MmuINT0052879 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000036815 | Dpp10
Description
dipeptidylpeptidase 10 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2442409]
Coordinates
chr1:125249989-125264244:-
Coord C1 exon
chr1:125264175-125264244
Coord A exon
chr1:125250184-125264174
Coord C2 exon
chr1:125249989-125250183
Length
13991 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
AAGTATGCTCATATTTGCAGGGA
3' ss Score
5.47
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GGATGAAGAACCAGGAGGCCAAATGGTGACAGATAAGTTCCATGTTGACTGGGATTCAGTTCTTATTGACACCGATAATGTCATTGTAGCAAGATTTGATGGCAGAGGAAGTGGATTCCAGGGCCTGAAAGTTTTGCAGGAGATTCACAGAAGGATAGGCTCAGTGGAGGCAAAGGACCAAGTAGCTGCTGTAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000036815-Dpp10:NM_199021:19
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0032616=Peptidase_S9=PU(25.4=78.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: