HsaINT0138307 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000213079 | SCAF8
Description
SR-related CTD associated factor 8 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:20959]
Coordinates
chr6:154733325-154774072:+
Coord C1 exon
chr6:154733325-154733930
Coord A exon
chr6:154733931-154773988
Coord C2 exon
chr6:154773989-154774072
Length
40058 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTTGGT
5' ss Score
6.36
3' ss Seq
ATTTGTTCTTTTTTCATCAGTTG
3' ss Score
7.67
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TTGTATTCCCTGAATGACTATAAACCACCCATTTCGAAAGCGAAAATGACCCAAATTACTAAGGCAGCCATCAAAGCTATTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000213079:ENST00000367178:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.138 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development