MmuINT0132596 @ mm9
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr17:3114972-3145158:+
Coord C1 exon
chr17:3114972-3115418
Coord A exon
chr17:3115419-3145074
Coord C2 exon
chr17:3145075-3145158
Length
29656 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTCGT
5' ss Score
6.43
3' ss Seq
TGCTTTTCTTTTTCCTTCAGTTG
3' ss Score
10.38
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTGTATTCACTGAATGACTATAAGCCACCCATTTCTAAAGCAAAAATGACCCAAATTACAAAGGCAGCCATCAAAGCTATTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-Rbm16:NM_134123:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: