GgaINT0115175 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015850 | SCAF4
Description
splicing factor, arginine/serine-rich 15 [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_001012840]
Coordinates
chr1:104020782-104032501:-
Coord C1 exon
chr1:104032478-104032501
Coord A exon
chr1:104020866-104032477
Coord C2 exon
chr1:104020782-104020865
Length
11612 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGGGA
5' ss Score
4.3
3' ss Seq
TTGTTTTTGTTTCTGTTCAGCTC
3' ss Score
9.71
Exon sequences
Seq C1 exon
GCCGTGAACGCCTTCAACCAGGAG
Seq A exon
GTGGGAACGCGGGGCGGCGGGGACCGCGGGCGCCGAGGGGTCACGGCGGCCGCCATCGCCTCGCCCCCGCCCCCAGCGCTCGGCTTCCGGCTGTGGGCCGCGCGGGCCCGGCGCGGAGGCCTACGCTGGGGAAGGGCCCGGGCCCGCCTCGGCCTGCGGCGTGGGGCCTGCCTGGGGCGGGGGGCACGGCGGGGCTCCTCGGGAAGATGGAGGCGGCGGGGGCTCGGCGGTTGCAACGGCCTAGAACGCGGGCCGGGCGGGGGGCCGGGGGGCTGCACTCAGGCTCCCCGGTGGCCTCCTCGTCCCGGGAGCCTTGTAGCGAGGCGTGCCCGGAGCGGGCCGGTGGCTGGGGGGAAGGAAGGGAGTGAGAGACGCGTTTGGGAGCGCGGGGCGCTGCCATGTGAACGGCGGCGAGTGGGAGAGGCGGGACGTTGGACGGAGAGAGGGAAGGGAGCGAGGGTGCCCGGTTCTGTGTGGGGATGGGGCTGGAGGAGCCGTCCGGCGCTAACCCTACCCACCCACCCGCAGGCAGGTGGGAGAGGGGTGGGCGTCCAGCTCCTGGCATACAGGGAGGCCCTCCTTTCTTTTGAGCCCTTGATCAGCCAATCAGAATTTGAAACAAGATGGACAACGGCTGCTTTTTTGCATCATGTATTAAAAAAGGAATATCCGAGTTGTATTTTATAAAAGTTTTTGACACGTGGCTCGAAACGATTCTTACACTGAGTTCTGTTAAATGATTTGGCTTTTTCAGGTCACGTACGGGGTAGAGAACATTCATGCTTTCATTGTAGATAATGTTTTAAAACTAAGCTAGAACCTATTCCAGCATGTTTAATGCATTTTGAAGGTTGCTGTGCACGTTTGCTGAGCAGAAAGAGGAAAAATGGCAGGCTGCTCTCATGTGATGAAGTCATGCTGTGTAAAGTTCACTCCCTGCAACTGCTTGTTGCGTGCACACAACTGAAAGTCTGTGCTTCCTTAAAAAAATACAAAAGCTCAAAGTGAGAGACTGTATCTGTCCTGTTAACAGTGATTTTTCTTTTTCTTTTATTTGTGTCTGTTATGGGTGCATGTGACATTGTTTTGAACCAGGTACATGAAAGGGTACCAAACAACCTCCCCAAACACATAAGAATACAACAGCGCATTCTGCGTTTCACTTTTAATGCAGAAGACAAATATTCTTACCTCACTAAATAGAAGTAGAAGCAGTCATCTGCTAGAACCTCTACTCGGTTTACTTCAACATGTTGCTACCTGATACACTTCGCTGTACAGACACTGCTTAGTGTTTCTCATACAAAAAAAAAAGCACTTTTTTCTTGCTGATCTGGTGTGAAAGTATGTGTGACCTTAGAGTATTCTGTGACTAACCTTAGTTTCAGAAATAGATGCGTCTCAGTGCCGCTTCCTCTGGGATGTATATCTACTCAGATGTATTAAAAACATCATTCTTTTGTTTGATACGTTTAGAAACATTGAGTGAAATTCTGGTGGGTGTAAGCTGGAGCACATTAAACCACTGGATTTCGTTTGAGTGCGAGTTATGAGGAAGAAATCTAATAGTTAAAATCCCTGTTCTGCGGTCATTTGTACGTGTGAGTAGTTCCCTGGGACTGCTTGGCATAAAGTTAGCATGTTGGTAGGTTTGGGATTCATGTCATTACTGTGTTGTCCTTAGAAGGTGTATATATGAAATCAGTTAGGAACGTGGAGTTCTTAAGCTGTTCTGTTAGCTCTACAAAGCGCATTGCCTGAAACTGTGCACAAAACCCAATGCATGTTAAAATAAGCTTTGAAACACCTCAACTTTTTTGAGGAGGGGAAGATGTACTGTCATGTACCATTCTATTTCTGATCTTTCACAGGGAGAGTGGAGAAATTGACACCGTTTGTAAAAACGGTTCTGTTATTCACAGAATAGTGGGCATAGGGCAGGCTGTGACTGTGTGAAAGCTCATCTTGTCCTTAAGACTGTCTTAGAATGCATAGATGTGTTAAGGACAACAGAGGTACCAGCGTCTGCCGATTGAATAGATAATAGTTTTATTGTCAGTAAATAGCTTTAGCAAGGAAGATCGGGGTTATCCCAGTCTACCCTTTAGATCAAGAATTCCTCAATGTACTGGCTGACAGTTGTACAATACTACTGTAGAAAGAGAACTGGGGTTTTGTAATGGCAACTCTACCTTTGGCAGCCATGAGTTTTGTTCTGGACTTCCCATGTATGCCAGAGCTTTGCCGTCTCTTCTGGTGTGGAGGTGGCAGCTGTCGTTTCCTCAGCCATCTACATGCACGAGGAACACGACTTGCTGCCTCAGGTGACTGTATGATTATTTGGGAGTTCCAGTTTCTCTCAGGAGTTCCAGTTTTGGCCTACGGGTTCTGACTGTAAATGATCATGTTACAGTGAAGTAACAAGTTCCTGCCTGTCAGCTAATTGTGATAAGTATGTGATCTTAACTGCCCATCTGAACTGGGAGGTGAGACTTAAATATAGAGGTCTGAGCTAGCACGTTCTACTTAGCAATTGTGGCAGGCTATGGAAGAACACTTAGATTAGTTTGGCTCTGGTGACGGGTGGTACCTCAGATGAGTTGCATAATTGGATCATGTTTGACTGTGTTGCCCACTCCTTTAAGTCCTGTTCTTTATACCTGTATTTTGAATGCAATTTTACTAGTAAATGTGCCTCTTTAAAATTCTTGTTTTTCTAAAAGAACAGGCACGGGGTTGGTTTTTTTGTATTCACCAAACATATTTACTGCTTTATTTTTATCCAGCTGCACTCTGAGCAGATATAACTAACTGAATATGTAGGATTTGACACTTACGTGCTATAGTATATTTTCCCTGAGGAAATTAATTCAAACTGTATCTTGGGGGAAGGACTTACAATCTGTGTATTGTTTGGTGTGCTTGGTTTGTTACATTAACAATATAGTGTCAGTAGATCACAAAAGGTAATCCGATAATGGTGCACAACTTAGATGTGCCTTTAAGAAAGGAAGTAAATATTCCAGAACAAAAATAGCCCACACATTTACAATGATTTGTAAAGCTTTTAAACCTTGTCATATTTTAATTTAGGGAAGATATATTCTCTTTTTGTTAACCTGAAAAATCTGGGGGGTAGCTTAAAGGTTATAAAAGCTTGAGACCAGATATGAGGGTTTCTTTACAGTCTGCCTGGAAGTGGAAATAAATTGAGTTTGCTGTTTTGTAATCTTACCTTTCTATTGAGTAATGCAGCATATTAATTTAATCATATGTCTCAAGTTGGCAGTCGATAATCTGTACCACTAAAACAGTTGATATCTCACTTCAATCTCCATAGATCACAAATGGAACAGATATTTTGTTGGCTGTTTATTTGAAGTTACAGCTGCAGCTTCCTTCTTACTATTTATCCATATTGAGTGAACCAGTCAGTTGTATTTTCGTTCTATATAGCAGTCTTTTACTAATGGTGGACTACATTTTGCATGTTGCATTATGTAGGGTGCTCTGAAAGTAATACCTCATATTTATTTCCATGGAAACTACAGCAGATATACACAGAACGGTAACGCTATTTGATAGAGCAAATTCTTAGCTACAAAACTATGCTCAGCATAGTCACCACCCTTAGCTATGCTTTTTTGCCAGTGATGAGCAAGTGCCTGCATGCCATGCTTGTAAAAAGCAAAGCCTGCACCGATGGAGGTGAGCCACTGTTGCTGTCGCCACTGTTGAGATGCACCACCCATATCTCACTGTGCTCACATCCCCTATTTGGTCTCCAGAAACGTTCAGAAAGCATCAGCGATGTCAACGGGTGCTGTTTTTTTCTGCATGGAGGAGTTCAATGACACACCTTTACTTCACATACACCTACATGTTAGATGTGACTTTGTCAGACTACCCCTTTGCTGCCGTCTGCCACGTGGCAAGAAAATGTAATGGAGTATTGTCAGGAAAGTTCAACCTGTACTGCTGGAGCACCACCATCTGCCTCTGATGTCGTGGACCAACGTAATGAAATGGGAGGCATTATGTTCAGAGCGGTCTTCGTTCAATCCATCCCCTAACCTCTCAGTCCTTCTCTTTGTTGTTCTGCTGTTGCCAGCAAGTTTCGTATCCTTCTGTAGAGAGAATGGCGCTCAGAGGTTTTGATAAAGGAAACACGGGTAACCTGTATTCTCTCCTCCCTCTTCTTCCCCTTCCCACTACAAGACCTATAAATAGAGGTTAGCAGGATATCCTTCACAGCAGTTCGTCAACAATTCACCGAAACTCGTGAATCTCAGTTAGACTCCCCAGTGATGCCTGTGGTCAGAGGAAAGACGCGTCACAATCTCTGTGCATATTGGTACCCTTCACCTCCCTCAGAAAACAGTGAAACTGGTTGCAGATGCCTAAAATATGTCCCAGGAGGCACTGTGAGGGTGTATTTTTAAGTGAGTGCTGCCTCCCACGTGTCCTGGGAGAGTTGCTCAAGCAGCAGCTCTAATAGTGTTTGGGTGGTATAGAGAAGGATAAGAGAGTGCTGCTGGAGTTTCAGACTGAATTTAGTATTTCTTTACTCCATAATGAAGACTGAAATTGCAGAAGTAGCTTGAGCTCTTTTGGGACAGAAGTTGCTTTATTGCTGCGTTCCCGTTAATTAACGGGTCATCATCGTTGTGATAGTGAAAAAGCTGTGTGTTTCTTCTAGACTGAACTGTTTCCAGGAACGTGGATAGCTGTGGTGTCCTATTAGAGATTCTTGGTAAGAGAAGAAATGAGGTGAGGAGCTTTTCAGGAAGCTTTTCTGGTGGACTGGTGGTCAGTGTAGCACTGACCCTAAGGGGCACATGAGTTTCAAAAACATTTGCATAGGAAACAAAATTCTGGTCTATGTGCTTTTGTGCTGTCATTTTAATTTGTTCTTGGTAAAGATTTTTCTCCCTAGTGATTCTGAATTTGTGAATGGTCTTTATAGGCCTCAGAAATGGCTTAGTGAATCAAGTACTCTT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Seq C2 exon
CTCTTTTCGCTGATGGAGATGAAACCTCCTATTTCCCGAGCAAAAATGATCCTCATCACAAAAGCCGCCATTAAAGCTATCAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015850:ENSGALT00000025555:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]