MmuINT0051252 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000056752 | Dnahc9
Description
dynein, axonemal, heavy chain 9 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1289279]
Coordinates
chr11:65709343-65718903:-
Coord C1 exon
chr11:65718699-65718903
Coord A exon
chr11:65709508-65718698
Coord C2 exon
chr11:65709343-65709507
Length
9191 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGTGT
5' ss Score
6.64
3' ss Seq
TCTCGCTTGATGTTTTACAGTCC
3' ss Score
7.7
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTTATCAAGATTGGAGACAAGGAGTGTGAATTCAATCCCAAGTTCCGGCTCATCCTTCATACCAAGCTGGCCAACCCTCACTACCAGCCTGAGCTGCAGGCTCAGGCTACCCTGATCAACTTCACGGTGACCAGGGATGGCCTGGAGGACCAGCTGCTGGCTGCTGTGGTCAGCATGGAGAGACCAGACCTGGAACAGCTGAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
TCCGATCTCACAAAGCAGCAGAACGGGTTCAAAATCACCCTCAAAACCTTAGAGGACAACCTGCTATCTCGCCTCTCTTCAGCCTCGGGGAACTTCCTGGGAGAAACAGCCTTGGTGGAGAACCTGGAGGTCACCAAGCAGACTGCTGCAGATGTGGAGGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000056752-Dnahc9:NM_001099633:55
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.014 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF127812=AAA_9=FE(29.8=100)
A:
NA
C2:
PF127812=AAA_9=PD(22.8=94.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
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