Special

HsaINT0118165 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
olfactomedin 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:17990]
Coordinates
chr1:101836879-101846973:-
Coord C1 exon
chr1:101846845-101846973
Coord A exon
chr1:101837026-101846844
Coord C2 exon
chr1:101836879-101837025
Length
9819 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTAGTAAGT
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
TTTCCCTTTGGTTTCCTCAGACT
3' ss Score
9.72
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGAGTCCTCCACTGCTGAAGCTTGGCGCTGTGCTTAGTACCATGGCAATGATCTCAAACTGGATGTCCCAAACTCTCCCATCCTTGGTGGGACTGAACACCACGAGGCTGTCGACTCCGGATACCTTA
Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTCAGATTAGTCCTAAAGAAGGGTGGCAGGTGTACAGCTCAGCTCAGGATCCTGATGGGCGGTGCATTTGCACAGTTGTTGCTCCAGAACAAAACCTGTGTTCCCGGGATGCCAAAAGCAGGCAACTTCGCCAACTACTGGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000118733:ENST00000338858:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.062 A=NA C2=0.041
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
PF123083=Noelin-1=PU(46.5=95.9)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development