RnoINT0105270 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000017969 | Olfm3
Description
olfactomedin 3 [Source:RGD Symbol;Acc:628672]
Coordinates
chr2:217963456-217972049:+
Coord C1 exon
chr2:217963456-217963597
Coord A exon
chr2:217963598-217971902
Coord C2 exon
chr2:217971903-217972049
Length
8305 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTAGTAAGT
5' ss Score
7.79
3' ss Seq
TTACTCTTGCTTTTCCCCAGACT
3' ss Score
9.94
Exon sequences
Seq C1 exon
TAGCTCTTCAGCAATGAGTGCTCCACTGCTGAAGCTGGGCGCTGTGCTCAGCACCATGGCAATGATCTCAAACTGGATGTCCCAAACTCTCCCATCCCTTGTAGGACTGAACACCACAAGGCTGTCGGCGCCAGATACCTTA
Seq A exon
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Seq C2 exon
ACTCAGATTAGCCCCAAAGAAGGGTGGCAAGTGTACAGCTCAGCACAGGACCCCGATGGACGATGCATTTGTACTGTGGTGGCTCCAGAACAAAACCTGTGTTCCAGAGATGCCAAAAGCAGGCAGCTCCGCCAGCTACTGGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000017969:ENSRNOT00000024243:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.047 A=NA C2=0.020
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF123083=Noelin-1=PU(46.5=95.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]