HsaINT0051742 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000175497 | DPP10
Description
dipeptidyl-peptidase 10 (non-functional) [Source:HGNC Symbol;Acc:20823]
Coordinates
chr2:116548863-116572563:+
Coord C1 exon
chr2:116548863-116548932
Coord A exon
chr2:116548933-116572368
Coord C2 exon
chr2:116572369-116572563
Length
23436 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AATGTAAGT
5' ss Score
8.62
3' ss Seq
CAATATGTTGGTATTTGCAGGGA
3' ss Score
5.85
Exon sequences
Seq C1 exon
AACTTCCTTTACAGTTGTCCCTTCCCAAAGATTTTATGGACCGAAACCAGTATGCTCTTCTGTTAATAAT
Seq A exon
GTAAGTATTTTATTTGTTTTTAAAATAAAGGAATCTAAAGATTTTATATTTTTGTGTCTCACATGACAACATTTGATTCAATAAAGAAGAGAAGTCCTATGTGTGTAGTTAATCAGGACAGCTGTCTGTTGTCTAAATTCCTCTAGAAGTCCATCACTAAATCATGTATAAAGATGTGTAAATTTTTTTGAACTTCTTGCATCCCACATGGAGTTTGGTGCTACTGCCAGGAATAGTGACACTAAATAGTTTGATTTGTGGGTGTCTGCTTAGCAATTACTCAAGCCCTGCGCTCTTTATCAGTTGTTTATGCAACATTGTGGAACATGTAATTCCACTGCTAAAACAATGGGTTATGTTTGTATCACTCCTATTGATTTTTCCTCCTGCATGCATGGCCTGCAGTAAGCTGCTCCTATGCTCAGAAAACTTGACTCAAGTTTTTTTCATCTTGAAATTGACTTTGAAGTTAAATATCTTTATACATTTTGTAAGGCTATATCATGACTATATAGTATTAGGCACCGAGGCCCCTAACATCTAATGCGTAACTAACTTGATATTGATTTAGCATTGTATTCCTGAGAGTTATAAGTTATTTCCCTTATTAATATGATCAGGTAGCATATTGATATAATAGTGCTTAAAACAGTCTAAAATTATATCTTTAGATACAATAATTTCTTCAGATATAATATTTAGAAATAGTAAATATGAAAATAACATTGCTTATTATGATCACTGAGTATAGTGGATAAGTATTCAGTCTGTGGAATCGGATTTCCTGGGTTCATATTCTAGTTTTGCTATTTATTAGCTGTGTGTCCTTGGGCAAGTTCCTTAACCTCCTACAAGGCTAAGTTTCTCTAAATATAAAACAATCATTACAATACAACCTGTGTTTTAAGACTGCTTTGTAGACTGAGTGAAATACAACATATAAAGTCCCTTAAACAGTGCCTAACACATATGATTCTTATAATTATTGCGATTATAATTCTTTTTTGTATAGACTGCATTTATTTTATTTAGATATTTTAATATATACAAGCAATTTGTCCCTTTATTTTAACAAACCACATAATACAGAAATAATATAATATTTAATTTTCTCTCTCACTCTAGTGTTCATTTCTAATTCTAATTATTGAGCTTTATATAGTTTCTCATATCCAAACTTTTCTCCCTTGTCCCTAAAAGCCAGAAAGCTCTGAAAGTTCTTAATGTCTCCTTGAGGAAGTTCTTATTTGCTGTTTCTTAATTCATTGTTTTTTTTTCTTGTCTTTTTTACCTAGTTTCTTCTGGTCTATTTTAACTGTATGTATGATTTACTGAGGAAAAATGTTTAAGGCACTAAAACGAGACAAAAAGAAAGCAAAAATCAAACCCATCTTCTATCTCAGTCACGTCTCCCTTTGGTAAAAGGAAATGTTCTTTTGATTCACTGAAAAATAAACTTTCTCAAGGAAGGGACATCCCTCAGGCACATCCTAGGCATCCCTCAGTATGTGATGACCTTCAAAATGGAAGATAAAAGAACTGACTGCCCTTGAAGCATGATATTTATGCAGACGAATGTGTAGATAATTATGCCCACTTGCGTATCCACCTGCTGTAGGGCAGTGTCACACATAGGGGGAAAACCGAATAAGAGTTAACAGAATCTCTTTGTTTTCTGAAACAGATAAGCTAACTGGCTCATCTTGGCATCAGACTTGTGTTTTGTTCTGGTTGATTTTTAGTTTATAAGAGGAATATAAGGACCTACACAAGAAACCAATTTGAAGACTTCTCTTATTGGCAAGGGGCACTTGGGGTTTTTTTTGAGAAGTGGGATTTTGGAGCAAAATGCTGGTTTTGGAGTCAGGTAGGACTGGGTTCAAGTTGGAGTGCTGAGATTTAACAATACACTGCTGAATTTTTTGAATCTTCTGTTGCCTTATAAATAAATTGGGGAAAATAACATGGGATAATATTTCTATTTAAATATATTACCATAGTTTTTGGTAGAGCATAAGCACTTGCAGATAGTCTTTAATAAATCATAAGCAGAATTATAATTATTATTAGTATGGTGCAAAAGTAATTGCAGTCATTATAAATGGCAAAATTATAAGTAATTGCATTACTTATAAATGCAAAAACTGCAATTGCTTTTCTGCCAACCTAATATGGATAATAGTATTTTAAAGTATTTAATGTGATTAATATAAATATTTAATGTGTAATTTAATGCCCATAAAGTTATTCAATAGACAGACACTACTAAAATAGATAAAATAGTGCCGTCAGACCCATGGAATTTACTTTGCTACTTTTTTGGTTGATACAGGAAGAATGAATGAAAATGAGTATAAAATCATTTCTAGTTATACTTTGTTATATATAGTTATATATTGTTTATACTAAATATTAATTGACATTATCCACACTTTTGGGTTTTAGAGGGAAATTATCGAAAGCGTCACAGAATGTGACTTACAAAATCCAAAAGGAGAATTTCTTTTTTTTTAAATTTATACTTACAATATGATCTATTCTTTTAAATTGCATGATTATTTCTAAAACACTATGCTTGAAAACATATAAGGGTCAGAATAGCAAAAGTAGAAAGTGTTTTTTAAGAATTTTAAAAACTGCCCATGATTTAAAGCCATATTTTTTCTCAAGCTTAAAAACTGTTTTCAGTGACAAATTGACTTCCCATTCTAAAAGTAATAATAATTATTATTTTTTTCGCAAATGAGCAATTAGACAGTGATAAACAATAGAGCGACTATTATTTAAATGAGTCTAAGAGGTCATTCAGTGATTTTGGTGTCAGTACTTTATTGCAATTTTGTGCCATATATCTGGTAGCCAACAGAATATGAGCCATTTCTTGATCTGTAGTGATGGGTTTACATCCAAGGAATTATATAATGAATGCATGAGTTAGCGTCAGGCTGCAGCAAGCACCTGAGTGGCTGAAAGAAAGACTGCCCTGGAAGAAAGTGGCCTCTGGCAATTTGGAAACCCAGTTCTGCTCAATCTTCATTATGGATCTTCAAAAGAAATGGTCCTCTGACCTCCCTTGCTTGGTCATATGTTTTGAAACTCAAACTTAATCTCGTAACATTTAAAATGTAAGTGAATCAAAGATCAATGTCAATGTCACATTAAAAAGAGTATGCGGGATGGAGTACATACCACATTAATATTTTTACTGTAGAATATTTTTACCATAATGGAAAAATCTAAGAAGCATTGGCACCATAGATGGATCTCAGTGACCTGAGTTTGCTGTGGTCTCTACGGAGTCATGATCCCCTTTTTCTGAACAACTCCTCCAATTCTCCCTTCAAGTGCCTATTTGTTTTACTCCTGCCTTTCTGTTTAACATTATAGGGAGCCCTTAAGGACCCGGAGTCCTTATTCATTTTTAAACTTATTCTATACACATCTGTATTCATTCCAGCTCTTATAACCTCGTATTGTTCTTTTTTAATATTATTCTTACTTCCTACTCATGTTTATGTAATTTAATACCATACACGTCTACCACATTGCTTTTACATATGAGAAGCCGTGTTAATGGCTATGGGGAGATAACAAGATTGCAAGCATCTTGAAGTCTATAATAGTTATTTGGGTTTGTTCAGTCTATCTCCGCAATGCCTAATACACAGAACTTACTGACTATCCTGTAATTACCAAATAGTGCCAAGACTGAAGGTGTTGTGGAAAATGCCCTGCACTTGCAGACGTTCATTTGGTAAACAAACAAATATGAATCTAATATACTTAGATGCTGATAAAAGCAATCCAGAAGGTTGTACTGTTATTTAAAAAGAAGGGATTTTTGTTTTTGTTTTTATTTTCTGTCCCTCTGAAGAGGAGCAGCATCAGCTCAGGAGTTTATTTCAGTACCAAGGGCCCGTCATCTCTTCCCATTTTCTACTTTTTCATGCTCAAGTTATCTTGCCACACTCGTTAAAGGTCTAATAAGGGAGGCAGTAAATGTTCAACAGATTATATTAACTTCCAGAATGCAACATATGCTATCTTGCCTCCATGACTTTCTTTCCTTTCTCTGAATTCACCTTCCTTGAAATCCCAAGAAATTCATGGTCATCCATCAAGTCTTATCTTCCTGGAGCTTTCTTCCATTCTCCTCCTCTGTCAGCCTATGGATCAGGTCATTCTAACCGGAGAGCATTATTCATTTTTATCTAGAGTCTCATCACTGAATGTTCTGTGTATCAGAATCCTATAATTGGGTCATCTTGGTAGAAGTGATCTGTTTTCTATATAAGTATTCTTTCAAACAGCATGATATAAGTAACTGATCATTCACAATGAGGGAATATATTCAGTTATTCATATCCAACAGTCAAGATAACATCATTGCTGGTTTGTTATACACACATTTCATTTCCTCAAACAACTTGAAATATTGTTTAATATTTTAATTAGCATCAAGCTTCAGACAAGTCAGACATCCTATCTGGATGACTGAACTCTAACCTGCTATACTATTCTCTACTTACACTTCCTTTCTTTAGTTTATTGCTTTTTGCTCTCTCTCTCTTTTAGTTGCTTTTCCACTCTGCTGCTAGGTTGAACTTGGCAAAATCCATATCTGAGAATGTAGCCCTCCTATCTAAAATCTTCTCATTATTCATTCATCATTGATTAAAGCTCTGCGTTTTCCCTCACACTACGTAACAGTCTTCATGATATATTTTCTATTTTTCTCTTCGTTTTTATCTCACATCAGCCACCCCCAAAGAGAAATCCCATCCTTTAGACAGACTGCTTTGTTCTGGGGAACACCACCACTTCAATCATCACTTGTGTTTTCACATAGCCTCCCAGTGCCCTGAGTTTGCCTGCCCACCTGGAGAAGTTCTCTTAAGACTTCCAGACACACTTCCAGATAACTTTATGCACACCGCTATTACAAACATGTAACCATACCAGATTACAACATTTACTTTGCTTTCTCTCCTGTTAAACTG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000175497-DPP10:NM_020868:19
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
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Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)