HsaINT0083192 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000150995 | ITPR1
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor, type 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:6180]
Coordinates
chr3:4536115-4558267:+
Coord C1 exon
chr3:4536115-4536190
Coord A exon
chr3:4536191-4558159
Coord C2 exon
chr3:4558160-4558267
Length
21969 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
GCATATTTTACTTTGTCTAGGAT
3' ss Score
6.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCTGACTACAGAGGAGCAGGATTTGCACCCCTCGCTGGGCTTGCTTTGGCAACAGAGTGCCTGACCCAGGTCAG
Seq A exon
GTGAGTGTGGAAGCCTGAGTGCTGTAGTCAATAATGAGTTTTTGTCCTAAGCCTATTTTAAGTTCTATCTAAACCGCCAAGGAGGTGGGGAGTAAGAAAGAAAAAGAAACTCCGTGGCTCAGTCTTCAAAATTTGCCTCTGCCTTTGGTGAGGGCTTTTGGGAGCAGAGGTCCAGTGGACAGTCCGTTTCTTGGAAGTAGCTGAGAATTGAAGGAGCCTGAAAGTTTATGAGAGAGGAGGGGAAAAGGCCATTAAATGGAGCAATAAAACGGCGGCCCATTGCCGGTCTGAAAAGCATGCTGATGATTTAAATTCTGAAGGATACAGTGCATTTCATATGCCAAAATGTGTAAGCAGTATTAACTGCCTCTCTCCTTCAAGAAATAGTCACTCTTTTCTAATTTTGAACGTGTGCTTAATCAGAGTAGGTTGGATTGCAAGAAATGAAAGTGGTTGCTGCAAGTTGAAAGAATTAGAACTTTAAAAAGGGAAGTGAGTTATTGAAGCTTAAGGTGGTAGCATCCAGCCCTTGACTCAAGCCACCTGAGTGTCAAGGAATCTGGCAGGTCCCTGTTGTTTTGGGGCCCGTGGTGGAATATGAGCTGAGAGCAGCATTTATCTGTAAACACAACAGTTCCTATTTTTTCCCCAAAATGGTCAGACTGCATTTGAAGAGTGGGAGGTTTCAACGGGTGCACGTACATCACTATTGCTGCAGATTTGGCTATCAGGAGTTTTTTCTCCTGAAATGTTCAGGAACATGGTAAATAACAGGGTAACAGAGGTAGGTGGGGGTGGGTGGCTGGGTCTTAATAACTTTTTTAACATTCTAAATATTTAGCTGTTCCCTGGGCTACAATCTTTGGGCTTTTCTAATGAGAAAATAAAAGTCAGACACTTCATTATAGTGGTATAGTGCTTTTGTTTCCTGTTGATAAGATCCTCAGGAGTACTGGCGGAGTGAGAAGCATTTGGATGTGAGAACTCTAGTTTCTTCTTGGAGTTCTGTTGACTCACATGGCTGTGTGGGTGCTCATAGAGCCAAGGATTAGGCCCAGTTCCCCTTTTCAGAATTAGCTGTACAGCAAGGAAAAACTGGTCCACAGACTCTTTTCTAACTGGTTGCTAAAAATAATAAGATGGACACATTAAGTACTTGTAAGCCAGGTCCAGAGCCATGTATCTCAGAAACCCTGTGCGTCAGATGCAGGTGAAGAAACTGAGGTGCAGAGAGTGAAATCACTTGCCCAGTAGCTAGTACAAAGTAGGAGCAGGGTGTAACCTCAGGCGGTGAGGCTGTACTGCATCCCACAAATGGACCTCAGTTGATTTGGGGATGCTGGTGGTGAGAGGGAAGCTAGGAAAAATGGTAAACTTACTGCTACTGATGAAATAACTTGCATACCTCCCACCAATGATGAAATAATACATAACATTGATGTAAGAAGGAAAGGATGTAGCCACAAACATAGGGATAAAAGAGTGCAGATATTTGAGGAGGTATTAGATACTGTAATGAGTTCATTTTGGAAAGCCTGAATGGGGAGAGTAAAAAGAAACAAAACCACAAGGAACATTATGTAAGTTAAGCATTAGGCTCACCTCCTAGCTGAAATACATCTTGATTGTTTACATCAAAGAATCTGAGTAGGTTAAAAGGATCAGGCGTTTCCCCATCTGAATAATTCGAAAGTTTAAACTGCAGTTAGACTGCAATGTGAAATGTTGATACCTTTTCATATACCTTCCAGTTTGCTTTGCAGCCAGTTGTGCAGACGTTTTTGTTCTCCATTTTTTCTTTCAAGTTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCATATGTACACTGAAAGTACAATCTGCTCTTTGAATAATTCAAATCAGAACAGAAAATCCTTTCAAGATATCATTCTTATCAGGCAGGGAAAGTTCTTCATGTTCTAAGTGAATTACTCTGGCTCTTGCCTTGAGACCCATGAAAGTCATTTGGGGTTGACAATGGTATCTATTTAAACCAAGTGATTGTCTTTTGGAGGGAATTGGCATCTTTTCTTTAGGAATGAGAAGTGGAATGGTTGCTTAGAAAAAAAGAGATAGATGAACTCCACAGAAAGATCAAGAGTCTTTTCTTCAAAATATTTTTAAGTGAGGAAGATCAGGGTGTTGGTATTGCGGGGAGGGAGGAGAGTGGGCAGAGAGAAAGATAAAAAAGAAACCTTTAATCCAATGGTGTGCAACCAACTGACTTCCAGAGGGGGGAATATCACATGGCTTTTCAACTCATTTATAAAGATATCATGGAAACTGTCTGATTTCTTCATGAGCAGCTCTTAGAAAACAAACAAAAATAAAACAAACACCAAATATGAACAACAGAAAAAAACAGCCAAAATAAAAGTAGGCCTGGAGTTAGGTTTCTAGGTCAAGCTGTCTTTGGCTACATCTAATTAAGGAGTCTCCACAGGGCCAGTGTCTATCTTGTTTACTATTGGTTTGATTTTTAAAAATAAAACACATTGCATTTGCAGGCTGTCTGTTAACCAGAAGTCCATGCAGTTTTTTTTTTTTCCATTTTTGCTGTTTTAAGTTTGTGCATAGCTCAATTGATGAATGCAATTAAGGCTTGAAGTCGGTGATGTGAATGACATAACTTCTATGATTCCTTACAATTCTCTTGGTTTCTGTGGTTCTGAGATGATTGCTAATGAGAATAAGCCAGATACACCACTGAAACCGTCACCCATTCAACTTTGAGATTTCTAAATTGGATGTAGTTTAAGGCACATGGTGTGGTAAATCTATTTAACAGACTCTAAGACCTGTTCAAGTTGTGTGCGATTCAAATGTTTTATTCTTTATTCAACAAATTTCTTGAGCACCTGCTATGTACTAAGATGTATTCCAGGTGCTCAGGATATAGCAATGAACAAACCATCCCGTTCCCAAGAGGCTTACATCTCAGTTGGTGGGAGGCAGCCAATATAAATAAACAAGTAAGTATTATAGTATTAGAGGTAGTAAAAGCTATGGAGAAAAAGAAAACTGGTTAAAGGGGGAACAGAAAATAACAAGTGGAGAAATTAGATCCCTTGTGCATTGCCGGTGGGAATGTAAAATGGTGAAGCTGCTGTGGAAAACAGCATGGCAGTTACTAAAAAAAATTAAACATAAAATTACTATATGTCCCAGCAATTCCACTTCAAGGTATATACTTTAAAAAATTGAAAGTAGGGACGTGAGCAGATATTTGTACACCTGTGTCAGTAGAAGCATTATCACAGTAGCCAAAAGGTAGAAACAACACAAGTCTACTGATGAATGAACAGATAAAATGTGAAATATACATACAATGGAATATTATTCAGCCTTAAAAAGGGAATTCTGACACATGCTACAATGTGGATGAACCTTGAAAACATGCTAAGTGAAACAAGCCAGAAATAAAAGGACACATATTTTATGATTTTTCTTATAGAGGCATCTAGAGTAGTCAGATCCCTGCAGACAGAAAGTAGAATGGGGATTGCTGGGGGAGATAGAAGACAGGAAGGGGGAGTTAGTGTTTATTGAGGATAGAGTTTCAGTTTGGAAAGATGAAAAAGTTCTGGAAATGGATGGTGGTGATGTCACACAACAGTGTGAATGTACTTAGTGCCACTGAGTTATAACATTTCAAAGTGGTATATTTTATGTTATGTATATTTTACAGTAATTTTAAAAAGCAACAAAACATGATGAGGGGTATTAAGGGAGTACTCAGGTGGGGATTAGATCTTTACTACATGACATCTCAGCACAGATCTGAAGGAGGCAAACGAGTTGACCCTGTAGCTGTCAGGGAAAAAGTGTGTTCCAAATGTCAGAGCAGCAAGTACAGAGGCCCTGAGATAGGAGTGTTTGTGACATGTTGGAGGAAGGAGAAGAAGGCCAGGGGAGAGTGCTAGGAGTTCAGGAGGGAGAGGGAGTCAAGGTCCAGACCTGTAGGGACCAGATTTTGCAGGTCAACAGTGGTTTATCTGAGGACTTGTAAACTCTCACGGAATTCTCAGTGTGGTTTTCAACATCACAAAACTACATTGTCCTTTCTGAAGAGACTCTGGTAAGGTTGGCAGGATCACATACCAGATGGGAACTCGATAGGGGGTAAAACCCAGATTTCTGGACTGTCTGGTTAATGACAGGACTTACCTGGAGTTGTAATTCACTTCAGTAGAAAAGGAAAGTTTGACAAATAGGTGAACGTACAGTTGACTTGGAGAGCAAATTGTAAGAACATAATGATAATCCTGGAGTTTCAACACAAACCTATGTCTTACCGCCACCCTGCGTTGTATCCAGTGTCGTTTTAAGAGATATTTACAAGGAGGACTAATATTCTGCTCTCCAGCATCCTTGAGGAATTAGAAGCTTCACATCAGTGATTCTCCTTAATAAGTGAAGTGGACCCCTGCACATGTGCAAACTTAAAGCAAACCTCAAATTTTGTTACTTATTACATAAGATATACATATTCATGTAGCACACACCTTGGACTCGGCTACTCAGGGGACGGAGGCAGGAGAATTACTTGAGCCCGGGGGTTTGAGGCTGTAATATACTATGATTGCATCTGTGATAGCTACTGTACTCCAGCAAGACCCCATCTCTGTTAAAAAAATTTTTTTAAGGAGAAAAAGATAGCATATTCATTGTAGTGCAACATTAGGAAATAAAGAGGAGCAATGAAACAAAACAAAACAATTCAACTATTAGAGATTAGGGTTTCAGGCTTTTCCTCTAAGTATGCATATGTAAAATTTACGTATATATTTAAATTTCATAAAAAGGGACTAACACAGTATCTCTCATTTGGTAAATTACCTTTTGTACATCTTGAACATCTTTTTAATAAACAGACATCTGTGTCTCATTTTTCTAAATGTGCCTACCCCTTTGATGGCCTTTCATTTTTATTGAGTCTAGGTTTATACTTCCCTGATATATATACATATATAAATAGATAT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Seq C2 exon
GATTTTCAAGAAAGACATGTCTGACAAAATGTCTAGCTTCCTACATATTGGAGACATTTGTTCTCTGTACGCGGAGGGATCGACAAATGGATTTATTAGCACCTTGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
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Average complexity
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Mappability confidence:
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Protein Impact
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Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
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Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)