RnoINT0050789 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002595 | Dpp10
Description
dipeptidylpeptidase 10 [Source:RGD Symbol;Acc:1306427]
Coordinates
chr13:39450463-39469764:-
Coord C1 exon
chr13:39469695-39469764
Coord A exon
chr13:39450658-39469694
Coord C2 exon
chr13:39450463-39450657
Length
19037 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
AAATATGTTCACATTTGCAGAGA
3' ss Score
6.82
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
AGATGAAGAACCAGGAGGCCAGATGGTGACAGAAAAATTTCATGTTGACTGGGATTCAGTTCTTATTGACACCGATAATGTCATTGTAGCAAGATTTGATGGCAGAGGAAGTGGATTCCAGGGCCTCAAAGTTTTGCAGGAGATTCACAGAAGGACAGGCTCAGTAGAGGCAAAGGACCAAATAGCAGCTATAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000002595:ENSRNOT00000003527:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0032616=Peptidase_S9=PU(25.4=78.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]