GgaINT0046168 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012156 | DPP10
Description
dipeptidyl-peptidase 10 (non-functional) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20823]
Coordinates
chr7:28700340-28706352:-
Coord C1 exon
chr7:28706283-28706352
Coord A exon
chr7:28700535-28706282
Coord C2 exon
chr7:28700340-28700534
Length
5748 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GATGTAAGT
5' ss Score
9.11
3' ss Seq
TGGTGTGTTGGTATTTGCAGTGA
3' ss Score
5.64
Exon sequences
Seq C1 exon
AACTCCCTTTACAGTTGTCACTGCCGAAAGATTTCACGGATCGGAACCAGTATGCCCTTCTGTTAATGAT
Seq A exon
GTAAGTATCAGTACTGAATCACAGTAGATAATTAAAAATATATATTTCATGGAAAATATTTCATTCTCTAATTAGAAAATGGAATTGTGTGTGTGTGTGAAATTACCTCATGGATTTCAATTGACAAATGAAAATATTTGTTCTAGGGAAGATTTTGCTGTAGGCACTGTCTGGAAGAGATACTTAAAGGTTTTGTGATCTTGTCAAACCTAGTTCTGGTTGATTTTACTTTGATGAGGTAAAGCACTGACCGTTCGGAGGTGTAGCTACAACTAATTCTTCAGTCTTTACTGATCGCTACCCACGGTGATCACTACCCACAGAGGAAATCACATCCAGAGTGTCTGCTTTTTTTTTTTTTTCCTTTTTTTTCCTTGATAGAAAAGGGTAGAGTTTCTGAGAGGGTCTGAGTTAAGATGCATACAGCAAAACAGTGTTTGGGAGCACTGGAAAGAGGACAAATTATTTTTGAGCATCGCTGGCTGAAAGCATTTTATGTGTGATTCAAAGTCTGTTGCTATTTGTAGAAAACATCTGTGGGAGGTGGGAGGTACACTCCAGCAGTGCATGCTGTTTGTTCAAAACAAGATGTGTATTCCTTGCACAGACACTCTTTAGTTTAGGTACACAGAGAACATGTAACAGAGCAGTGGAGCAGAGTCATGAGCATGGCTACAGGCTGCTTGGGCTCAGCCACCTGAGCTCAGCACGTTGGCTATTATGGGTGTAGAGGGCTTTCCTGTATTTACAGTCCTATTTCTGGTCCTTTCTGGCCCTGAATTTTGTTTGTTCCTCTGCAATATAGCTGTGATTCCTAATGACCAAACAACTGGGAAGTTTGTCCTGATGTTAGAGTGCTATTCCAGTGACTTTACTCCTGATTCTTATAGAGGGCTTCACAGCTGTGTTTAATATCTCCAAGAATGAGCTGCCTTCTTCCTGAATGCTTGGCCCTTGTTTAGACCTTCCATTCCCAGATACAATGAATTAATATGAATTTTGCTATCACGTATGTATTTTCATAACTTTGGTAGTGCAATAATAAAACGTTTGCTGAGCTGTATCACCTGGAGCAGACATCCTCTTAATGACAACACAGATCCCTGTTGCTGTGTGTGAGGTCAACTTCACAAGCTTGAGCTGCTGAGTGATGCTGAATTGCTCTATTCAGCTCAATTCTTAGGTGATGGGATAGAGAGGCATGAAACTACCTGTTTCTAGGCCCTGTTTTTCTCAAATCTTAGGTTTTTCAGTGGTATTTACGTGCATTTGTGGAGGCTCTTTTCCTTAAGTGGCTCTTGAACACCTTTTTATTTTCTTGTGGAGAAAGAGGATGCATGGATTATTTTATCTTTGCAATATTTGATAGCGTAATCTTGGAACATGATGGTATTTAAAATGTGCTAAAGTCCAACAGACCATGTGAATCGACACCAGCAGCATTACAGGGAGCTGCAAAAGCTTGAGCTTGTTCTTTTTTCTTAGGGTGCAGAGGCACTAAGGTGTTGGTAGTGTAACACTTCTCTTTTCATGTATCCTAGTAAGTAGATGATCTGCCATACACAGATGTGGTCTGTGGTAACACAGACTTGTTTTCATATATGTTGGAAATTATCAGGAATCACTTCTGTTACCAAAATGATGAAAGATTTAGGCTTAGTGCAAGCAATCAAATATTTTTCTACCTTTAGTAGTCAGTACAATCTTGAGACTGATAGCAGGACAGTAAAGTAGAAAAGAAGGGTTTTTTTACAGCTACAGGAATAACTCATTAGAAGGCTAGCAGAAGTGCAGAGGCATAATTCAAGTATTTGGAAATAGTCTAAGATCTGGGATCTGATAACGCTCTGTGTATTGATAGTCATCTTGCATACCATTCATTTGTTATAAAGAATATTACTCGTTTTAACTGTCAGTTGTTTTAAATGAAGGGTTAATGCTTAGCTACAAGGTGAAAAGTAAAAAAATACACAGTGGATTCCAATACTTGGACTGCAGTACATTTGCAAAGGATGCTTTTTTATTTGGCCAGTCCTTCCCTTGTGAAACAAAAGTTTAATTTCATTGGAGTCCCAAAGTCATATGGTTGACACAATAATTGCTTTGCAGTCCATCCATCCAATGCCTGCATTCATTCAGTCTTTGCCATGCTTGACAGTATTTTACTTCTCGTTATTACTTCTGTTACTGCTAAGTCTCTGATTTTCTTCCTCATTCTTTGAGCTTCATAACCTGTCTCGTGGCCTAGAGGGAAAATTTGTTTAGCTTTAGGCTAAAAGAAGGCCAGGCTTGAGCTTTATCCCAGCTATTTTCTTTGCAGTGTGGACCTGGTGCTGTGGGACTTAATGGATCTTCTCACTCCCCTTCTGTTTTGTCTCATTCTCAGAAATGGCTTGGGGAATGGTCATGATAAGATCTCTCCTCCTTCAGCTACACCTGTCTTTTAGTCTCTTCACTTCCCTTCCAGCAGTACACATTTTATGACATCAATAAAATGCACATTTAATCTTTCTTACAGAAAGACAAGGAGATTCAAAACTTCACCTCCTTTTCTGATAGCACAAGACATGGTTTCACTATAAGAAAAAGACTTTTGTCAGTGATATTTATTTGTGGATAGATTTTATCTTCAGAGATGTAGTCTTTATAGAGTTTGTTATCAGGGTAGCTTTTCCATGTGTAACATCAAATCCGTTGTTTGGAAGAAATTGCAGGAAAGAGATGTGCAGGAAATTAAGCAGCAATGATAACAGTGATTTTCCACTTTCCTTTGGAAATTGTTTTGCCATCTGCTTGGTAAAATGTGCAACTTCTAAAGTTGTTATTAAAATATTGCCACTTGGCTTTTAAATGGTGCATATCCTGGAAGAAATTCTTCTGCAGTCACAATAGCAGAGTGAAAGGAGTAGAGTTCAGAGTACAGCAGCAACAGCCTGATAGCACAGTACTTTTCTCTGTAGGATGTAAATCCTGTCATGGACAGAGACTTCAATTAAAGCTTTTGGTTACAGAATCTGAAAGAGAAGATTCTTCTCTTTTCAGCAGTATGTGGACTTAGATGAGCTGCCCCCTTTTCCAGACATGTATGTAACTGCCTTGCAAGAAAGATTCAAATTAACCCCTAAGGTCGGTGACTTTGGTATGTTCTTGATGGCTTCTGTCTGTTTAAATGGTACCTCAGTGGTGAGCTTTAGCAGTTTGCCCAAGTTGTTAGCAGTAGTGATGACACAGTGAACACAATCAAGAAGTGTAGTTGAGTTGCTGTTGAAGACACAAATGAGGCAGCTCTGAACTTTGCAAATTAAGATTTAAAAAAAAAAAAAAAGTGGAAAAAAAAGAGTAGGTGCAAATGCTATCACATAACAGGAGAATAAACTGAATCAGGAAGTGTTAGGTATCATGTTCATTTGGTTTATTGTGCTCTCGTTGTCTGATTCTGGAGATGACAGGGATACTGTTCCTGAGGGATGACAAAGAAGATATATCTTTGCATGATGTTGCCTTTGACTTTTCTGTAGTACTGTGTCCCTGCTCATCCATAATCAAGTGGGAAGAAGGCTTCTATATTTGAAGAAGCAAATGGAAGCATAAATGGAATGAACTTTCTTTCAGGCTTACTAGTGGGGTCATGAAATAATCCTATAAATAGGGTACCACTGAGTAGAAGTTAATTGTAATTAGGTTGTAAGTAGTGATGAATGTAAGACAAAAGCTGACCTTTGAGAAAGCTGGATTCCCAGGACAAACTTTGCAAATCAGGCTGTGCATCTATTACTGCACTGCAGTAACAAGCCTGCTTTGTTACAGAGCCCTCAGGGTGATGTTCAAACTTACATAAAGGATTAATGCCTTGCAGAAGCCTCATTAAAGGGTAAAAGTGGGGCCTAAGTGATGCATAGAATCAGTGCTGTATCTCTGTGGAGAAGAGTCACGACTCAGGTAATCAGCATCATTTTATAGTAGCAGCTGAAAAGTAAAGAGACCTTTTGATGCTAATGGGAATTTTGACATGTACTTCAGTGTAAATGGCTTTAAATGCCTGCCATGGACTACTTATGTGGTCAGTCTTGAAATAAATTAGCCACTGGCTAAAATACTATGTCCAACAACCCATCAAGAAGGAGCACTAGAGGTGCTTAAAGTCACCTGATCTTAAGCTGTTGCTTTTGGAAACAGTGGTGGAAACTCTGTGAAACTATTGTCAAATGTAGACAGCTTCTGAAAACCTTGCTCTGTACCATTACCATGAATTGAAAGAATTGTTCTGCTCTTGCCCTTATTACAAGTGGTAATTATAATACACTTCTGAAGTTCGTGTTTTCTGCCGAGCTCATCTGACAGTCAGTGTTTCCAAGTTCATTTCTCTGTGTTGTTCACAGCTGTCGCAGTTGTGTGTAATGGCAACTGAAGTGGTTAAGAAAACAAAAAACACCCTGCCTTTCCTTTTATAAACCCACATGTGGAAGATAATGATGAATTGAGCGTAAAATATTTTTACTAACTCTACAGCTAAGTAATCCATATTTCAGTGCATGATGCACAAGCTATGTCTACATGCTAAATCCTACTGAATTTGGGAACATATGTATTCATTATACGCTCGCTAATTAGTAAGACAGCTGCCTTGAAGGTTATGTATGCTATCCTCAACAACAACAAAAAAATGATAATGAATGAGCACCCTATTGCAAATGTGAGACAGTAGTTATTATACAAGACTTTCTTTCCTCTCCTGAGGTTTATATAACTTCCTTAAGCTAAGACTTCTTTTGGCAAAACAATAATTTCTGTCTTCATATGTCTTTCACCTTAGGCAGGATATTTCTGCAGAAACACTGTCCATTCTAATTTCCATACAGCCAACACAGAAATTGTTATATTTTAATTTGCATCCAACTGCCAGATGCAGTCTGCATAGAAGTATTTTGCATTTTGTACAACTTCACAGTAGCCTGTTCTTTTGTTCTGCATTTTTCTTGAGGGAAAAATAATGATAAGTT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Seq C2 exon
TGATGAAGCTCCGGGCAGCCAGTTGGTTACAGATAAATTTCACATTGACTGGGACTCAGTGCTTGTCAACTCTGATAACGTCATCGTAGCTCGATTTGATGGCAGAGGGAGTGGATTTCAAGGCCTTAAGATCCTACAGGAAGTCCACCGATGCTTAGGATCAGTGGAAGTGAAGGACCAAATAGCAGCTGTAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012156:ENSGALT00000019852:19
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0032616=Peptidase_S9=PU(29.4=78.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]