MmuINT0113080 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000027965 | Olfm3
Description
olfactomedin 3 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2387329]
Coordinates
chr3:114783883-114793145:+
Coord C1 exon
chr3:114783883-114784103
Coord A exon
chr3:114784104-114792998
Coord C2 exon
chr3:114792999-114793145
Length
8895 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTAGTAAGT
5' ss Score
8.78
3' ss Seq
TTGCTCTTGCTTTTTCCCAGACT
3' ss Score
8.1
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTCAGATTAGCCCCAAAGAAGGGTGGCAAGTGTACAGCTCAGCACAGGACCCTGATGGGCGATGCATTTGTACTGTGGTTGCTCCAGAACAAAACCTGTGTTCCAGAGATGCCAAAAGCAGGCAGCTTCGCCAGCTACTGGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000027965-Olfm3:NM_153157:1
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.047 A=NA C2=0.075
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF123083=Noelin-1=PU(46.5=95.9),PF045137=Baculo_PEP_C=PU(7.2=16.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: