TCTGTTGTGTGTTGTTCCAGGGG
3' ss Score
9.98
Exon sequences
Seq C1 exon
CTAAAGTCCAGGAAGAAATTGAGCATGTGATCGGCAAGCACCGAAGACCATGCATGCAGGACAGGAGCCACATGCCCTATACTGATGCCATGATTCATGAGGTCCAGAGATTCATTGACCTTGTCCCCAACAGCCTGCCCCATGAAGTGACCTGTGACATTAAATTCAGGAACTACTTCATCCCCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGGACAAATGTAATAACATCACTGTCATCAGTGCTGCGTGATAGCAAAGAGTTCCCCAACCCAGAGAAGTTTGACCCTGGGCACTTTCTAGATGAGAACGGAAAGTTTAAGAAAAGTGACTACTTCATGCCCTTCTCAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000054827-Cyp2c50:NM_001167875:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.016 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0006717=p450=FE(13.5=100)
A:
NA
C2:
PF0006717=p450=FE(10.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: