HsaINT0138307 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000213079 | RBM16
Description
SR-related CTD-associated factor 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:20959]
Coordinates
chr6:155054512-155095206:+
Coord C1 exon
chr6:155054512-155055064
Coord A exon
chr6:155055065-155095122
Coord C2 exon
chr6:155095123-155095206
Length
40058 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTGGT
5' ss Score
6.36
3' ss Seq
ATTTGTTCTTTTTTCATCAGTTG
3' ss Score
7.67
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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GTTTCATGTAATTGCTTGGAGAGTTTTGCTGTATGTAAATTTGTTCTTTTTTCATCAG
Seq C2 exon
TTGTATTCCCTGAATGACTATAAACCACCCATTTCGAAAGCGAAAATGACCCAAATTACTAAGGCAGCCATCAAAGCTATTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213079-RBM16:NM_014892:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)