RnoINT0086707 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000006338 | Lrp6
Description
LDL receptor related protein 6 [Source:RGD Symbol;Acc:1304749]
Coordinates
chr4:168221451-168230443:-
Coord C1 exon
chr4:168230117-168230443
Coord A exon
chr4:168221654-168230116
Coord C2 exon
chr4:168221451-168221653
Length
8463 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGT
5' ss Score
10.36
3' ss Seq
TTGCTCTTTTCTTTTTAAAGCTC
3' ss Score
9.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GACTCAACCGTGAAGTTATAGCAGATGACTTGCCTCATCCTTTTGGCTTAACTCAGTACCAAGATTACATCTACTGGACAGACTGGAGCCGACGCAGCATTGAACGTGCCAACAAAACCAGTGGCCAAAACCGCACCATCATCCAGGGCCATTTGGATTATGTGATGGACATCCTAGTCTTTCACTCTTCCCGGCAGGCAGGGTGGAATGAATGTGCCTCCAGCAACGGGCACTGCTCCCACCTTTGCTTGGCTGTGCCTGTTGGAGGTTTTGTGTGTGGATGCCCTGCCCACTACTCCCTGAATGCTGACAACAGGACCTGTAGTG
Seq A exon
GTAAGTTACAGCATTCTCCAGGGGCAGCTGGAATTAGAAGACAAAGCAATGTTTTGAGAATGCTTAAAAATTTTTTTTAAAAAGTAAAACATTGTATAATTAAAAAGGTAAGACTGGGGAGATACACCAGGTTTTGCTGCTTAATTCATGATAGCAATTTAATTTATACAAGAGTTGTCTTTTACTCTTGAGCTTAAGTATTTAGTAAAAAATGTGTAGTGTCAGAGAAGCATGCCAGTATTCATACAGAATGCTTATTTAGTCATACGGAAGAGCAGTACATACAATAGAACAAAGAAAATTCTAATATATTTCTTTGAAATACATAACACAGGACAAATAATATTTTAATTGTGCATGAAGCCATACAGACAATGCTCATGAAGAAGTTAAACCCAGGATGAAGCAGTGGTTGACAGGTGGGACCAGTGCCCATGTGTGCCGTCACTGCTTGATTCTAGGTCTTTTCATCTTGCCTGGGCCCAGAGTTTGAAATGATGAGAGAGAAGGGTATCCCGATGTTTTAGTCCAAGTTCTGTTGCTGTGAAGAGATACCGTGACTAAGGCAACTCTATAAAGGATAACATTTAGTTGCAGCTGGCTTATGGTTCAGAGGTTCAGCCCATTCTTATCCTTGCAGGAAGTGTGGTATCATGCAGGCAGACATGGTGCTGGAGGAGTTGAGAATTCTACAGCCAGATCCATAGGCAACAAGAAGAGAGTGACACTGGGCCTGGCTTGAACCTTCGAAACCTCATAGCCCACCCCTACAATGACACACTTCCTCCAACAAAGGCACATCTCCTAATAGTACTCCTGCCAGTGACCAAGCATTCAAATCTGTGAGCCACCGGAGGCCATTCCTACTCAAACCACCACACTCTACAATATCTTTTTAAAAACTGACAAAAATTTCACATTAAAAATGAGTACACAGGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAGAGCACTGACTGTTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCTAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATTGGATTTAATGCTCTCTTCTGTGTATCTGAAGAGAACTACAATGTTCTCCCATACATAAAATAAATAATTCTTTAAAAAAATGAACACAGTGCTAACAAAAAAAAGTTACAGCATTGTTGGCTATGGAAAACCTGGTGTATGGCTTAAGTATATGTAGACGTCCATGTCTTGAGAGTTGGATAAGAAAATTAGCAAATGGTCAAAAGATATATGGACATCAGGTCAGGAAGAGTCTTGGGAGACAGGAAACTGTCAGAAAGTAGCAGCTTAGTGTAAGATTTTAAATATAATTAATTAGTGAAATTACATTGTCATTACCTGAAAAAAGTGTATCCTATAGAGAAGGATGTACTCTTTTGAGAAATCAGCTCAGGTGTGAACAAAGAACACAGGTTATGATTAAGCAGTTTTGCTTTAGAGACTCCCACACAAAAAAAGAATCGTATTTTTTCTTTTTGCAGTTACTTTTTAAAAATATTACACTGTTATGATTAACTTTTTAAACTTTTTTATGCATTGGTGTTTTGCTTGCATATTTATCTTTGTGAGGGCGTCAGATCTCCTGAAACTGGAGTTACAGACAGTTATGAGTTGGCCTTGTGAATATTGGAATTGAACCTGGATTAGCAGACAATGAGCGCTTTTAACTGCTGGGCTATCTCTCCAGTCTACCCCAAACAATTTTTTTAACCCTTAATTTTTCTCATTTTAAAAATGTGAGTAATAGCCATAGAGTTGCTGTCAGAATGGGTGAAAAGCGGTGTGACTCTGGGGAAACTTGGACCGCAGTGTGGCGGTGATGGTTGTGATGGAGAGATGCTCAGGCCTCTGGGTGTGCTTTAGAGTTAGTGAGAATGTTTGAAGTGAGTAGTGGAGGGAAGCAGAGAAATGGAGCAAGGCAAAGATGGTTTCCAAGCTGGCATCAGCGTCGGTGTCAGCACACTACCAGAAGGCAGTGGGAAGGCTGAGGTGTGTGTTTTAGAGCTGAGGTGTTTACATGAGGTTCCCTACCTGGAAAGGAGCGCTGGGCTCCAGGTAGCAGGTTTTAGACACGAGATGTGTGGGCTCTGTTATCCCTACCCGGCTCCGTCCAGCTCTGTCCGCTGTAGCATGACAGCAGCCACAGACAGCATTACAGAGAAGGGCACCAGACCAGGTTTGGGTTATGCGCCGTAGTTTTTAATTCCTTGTGGAGAGTAAGGCGGGACCTGGCAGCCCAAATAACTGGTTCAGGAAGACAGGTTTGCAGAGGGCACTGAGAATTGGCACAGCCAGAAAGGCAATCACAGCAGACAGCATTGAGGTGCCAAAGAAGAGAGTAGCTGTCGACAGCTGCTGAGAGGCTAGGTGAGGGCTGAAAAGTAGAATTTACCCTTTAGATGGTTTGCATCCATGTTGGCCAGAGGTGGTCTGAGTGAGCATGAGGACAGTTTCGGGGAGTGGTGGTGAAGGACAAGTTGAGGAGCCGAGCGGTGAGTCAGGGAAGGGAAGGGAGGAGGGAGTAAGCATCACAGTGGGCATCTCTCAACAGCTTCAGCTTTGGGTGCAAGGAGAGGATGGAGGGAGAACCGTTAGGGAATGGAGCTGGCAGTAACACGAGAAGGCTTCCTGAGCTCACTGTGCACATGCCCCGTGGGTTAGTGGGTTGGTTGGTTAGTGGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTTGGTGACTGACCCCGGGGGTGTGGGTGTGGTCAGTGCTTACGGCCCTTAGTTGGTTGACTATCTGGTACAATCAGCAGTGCTTCAAGGCTTCTCGCGTGCTCTTCTTGAGTACCACTTAATATTTGCATGTAGTTGTATTAGGTTTCGTGTACTAGGAAGAGCTTAATACACTTTTGAAAGTTGTTACTTTCAAAAGTATTCCCACATCATATACATCTTACTGATTTTAAAAGTCAGACCAGCTTATTTCTGGGCGCAAGTGTGACGGCACTCAAGCTCATGCAGAGTAAAAACCCTGGCTCTTGCAAGGCCTTCAAGGCCCAACATGAGCATAGCTCTTACTTCATAATATGCTTGAATGGTCTTTTTGCAAAACTTTCCATGGCCATCCTTCTTGTCTTTGCTTAATTTTGACCTGCATAGCAAGACAGTCTGCAGCGCTTACTGTGGAAAACCTCCTTTTACCAGTGTCAGTACCAGGGTCCCGCTGCTTCCTTTCCATAGCACTCACTGTTGGCTGTGTGTAATGTGATGGAGAACTCCACTGTTTACACATTGTAACTTCCTTTGCTCTGTTAGTGCTTACTGTGGAGCCTTTGAAGCAGTGGCTTTGTTCCTGTTTTCATTGCTAATGTATCTGCAGTGCCTAGACTATTGCTTCTGGTATGCGGTGGGCACTCAGGATTATTGTTAAGTAAAATAAATGAAGAAATGGGTGGCTCTGGTGAATGTGTGGCCTCCTACTTAGTAGCTTTAACAGTCTTGAGAAACCTTTAACTTTTCTAAGCTACAACTTCCTTATCTGTAAAATGATAATATAGGGATTAAATGGCACTCTGTGTGATGTGTGGCCTGTTGGAGTTTTTCATTTATACCTGTTTCTTGTATTTACAAAATCAAGGCTACAAGGCTGCCTTTGTTGCCATTCAATGCTTATTTCTTTACGTAATCTTTTCATTCTTTCATTCAGTATGTATTAAGCACTTGCCTTATTGTAACCATTGGAAAATTCATTGGAAATGAATGAAATAGACAGAAGTACCTGCCTTCACCAACCTTGTATTTTCCCAGAACTGCTAAGAGGAAGGTATGAGGACTGAGATTGAAAAAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGTATGAGGGCTATATAGTGATAAGTAATATACAGAAGTATTAAGAGGAAGAAAATGTGGTGGCAGAGAATGCATGGTTAATAGGGTTGTCAGAAAGATCTATACTAAAGTGGCATTTATGTCAGGACTTGAGGAGGTGAGAACGTGAGCTTTGAGGATGTCCACAGGTGACCCAGGAGGTTAGTATTGGAGAGTGAGGACATTGGGGGATGAAACAAAGAAGCCAGGTTTCTCAATCCCGTCTTTGTTATAGAAGTGGCCCTATGGTACCTTGTGTAAACTGGGAAATGAGGTTTCCTCTGGACAGATTGAGTCTCCAAGGTACATAGCATGGCTCCAAAAGTGAAGTGATATCTGTCCCTATCCAGTATTTTAGTACCATGGATGGCAGTCACATGTGGTCAAGTTGGCCATGAAGACGGTTCTGTTCTTCCTCAAGAGCAGCCCCTTCCTTTAAATTACAGGTTATCTTACTTTCCTTAACTTACCCGTGCTGTCAGGAAACAGCCAAGGATGCCTCTGGCTTACACCTCCAGCCTCTTCATGTCACCTTCAGTGAGGGACTGCAAGGCTAGGAGAACCCAGTGCCTAATTCGTGGGGTTTTGTTGGTGGGTTTTTTTGTTTTTTTGGTTTTTTGGGTTTTTTTTGAGTCAGGAGTTAGGAAGGCTGGCTTAAAGTTCACCATGCAGCTGAGAGTAGGTCTTGAACTTCTGATTCTCCTGCCTCTGCTTCTCAAGTCCTGGTGTTACAGGAGTGTACTGCCATGCTTAGGTGTGTTTGTTTTATTTTGTATTTTTAAAGATCTTTCTGATGTGAGAATGTGGTTGAGGATTGGAGGATGGACTTAGACTTTTAAATGTGTTGTGTCACTTTAAGCATGGACTGTAAGAAAATCAAATTATCAGCTCATGAGAGATATTCCAACATTTATAATTGTTAATTTTTTAATTAAAAATAGAAATTACACTTGAGTTTATTGTGTTTGCACATATCGACATGCTTCATGGCAAACATCCGAAGGTCTTGGACAGCTTGAAGGAGTTGGTGCTGGAGATGGAATGTGTACCATTAAAACTAGTGGCAGGTGCCTTGCTGAGCACCTGCAGGCCTATTCACGTCTTCGAGTAGATTTCCTGTTG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Seq C2 exon
CTCCTACCACCTTCCTGCTCTTCAGTCAGAAGAGCGCCATCAACCGCATGGTGATTGATGAACAACAGAGTCCTGACATCATCCTTCCTATCCACAGCCTTCGGAACGTCCGGGCCATTGATTATGACCCTTTGGACAAGCAGCTCTACTGGATTGACTCTCGACAAAACATGATACGAAAGGCACAAGAAGATGGTGGCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000006338:ENSRNOT00000066575:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.027 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0005812=Ldl_recept_b=PD(45.9=15.5),PF0005812=Ldl_recept_b=WD(100=37.3),PF146701=FXa_inhibition=WD(100=33.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]