MmuINT0152666 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000022983 | Scaf4
Description
SR-related CTD-associated factor 4 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2146350]
Coordinates
chr16:90263093-90284425:-
Coord C1 exon
chr16:90284003-90284425
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr16:90263093-90263176
Length
20826 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAGG
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8.41
3' ss Seq
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3' ss Score
9.04
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000022983:ENSMUST00000039280:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types