HsaINT0083192 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000150995 | ITPR1
Description
inositol 1,4,5-trisphosphate receptor type 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:6180]
Coordinates
chr3:4494431-4516583:+
Coord C1 exon
chr3:4494431-4494506
Coord A exon
chr3:4494507-4516475
Coord C2 exon
chr3:4516476-4516583
Length
21969 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGT
5' ss Score
10.67
3' ss Seq
GCATATTTTACTTTGTCTAGGAT
3' ss Score
6.16
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGCTGACTACAGAGGAGCAGGATTTGCACCCCTCGCTGGGCTTGCTTTGGCAACAGAGTGCCTGACCCAGGTCAG
Seq A exon
GTGAGTGTGGAAGCCTGAGTGCTGTAGTCAATAATGAGTTTTTGTCCTAAGCCTATTTTAAGTTCTATCTAAACCGCCAAGGAGGTGGGGAGTAAGAAAGAAAAAGAAACTCCGTGGCTCAGTCTTCAAAATTTGCCTCTGCCTTTGGTGAGGGCTTTTGGGAGCAGAGGTCCAGTGGACAGTCCGTTTCTTGGAAGTAGCTGAGAATTGAAGGAGCCTGAAAGTTTATGAGAGAGGAGGGGAAAAGGCCATTAAATGGAGCAATAAAACGGCGGCCCATTGCCGGTCTGAAAAGCATGCTGATGATTTAAATTCTGAAGGATACAGTGCATTTCATATGCCAAAATGTGTAAGCAGTATTAACTGCCTCTCTCCTTCAAGAAATAGTCACTCTTTTCTAATTTTGAACGTGTGCTTAATCAGAGTAGGTTGGATTGCAAGAAATGAAAGTGGTTGCTGCAAGTTGAAAGAATTAGAACTTTAAAAAGGGAAGTGAGTTATTGAAGCTTAAGGTGGTAGCATCCAGCCCTTGACTCAAGCCACCTGAGTGTCAAGGAATCTGGCAGGTCCCTGTTGTTTTGGGGCCCGTGGTGGAATATGAGCTGAGAGCAGCATTTATCTGTAAACACAACAGTTCCTATTTTTTCCCCAAAATGGTCAGACTGCATTTGAAGAGTGGGAGGTTTCAACGGGTGCACGTACATCACTATTGCTGCAGATTTGGCTATCAGGAGTTTTTTCTCCTGAAATGTTCAGGAACATGGTAAATAACAGGGTAACAGAGGTAGGTGGGGGTGGGTGGCTGGGTCTTAATAACTTTTTTAACATTCTAAATATTTAGCTGTTCCCTGGGCTACAATCTTTGGGCTTTTCTAATGAGAAAATAAAAGTCAGACACTTCATTATAGTGGTATAGTGCTTTTGTTTCCTGTTGATAAGATCCTCAGGAGTACTGGCGGAGTGAGAAGCATTTGGATGTGAGAACTCTAGTTTCTTCTTGGAGTTCTGTTGACTCACATGGCTGTGTGGGTGCTCATAGAGCCAAGGATTAGGCCCAGTTCCCCTTTTCAGAATTAGCTGTACAGCAAGGAAAAACTGGTCCACAGACTCTTTTCTAACTGGTTGCTAAAAATAATAAGATGGACACATTAAGTACTTGTAAGCCAGGTCCAGAGCCATGTATCTCAGAAACCCTGTGCGTCAGATGCAGGTGAAGAAACTGAGGTGCAGAGAGTGAAATCACTTGCCCAGTAGCTAGTACAAAGTAGGAGCAGGGTGTAACCTCAGGCGGTGAGGCTGTACTGCATCCCACAAATGGACCTCAGTTGATTTGGGGATGCTGGTGGTGAGAGGGAAGCTAGGAAAAATGGTAAACTTACTGCTACTGATGAAATAACTTGCATACCTCCCACCAATGATGAAATAATACATAACATTGATGTAAGAAGGAAAGGATGTAGCCACAAACATAGGGATAAAAGAGTGCAGATATTTGAGGAGGTATTAGATACTGTAATGAGTTCATTTTGGAAAGCCTGAATGGGGAGAGTAAAAAGAAACAAAACCACAAGGAACATTATGTAAGTTAAGCATTAGGCTCACCTCCTAGCTGAAATACATCTTGATTGTTTACATCAAAGAATCTGAGTAGGTTAAAAGGATCAGGCGTTTCCCCATCTGAATAATTCGAAAGTTTAAACTGCAGTTAGACTGCAATGTGAAATGTTGATACCTTTTCATATACCTTCCAGTTTGCTTTGCAGCCAGTTGTGCAGACGTTTTTGTTCTCCATTTTTTCTTTCAAGTTCATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGCATATGTACACTGAAAGTACAATCTGCTCTTTGAATAATTCAAATCAGAACAGAAAATCCTTTCAAGATATCATTCTTATCAGGCAGGGAAAGTTCTTCATGTTCTAAGTGAATTACTCTGGCTCTTGCCTTGAGACCCATGAAAGTCATTTGGGGTTGACAATGGTATCTATTTAAACCAAGTGATTGTCTTTTGGAGGGAATTGGCATCTTTTCTTTAGGAATGAGAAGTGGAATGGTTGCTTAGAAAAAAAGAGATAGATGAACTCCACAGAAAGATCAAGAGTCTTTTCTTCAAAATATTTTTAAGTGAGGAAGATCAGGGTGTTGGTATTGCGGGGAGGGAGGAGAGTGGGCAGAGAGAAAGATAAAAAAGAAACCTTTAATCCAATGGTGTGCAACCAACTGACTTCCAGAGGGGGGAATATCACATGGCTTTTCAACTCATTTATAAAGATATCATGGAAACTGTCTGATTTCTTCATGAGCAGCTCTTAGAAAACAAACAAAAATAAAACAAACACCAAATATGAACAACAGAAAAAAACAGCCAAAATAAAAGTAGGCCTGGAGTTAGGTTTCTAGGTCAAGCTGTCTTTGGCTACATCTAATTAAGGAGTCTCCACAGGGCCAGTGTCTATCTTGTTTACTATTGGTTTGATTTTTAAAAATAAAACACATTGCATTTGCAGGCTGTCTGTTAACCAGAAGTCCATGCAGTTTTTTTTTTTTCCATTTTTGCTGTTTTAAGTTTGTGCATAGCTCAATTGATGAATGCAATTAAGGCTTGAAGTCGGTGATGTGAATGACATAACTTCTATGATTCCTTACAATTCTCTTGGTTTCTGTGGTTCTGAGATGATTGCTAATGAGAATAAGCCAGATACACCACTGAAACCGTCACCCATTCAACTTTGAGATTTCTAAATTGGATGTAGTTTAAGGCACATGGTGTGGTAAATCTATTTAACAGACTCTAAGACCTGTTCAAGTTGTGTGCGATTCAAATGTTTTATTCTTTATTCAACAAATTTCTTGAGCACCTGCTATGTACTAAGATGTATTCCAGGTGCTCAGGATATAGCAATGAACAAACCATCCCGTTCCCAAGAGGCTTACATCTCAGTTGGTGGGAGGCAGCCAATATAAATAAACAAGTAAGTATTATAGTATTAGAGGTAGTAAAAGCTATGGAGAAAAAGAAAACTGGTTAAAGGGGGAACAGAAAATAACAAGTGGAGAAATTAGATCCCTTGTGCATTGCCGGTGGGAATGTAAAATGGTGAAGCTGCTGTGGAAAACAGCATGGCAGTTACTAAAAAAAATTAAACATAAAATTACTATATGTCCCAGCAATTCCACTTCAAGGTATATACTTTAAAAAATTGAAAGTAGGGACGTGAGCAGATATTTGTACACCTGTGTCAGTAGAAGCATTATCACAGTAGCCAAAAGGTAGAAACAACACAAGTCTACTGATGAATGAACAGATAAAATGTGAAATATACATACAATGGAATATTATTCAGCCTTAAAAAGGGAATTCTGACACATGCTACAATGTGGATGAACCTTGAAAACATGCTAAGTGAAACAAGCCAGAAATAAAAGGACACATATTTTATGATTTTTCTTATAGAGGCATCTAGAGTAGTCAGATCCCTGCAGACAGAAAGTAGAATGGGGATTGCTGGGGGAGATAGAAGACAGGAAGGGGGAGTTAGTGTTTATTGAGGATAGAGTTTCAGTTTGGAAAGATGAAAAAGTTCTGGAAATGGATGGTGGTGATGTCACACAACAGTGTGAATGTACTTAGTGCCACTGAGTTATAACATTTCAAAGTGGTATATTTTATGTTATGTATATTTTACAGTAATTTTAAAAAGCAACAAAACATGATGAGGGGTATTAAGGGAGTACTCAGGTGGGGATTAGATCTTTACTACATGACATCTCAGCACAGATCTGAAGGAGGCAAACGAGTTGACCCTGTAGCTGTCAGGGAAAAAGTGTGTTCCAAATGTCAGAGCAGCAAGTACAGAGGCCCTGAGATAGGAGTGTTTGTGACATGTTGGAGGAAGGAGAAGAAGGCCAGGGGAGAGTGCTAGGAGTTCAGGAGGGAGAGGGAGTCAAGGTCCAGACCTGTAGGGACCAGATTTTGCAGGTCAACAGTGGTTTATCTGAGGACTTGTAAACTCTCACGGAATTCTCAGTGTGGTTTTCAACATCACAAAACTACATTGTCCTTTCTGAAGAGACTCTGGTAAGGTTGGCAGGATCACATACCAGATGGGAACTCGATAGGGGGTAAAACCCAGATTTCTGGACTGTCTGGTTAATGACAGGACTTACCTGGAGTTGTAATTCACTTCAGTAGAAAAGGAAAGTTTGACAAATAGGTGAACGTACAGTTGACTTGGAGAGCAAATTGTAAGAACATAATGATAATCCTGGAGTTTCAACACAAACCTATGTCTTACCGCCACCCTGCGTTGTATCCAGTGTCGTTTTAAGAGATATTTACAAGGAGGACTAATATTCTGCTCTCCAGCATCCTTGAGGAATTAGAAGCTTCACATCAGTGATTCTCCTTAATAAGTGAAGTGGACCCCTGCACATGTGCAAACTTAAAGCAAACCTCAAATTTTGTTACTTATTACATAAGATATACATATTCATGTAGCACACACCTTGGACTCGGCTACTCAGGGGACGGAGGCAGGAGAATTACTTGAGCCCGGGGGTTTGAGGCTGTAATATACTATGATTGCATCTGTGATAGCTACTGTACTCCAGCAAGACCCCATCTCTGTTAAAAAAATTTTTTTAAGGAGAAAAAGATAGCATATTCATTGTAGTGCAACATTAGGAAATAAAGAGGAGCAATGAAACAAAACAAAACAATTCAACTATTAGAGATTAGGGTTTCAGGCTTTTCCTCTAAGTATGCATATGTAAAATTTACGTATATATTTAAATTTCATAAAAAGGGACTAACACAGTATCTCTCATTTGGTAAATTACCTTTTGTACATCTTGAACATCTTTTTAATAAACAGACATCTGTGTCTCATTTTTCTAAATGTGCCTACCCCTTTGATGGCCTTTCATTTTTATTGAGTCTAGGTTTATACTTCCCTGATATATATACATATATAAATAGATAT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Seq C2 exon
GATTTTCAAGAAAGACATGTCTGACAAAATGTCTAGCTTCCTACATATTGGAGACATTTGTTCTCTGTACGCGGAGGGATCGACAAATGGATTTATTAGCACCTTGGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000150995:ENST00000357086:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
PF087096=Ins145_P3_rec=PU(11.9=87.1)
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development