MmuINT0092728 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000030201 | Lrp6
Description
low density lipoprotein receptor-related protein 6 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1298218]
Coordinates
chr6:134420707-134429853:-
Coord C1 exon
chr6:134429527-134429853
Coord A exon
chr6:134420910-134429526
Coord C2 exon
chr6:134420707-134420909
Length
8617 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
TTGCTCTTTTCTTTTTAAAGCTC
3' ss Score
9.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTCAACCGTGAAGTTATAGCAGATGACTTGCCTCATCCTTTTGGCTTAACTCAGTACCAAGATTACATCTACTGGACAGACTGGAGCCGACGCAGCATTGAACGTGCCAACAAAACCAGTGGCCAAAACCGCACCATCATCCAGGGCCATTTGGACTATGTGATGGACATCCTGGTCTTCCACTCTTCCCGGCAGGCAGGGTGGAATGAGTGTGCCTCCAGCAACGGGCACTGCTCCCACCTCTGCTTGGCTGTGCCCGTCGGAGGTTTTGTGTGTGGATGCCCTGCCCACTACTCCCTGAATGCTGACAACAGGACCTGCAGTG
Seq A exon
GTAAGTTACAGTGTACCCGGGGGCAGCTAGAATTAGAAGTCAAAGCAACATGTTGAGAATGTTTCAGATTTTTTTTAAAGAGTAAACATTGTATAATCCAAAGGTTGAAACTGGGGAGATGTAGCAAATTTTACCCTCCAGTTCATAATAGCAATTTAGTTTCATACAAAGTTGCCTTCTACTTTTGATCTTAAGTATTTAGTAAAACATGTGTAGTGTGTGTCCATACATGACACTTACTTATCATAAGGGAAGAGCAATGCGTGCAGCAGAACAGAGAGGATGCTAATATATTTCTCTGAAATACATAAAACAGGACAAATAGCATTTCCATTATGTTTGAAGCCATACAGAAAATGCACATGAAGAAGTTAAACCCAGGGTGAAGCAGCGGTTGACAGATGGGGACACTGCCCATGTGTGCAGTCACTGATTCTTCTCACCTCGTCAGGGTCCAGAGTTTGACATGAGAGAGAAGGCTGTCCCTATGCCTTAGTCAACGCTCTGCTGTGAAGAGGCACTATGGCCAAGCCAACTCTTAGAAAGGATAACATTTGGTTGCAGCTGACTTACAGTTCAGGGGCTTAGCTGTTCTCGTCATGAAAGGAAGCATGGCACCGTGCAGACAGACAGGTGCTGAAAGTAGCTGAGAGCTCTGTGTCCAGATCCACAGGCAACAGGAAGGGAGTGACACCGGGCCTGCCCACTCCACAGTGTCACACTGCCTCTAACAAGGCCACATCTCCCAGTGACCAAGCATTCAAATCTGTGAGCCTGTGGGGGCCATTCTTATTCAAACCACCACACTCTACAATATCCTTTTAAAAGCTGACCAAAATTTCACATTAAAAGTGAACACACAGGGAGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACCGCTCTTCTAGAGATCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGCAGCTCACAACTGTATGTAATGGGACCTGATGCTTTTTATTTATTTATTTTATTTTTATTATTTTGGGGGGGGGGGTTATGTCTGAAGACAGCAACAGTGTACTCATGTACATAAAATAAGTAATTCTTTTAAAAAATGAACACACAGTGCTAACAAAAAAGCATGTTACAACATTGTTTGCTATGGAAAACCTGGTATATGGCTTAACTATATATAGAGACCCATGTCTTGAGGATTAGATAAGAAAATTAGTAAGTGGTCAAGAGATATATAAGACATCAGGCCAGGAAGAGTCTTGGGACACAGGAGACTGTCAGTTGGGAAGAAAGTAACAGCTTAGTGTAAGATTTTAGATATAATTAATTAGTGAAATTACACTGTCATTATCTGAAAAAAAAGTGTGTCATATAGCAAAGGATTTAATCTTTTCTGAAATAGACTTCAATTATGAACAAAGAATACAGATTATAATTCAGCAGTTATGCTTTAGAGAATCCCACACATTGTATTTTTTTTGCAAATAACTTTTTAAAAAATGTTATACTGTTAGGATTATCTTTTTAAATTTATTTTTATTTTATATGGATTGGTATTTTGCTTGCATATTTATCTGTGTTAGAGTATCAGATCTCCTGGAACTGGAGTTATAGACACTTATGAGTTGTCTTGTGAGTACTGGGAATTGAACCTGCGTGCTCTTAACTAGCAGACAGTGAGTGTTTTTAACCGCTGAGCTATCTCTCCAGTCCCCCCTCAACAATTTTTTACCCTTAATTTTTCTCATTTTAAAAATGTGAATAGGACTGGTGAGATGGCTCAGAGTGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCTGAAGGTCCGCAGTTCAAATTCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACGAGATCTGGAGTGTCTGGAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAATCTTTTTTTAAAAATGTGAATAACAACTGTAGAGCTTCTGTGGGAATGGGTGAAAGGTGATGTGGCCCTGGGGAAACCTGGACCACAGTGTGGTGGTGATGGAAAGAGGCTTGTGGACTCTGTGTGTGCTTCAGAGTTAGCGAGAATGTTGGAAATGAACTTAGAGGAGAGAAGAAGAGAGATGGAGCAAAGCAAAGATGGTTTCCAAGTTGGTGTCAGAGTCAGTGCACTAGTAGAGGGCTTGTAGTTTAGAGCTGCAGGTGTGGGATTCCCTACAGGGAAAGGAGTGTTGGGCCCAGCAAACCAGGTAGCAGATTTTAGACATGTGATGTGTGGGCTCTGTTATACCTACTCAGTTCCACCCAGCCCTGTCTGTCCCTTGAAGCATGGAAACAGCCATAGGCTGTATTACAGAAAAGGGCAGCAAACTATGGGCCATGGTTTTTAATTCCTTGTGGAGAATAAAAAAAGCGTCCTGGCAGCTCAAATCACTGGTTCAGGAAGACACGTTTGCAGAGGGTACTGAGAATTGGCATAGCCAGAGGAGCAATCAAAGCAGGCAGCATTGAGGTGCCAAAGAAGAGATGAGTTGTCGACGGCTGTTGAGAGGCTAGGTGAGGTCTGGAAAATATTTTTTATCCTTTAGATTGTTTCCATCCATGTTGGCCAAAGTGACCATGAAGGTGGTAATTTCTGGGAAGTGATGGCGAAGGACAAGTTGGAGTAGACGTGAGCAGTGAGCCTGGGAAAGGAAGGGAGGAGTAGGCAGCCATCACAAGCATCTCTCTCAAGAACTCCAGCTCTGCGGGGAAGGAGAGACTGGTGTGAGGACTGTTAGAAAGTGGAGACATAAATAGCACTTCTGAGATCACTGTGCACGTGCCCCGTTGGTTGGTTGGTTGGTCGGTTGGTGACTGATCACCGTGGGGAATCAGTGCTGCAGGCCCCTAGTATCTGTTGACTGACTGTCTGATACAGTTAGCAGTGCCTCAAGGCTTCTTGTGTGCTCCTTCCGAGTACCATTTAATATTTGCATGTAGTTGTAATACACCCGTGTATTAGGAAGAGCTTAATGTCTAGGTTCTTGCTTTCAAAAACATTCCAACATAAATTACATCATGACTGATTTAAAAAGCCAAGTCAGACCTGCTTGTCTGTGAGTTCAAGTGTGACAGTGCTCTCTAGCTCGTGCAGAGTAAAAACCCTGGCTCATACAAAGTGTTTAAGGCGCAACATGAGCAATATCCCTCACTTCATAGCTGCATCTTTATCCCAAACACCCAGTTTCCTTCTCTAACCTATGATAAGTTTCCTTATCTACTATTCTTTAATTTGCTTTCTCTATAACAGACACATTGGTCTAATTGCTTGTTTCAAATATGCAAATCAGTCTCATTTCAGGACTGTTGATCTGCTTACTTAATATGCCTGAATGGTCTTTTTGCAAAACTTCCATCCTTCCATCCTTCATGTCTAAGTCTTTGCTTACTTGTGACCTGCATAGCAAGATGCCATCTGCAGCACTTACTGTGGAACACCTCCTTCCACCGCGATCACTGCCAGGCCCACTGCTGCTTTCCATAGCACTCACAAGTCTTTGTTGTGTGTGCCGTAGTCTGTGACTCCACTGTTTACACATTGTAACTTCCTTCGTTTTGCTTATTGCTTGCCGTGTATCCCATGAAGCAGCAGCTTTGTTCCTGGTCCCCTCACTGGTGTATCTGAAGTGTCTAGACTAGTGCTTCTGCTGTGTGGTAGGCACTCAGGAATTACTGTTAAATAAAATGAATGAAGAAATGGGGTGGTTCTGAAAGAATGTGTGGCCTCCCACTCAGTAGTTTAATGGTCTCCAGAAACCTTTAACTTTTCTGAGCTGCAGTTTCCTTATCCGTAAAATGATAATATACAGATTAAATGGCATTCCTTGTGGCATGTGACATGTTAGAATATAGAGATTAAGTGACACTCTTAGTGTTGAGTGGTGTGTTTGAATATAGGGATTAAATGGCATTCTGTGTGATGTATGACGTGGGAGTTTTTCAGTCATACCTACTTATTTTCATTCCTCCTGCTTTATTCTTGTACTTACAAAATCAAGGCTAACGGGTTGCCTTTGTTGTCATTCCATGCTTATTTCTTTACATGATTTTTTTCATTCTTTCATTCAGTATGTGTTAAGCACTTAACTACATGATAGGCCTGATTGTAACCATTGGAAAATACTAACAATGAATGAAACAGACAGAAATACCTGCCTTCACCAACCTTCCCTTTCCCTGGAACTGCGAAGATGAACAGAACTCTCAAGAGAAGAAAATGTGGGGGCAGAGATTACGAGGTTAATAGGGCTGCCAGGAAATGTGTACTAAGGTGGCACTCAGGTCAGGACTTGAAGGAGTTGAGGAGATGAGCTTTGAGGATGTCCACATGTGACCCAGGAGGTTAGTAGATGTAGGGAGTGAGTAAGGACGTTGGGGGACGAAGCAAGAAGCTAGGTCTCGCAATCCCATCTTTGATACACAAGTGGCCTTATGGTACTTGTGTAAATTGGGAAATGATGTTCCCTCTGGACAAGTTGAGTCCCCCAGGTACACAGCATGGCTCCTAGTCAGTGCTTTTGGTACCATGGATGACACTGTCTTATGTGGTAAAGTTGGCCATGAAGACAGTTCTGTTCTTACCCATGAGCAGCACCTTTCTTTACTTACTTTTCTTAACTTACTGATGCTGTCTGAAGAGAGCGGAAGATGGCTCCGCTTACACCTCCAGCTTCTTCATGCTATCTTCAGTGAGGGAATGCAAGGCTAGGAAAAACCTAGTGACTTTAATTTCTTTGTTTGTTTATTTATTTATTTTATTTTAATTTTGAAACAGGGTTACCCAGGCTGGCTTAAAATTCACTCTGTAGCTGAGAGCTAGGCTTGAACTTCTGATCCTCCTGCCTCAGCTTCTCAAGTACTGGATTATAGGAATGTACTACTGTGCTTAGCTTCTTTTGTTTGTTCTGTTTTTAAGATCTTTCTATAGGAGATGTGAGAATGTGGTTGAGGGTTGGAGAATGGACTTAGACTTTTAAATGGATGTGTTGTGTCA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Seq C2 exon
CTCCCACCACCTTCCTGCTCTTCAGTCAGAAGAGCGCCATCAACCGCATGGTGATTGATGAACAACAGAGCCCTGACATCATCCTTCCTATCCACAGCCTTCGGAACGTCCGGGCCATTGACTATGACCCTTTGGACAAGCAGCTCTACTGGATTGACTCTCGACAAAACTCCATACGAAAGGCACATGAAGATGGTGGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000030201-Lrp6:NM_008514:12
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.027 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005812=Ldl_recept_b=PD(45.9=15.5),PF0005812=Ldl_recept_b=WD(100=37.3),PF146701=FXa_inhibition=WD(100=33.6)
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: