MmuINT0084427 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000030102 | Itpr1
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:96623]
Coordinates
chr6:108164197-108187079:+
Coord C1 exon
chr6:108164197-108164272
Coord A exon
chr6:108164273-108186971
Coord C2 exon
chr6:108186972-108187079
Length
22699 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
GCATGTTTTACTTTGTCTAGGCT
3' ss Score
5.25
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCTGATTACAAGGGACCAGGATTTGCATCCTTGGCTGGGCGTCCATTGGCTACAGAGTGCCTGACCTGGGTCAG
Seq A exon
GTGAGTGTGCGAGCCGAGTGCTGTAGTCAAAAATGGGTTTTTGTCCTAAGCATTTTCTAAGTCCTCTTGTAGCTGCCATAGAGGTAAAGTAGGGAAAAGAAAGACACCGTGGTCAAAATTGGTCATGGTCTTGGGTGAGTAAAGGTCTAGTGACAGCCACTTTTGAAGGTCGCTCAGAAGTGAAGCATGGCGGGGTGAGGGGGGTGGGGTGGGGAAGATGTCGGTAAGCGACCACAACGTGCAGTTAAAGGGACTGTAAAGTGGGTGGTCCCTTACCAGCCTGAGAGGAGCCCTCATTAGTTTAATTCCCAAAGATGCAGAACTTTTCATCTGCCAAGATCCCTAAGCAAGAGTGAGATACCCCTCCCTTTCACAAACTGTCACTTTGTTCTGTTCGGTTGTGGGCATGCCTGTACCCAGAATGGGCTGGGCTGCAAGAAATGAAAGTGACAAATTGAAAGAATGAGAACTTAAAAACGGGAAGGAAGAGCTTAAAGAATACTACAGTCGCTTCCAGGGTTTCACTGGAGCCACCTGAATGTCAAGGAACCCAGCGGGCTTCTCTTGCTTTGGGACCTGTTCCTGGATGAGGAGCTGAGGGCAGGCAGCATTTCTGTCAGTATAATGGCATATTTAAAACCATCACAGCCCGTTTCTAGAAAATAAAGCTTCTGTAGGTACAGGTGCCACTATGGTTTCAGGTTTGGCCATTGGATTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTCCTAAAATGTCTGGGAATTGAGTAAACAACAAGTTAATAGGGGTGGGTGGTGAGCTGTGGGCAGCTGGTCCTTGGTAACTTCTTTAATGTCCTAAATATTTAGCTGTTCCCTGGGCTACAATCTTTGGGCTTTTCTAATTAGTGAATAAAAGCCAGATACTTCATTATGGTAGTAGAATGCTTTTGTTTCCTGTTGATAAGGTCCTCAGGAATACTGGCAGAGCGGGAAACATTTGGAAGGGAAGGCTAGTTCTTCTGTGGACTTAAGTCTATGTTGATTAAAGCTTGGGGTCAGCCTTCTCTTTGAAGTACATTACAGACGAGGTTAACTGGTCCACAGACTCTTCTCTATCTTTTGCCTAAAAATAATGAGGCTGTTCCATTAGGTAGTAGCAAGCCAGCTGCAGAGCTGTATCCCAGAAGACCTTAGATGTGGGTAAAGAAACCAAGATACAGAATGAAGTCACTGGGCAGCCCGGGCAGTAATGTGTACCGCTTGTGTTTAAGTTTATGGAGAACTGGGCGGGGGGTGGGGGGAGATGCTAGGAAAAATAGTAAACATATTGATCTTAATGCATTAACTTATTTATGTCTTACCAACAATGTACAAGCTATTCTTAGTTTGATGTATGAAGAAAATGATAGCGCCATTGGCAGGGATAAAAGACTGTAGGTATTTGTAGGAGGATTTGACGTTGGGCTGAATTCATTTTGGAAAGCTCTGTGTTGAAAGCTTGAATCAGGACAGTTAAGGAAAACCAGAGGAAAGCCAGTGTCTCCGTGCAGCCTTAGGCCTGGCTCATATCTGAAGTATAGCGTGGTCATTCACATCACGGCACCTGAGCAGGTTTGAAGGAGTCAGGTGTGTCTCTACGTGAATAATTGGAGAGCTTAAACCGCTTTAGTTTTACCTGTGGAATGTTGGTAGCTTGTCCTGTGGCCTCTGGCTTGCCTGGCAACTAGTTGTTGCAGTGGTTTTCTTCTCCATTCCTTTCTTTCTTTCCCCATTTCTTTCATGGATGTGTGCATTGCATGAGTATACGGGGCAAGCACAATCTGCTCTTGACTAAATCAATTCGGAACAGAAAATCTCATCAAGATTTCCTTCTAACTAAGCAAGGGAAGTTCTTTATGTTCCAAATGAATCACTCCGGCCTCTCCATCGAAGCCCGCCCAGGAAAGTCACTGAGGCATTATTACCCATGCAAAAAGGTGGCTCCTTTTGCCAGCCTCCCTTGAGGAATGGGAGGAGCAGTGGTGGCTTAGAAGAGAAATAGGTTAGTGCCACAAGAACAATCTGTTGACTTTGCCCTCAAAGTGGTTTCAGCTGCAAAAACACTAGACCGTGGAGGTGGGGTGGGAATGGGACACTCTGGAACTAATTCAATGGTGTGCAAGGAAAGGACTTGAGAAAACTTCACATGGCTTCTTAGCTAATAATGATCTCATGGAGATTCTGTTCTACTTTTTTTTTTTTTTTTAAATACAGGCAGCTCTTTTAAAACAAACCAAATGAAACAACAGATACCAAATACGAACAACAGACAAAAAAAAAAAATCTTCCAAAATAAAAGCAGTCCTGGAGTTAGGTTTCTAGGTCAAGCTGTCCTTGGATACTTCTAATTAAGGAATCTACACAAGGACAGTGTTCTGTCTTGTCTGCTATTGGTTTGATGTTTTAAAATAAAATGCATTGCACTTACAGATCCCTGATACCTAGAATTGCATGCAGTTGTGTTAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTATGTTTTGCTGTTGAAGTTTGAGGACTACACTTAGGCTTGAAGTCAATGGTATGAATTACAGTACTTGTGTGGGTCCTTCTACCTGTTAGAGTGTCCAGGAGTGTTCTGAGAAGATTCCTAGTGGGAAAGGAGCTAAATGAACACCTGAAGCCGCCACCTGGTAGACCATGAGATTCCCTAGGCTGCTCAGAGTTGAAATCAAAGCTGTCGGTGAACCCGTGGACCTCACTGACTTTCACCCTGCTACAATTGTTACCATTCGTGTGTCTCTGTGTTGCTGAGTCCACAGATTTCTTGAATACCTGCTACGTGCCAACTGTGCTCTAGGTGCCTTGGGTATGGCAATGAGCAATCAAGTTGGTTCCTCGGGGCTTTAGTAGGAGCCAGTGGGAAGTGATCAGCGAAAACAAACAGGTATCGTAGTATGGCAGGTGCAGAGAGTTGTGGAGCAAAAGTCAACAAGGAGGGGATGAACAGAGAATAAGCGAGTGGACAAGATGTGGAAAAATGGGAGTGCTTGTGTATTGTTGGTGGGAATGCAAGAGATACGTCTTAGATACAACAGCATGGTAGCTCCTGAAAATATGAAACAGAATTATTATATGATTTGACGGTTCCATGTGTAGTTCTCTGAGGAATTTGAAGCAAGAACTGAAGCAGTTGTTTGATATTGAAAGTGACCTCACTAATGTTAGCCTAAAGGCCAAAATGAAACCCCAAAGTATCTATGGATATATGAGCGAAAACCAAAGTGCTCTTTATATGTTCAGGGAGCTGTTAGTAAGCCCAGAAAAGGAAGAAACTTGGTTCCCAGTGTATTCAAACCAAGGACACACTTTGTAACTGAAAGAAGCCAGGCATCAGCAGGTACACATTGCATGATACACATAGTGTAAAGTGGCCCTCATGAATATTCAGATTGATAGAGCCAGAATGGGGACTGATGAAGTTCTCAGGAGCTACAGAAAGGGGAAGGTGGATTAAAGGACACAGGCTTTCTGTTTTAAACATTAAAAAATCCTGCAAATTGATATGTATTATCTAAATAAAAAATGAAAAACAAAAGTTTGAAGGGTGTTAAGGGTGTATTAGGGTTGGGAGGTAAGGCAGGGTTCTTCACTGTGGTGACATTGAGGACAGCGCTGAAGGAAGTGAGCCAGATAACCATGTAGATGTTCTAGGAGTCCAGAGCAGAAAGTGCAAAAACCCTGAGGTGGATGGAGGTGGGCATGTTGGAGACAGGGCTCAGGAGGCTGGAGTGGCTGCAGGTAGGCAGCAGGGGGAAGCCTTGAGGTGGGAGGGTGGTCAGGGTCCAGGGGCAAAGGCCGGATTTTGCAGATCAGCGCTTCTGAGGATTTCTGAACCCTGACAGGGTCCTCAGTGTGGTTTTCATTTGCAGCATTGCTGAACTCCACTGTGCTCTCTAAAGGGACTGGCCAGGCTGGCAAGACCACATGCCAGCTGGAAACTTGATACAGGGGGCATTAGGGAGACCTAGATTTCTAGACTGGTCTGTCATGTGACATTTCCTGGCACTGAAGTCCGCTTAAGTAGGAAAGGAGTCTCCTCTGCTGAAGAATAGAGCTGGCCTTTGCTTTGCTCATCATGTCCTAAGACCCATCTGGTGGTCCTGGGGTTCCTGTGGCCGTGTGGCCACCCTGCTGCCCACCAGACTTCACTTGGGAAAGTCCTGACAATGAGCGCCATGTTCTCACCATCCCTAGGTGTGAGAAGCTCCACATTAGTGGATTCTCCTTGAAAGAGACACCCTCACAGGGGCAGAACTCACACCCCTCACTGCATCACTACAGAGATTACGGGTTCATTGTCAAACACTGGGAAGCAATGGCCAAGCCACACAGCAAAACAATGAATCTGTCTTAGCCATCTGAGACTCAGTTCCCAGGCTTTTCACCATGTGTAGAAATTAGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGGGCGCCAACTGCTCTTTTAGAAGATCCAGGTTCAAATCCCAGCACCTACATGGCAGCTCACAACTGCCTGTAACTTCAAGATCTGACACTGTCACATAGACAAACATGCAGGCAAAACACCAGTGCACATAAAGTAAAGGGAAAAAAATAAATACATATTTGAAAAGTTAGATGAGTGTTTGAATCTCATAATCACAGCACCTCCCACTTGCTCTCTTTCCTTTTGTTCACAGTTGCACCTCTTTTCTCACTAGCCGGAAGATACCTGATACCTGTATTTTTTTTTTTCCTCCAAAAGTCTGTCCCTCTGATGGTATTTTATTTCATTAAGAAAAAAAAGTTTGTATTTTGGGAGTTTTGCCTGCATTTATATAAGTGCACTGCATACATGCCCGGTGCCCTCAGAAGCCAGAGTAGACACTGGAGCCCCTGAACTGGAGTTCCAGATGCTGTGTGCCATCGTGCAGGTGGTGGGAGCAAAACCTCAGTCCCCTGGAAAAGGAGCAAGTGCTATTGACTGCTGAACCATCCCTCCAG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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000030102-Itpr1:NM_010585:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF087096=Ins145_P3_rec=PU(11.9=87.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: