MmuINT0152666 @ mm9
Intron Retention
Gene
NA
Description
NA
Coordinates
chr16:90263338-90284670:-
Coord C1 exon
chr16:90284248-90284670
Coord A exon
chr16:90263422-90284247
Coord C2 exon
chr16:90263338-90263421
Length
20826 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
5' ss Score
8.41
3' ss Seq
TTTGTTTCTTGTTTTTTAAGCTC
3' ss Score
9.04
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTCTTCTCACTTATGGATATGAAGCCTCCCATCTCTAGAGCCAAGATGATTCTCATTACTAAAGCTGCTATCAAAGCTATTAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
-Srsf15:NM_178923:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: