Special

MmuINT0132596 @ mm10

Intron Retention

Gene
Description
SR-related CTD-associated factor 8 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1925212]
Coordinates
chr17:3114972-3145158:+
Coord C1 exon
chr17:3114972-3115418
Coord A exon
chr17:3115419-3145074
Coord C2 exon
chr17:3145075-3145158
Length
29656 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTCGT
5' ss Score
6.43
3' ss Seq
TGCTTTTCTTTTTCCTTCAGTTG
3' ss Score
10.38
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTGTATTCACTGAATGACTATAAGCCACCCATTTCTAAAGCAAAAATGACCCAAATTACAAAGGCAGCCATCAAAGCTATTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000046201:ENSMUST00000076734:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NO
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
  • Neural differentiation time course
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types