MmuINT0142208 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000015697 | Setdb1
Description
SET domain, bifurcated 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1934229]
Coordinates
chr3:95328548-95337265:-
Coord C1 exon
chr3:95337149-95337265
Coord A exon
chr3:95328718-95337148
Coord C2 exon
chr3:95328548-95328717
Length
8431 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
ACTGTATTCTAACCTCCCAGGGT
3' ss Score
7.32
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCCAAATGTGCCTGCCACCAGCTAACTATCCAGGCCACAGCCTGTACCCCAGGGGGCCAAGTCAACCCTAACTCTGGCTACCAGTATAAAAGACTAGAAGAGTGTCTGCCCACAGG
Seq A exon
GTAAGTATTCAGTTTGGAGATGTCCTCAGAGAAGTACATTGTTGTTTTTTTTGTTTGCAAGAGCCTTTGGAAACCTAACTGTTGCCTTTGGGAAGCTGAAGCAGGAAGATAGTTTCAGACCCATCTGAGCTATGATACCAAAATTGTGTCTCAAAAAATATCTGAGAGTGATTAGAGAGGGTTTTTTTGGTTTTGTTTATTTGTTTTGTTTTGGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCACCACACCTGGCCGATTAGAGAGTTTTTAATAATTTTCTTATGCAGAAACCTTAGAAGGATGTGATAGCATATGCAGAAGGATTGCTTGATTTCTAGGTCAGCTTGGACTATGCAGCAAGACCTTGTGTAGAAACAAACAAAAATGGAACAGCGATGCTCAGTAGTTAAGAGCACTTGTTATTGCAAAGGACTTGGGTTTGATTCTAGGACCTATATGGTGGCTCACAGCCACCTGTCACTCCAGTTCCAGAGGATCTGGTACAAACACGTGCACAGACATGCATGCAAGCAAAGCACTCATACACCTAAGGTTAATTTCTTAGACGTGTGAATGTTCTGATTATGACTTACCCTAGCAAGTGAGATGTATTCAGAGACAGTTGGAAGAATGAATGACAGGGCTTTGTTAACCTAAAATGAGAAGTTAGAATCAGGGCCAGTGGTAGTAGTGCTGTCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGATTTTTTTATTATTATATGTAAGTTCACTGTAGCTCTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCGTCAGATCTCATTACATGGTTTTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACCTTCGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAATGGCTGAGCTCTCTCCAGCCCATGGTGCTGTCTTTTAATCTTAGCACTCAGGAGACAGAGACAGGAAGTTCAAGGATACCCTAGTCTGCAAATTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCCACACAGTGAAACTATCTTGAAGAAACAAAAACAAAAAAAAGTTAACATCAAAATCATGATAAATAGGAAGTAGATTTTATGTAGTCTTTTAAATTTTTTCTTTTTTGGGGGGGATGTTATATGTCTTAGATCAGGAAAAAACAGAATTTCAAAGATTTCAAAGACCAATTAGGTAATTTTAAGAGAATACATGAGAAGTAATGGGAGGTAGGCCTTGCACTAGAATGGAAATGACAGTAGAAATTAAGGAGGATAGGGATGGGTGTGTAGCCCAACAGAGGGCATGGTTAATATGCACCAAGAATGAAGTAATAAATGAGAGCTATTGGGTGCATTAGAAAGTACAGCTATATAGAGAAATTTTGTTGGTTGATTGGTTGGTTTTTCAAGATAGTGTTTCTCTGTGTAGCTCTGGCTTCCTGGAATTCACTTTGTAGGCCTGAATGACCTCAAACTCAGAGGTCTACCTGCTTTGCCCCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCATCATGCACAGTAACATATAGAACTTGATAAACGACTAGAGAGTGGAATGAAAGAAGTAGAATGGAGGACAGTTCCCAGATGTTTGGCTTGAGGAAACAACTGGTCATTGATGCTGAGTTGGAAAACCAAAAGGTGCACAGCTGAGTGTGGTTTCACCTTGTTTTCAGCCATATTAAATTAGGCAGTCCAAATACAAATGTGAAGAAGATGGTAACATTTCTGGAGCAGGATGTACATGGTGGTGCATAAATCATTAAATCAGTATTCCCAGAGGCAGAGGCAGACCTCTGTGAGTCCAAGACTAGCCTGTTTAACATTTGAGAACATTAAAAACAAATAGATAAAAAAGATTTCTGGAGCAAAGTTAAGGGCTAGACAAAAAGACCTGGGAGTCCTAAGTAGAGAAACAATAAATTTGAATGAATGCCGTATTTGGGGTTTGCATCAATATCTGAGACTCAGGACAAGTTTGAAAGAAGAAATAGAGTGAGAATGGAAAATAGTCCGGCAAACTATACATGGAATAAGAACCCAGTCCTTGAGTGTACAGGGAAAGGGAAAAACATACATAAGATTACTTCATTTTTCATAATCAAAGGGTCTACCTTTAAATTGAAAGGTATGCTTACTCTGGAGGTGTAGCTTGGTGATAGAGCACTTGCCCATCCTGTATGAGGCCCTGGGTTCAGTTCTCAGCATAATAAACCAAAATAGATTCCCACTAAGACATAATTAGAGCCAGGTGGTGATTGTAAACACCTTTACTTGAAGCATTCTAGATGCAGAGGCACATGGAACTCTGTCTACTAAGCAAGTTCCAGGACAGCCAAGAATACACAGAAAAGCCTTGTTTTGAAAAAAGAGAATCGCCGGGCAGTGGTGGTGTACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGACTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACAAACAAAAAGGAGAATCAAAGGTTATGGTATATAGCTTAATAGAATGATTGCCTAGTGTCCACAGAGTCTTGGGTTCCAACACCAGCACAAAATAAACTGGTTGTAGACATGGAGACTGGAGGATCTGAAGTGTGAGTTCATCCTCAGCCTCATAGTAATATCAAGTCAACCTGGGTACATGAGACTCTGTCCCTCCAGTTCCAGGGCTTCCTTCTAGAGCACTGTACTCAGCTGTGTTTGTGTTGATGCGTGTGGGTGCAGTGGGTGAGAATCTATAATCTCAGAATTCAGGAAGCATACACTGAAGTATCTTTGGAAGCTGAAAGCCAACCTGGTCTACCTAGTGAGTTTTAGGACAGTCAGAGCTACATATGCAATCTGTTTCTGTCAAAGAGAAACAAACATGACTAGGGGCTGGAGAGATAGCTCAGTGGTTAAGAGCACTACCTTCTCTTCCAGAGGACTGAGGTTAAATTCTCAACAACCACATAGAGGAAAGTTAATCAGGAAAGCATGTGATCCAGAAAACAGTAGACCCAACCAAAAGGACAAATGAAGGAAATGTCAAATATGCTGCTGAGGGGACGGTCTCACAGGGTCACATGGCACTTCATGTGGAGACCCAGCAGTGCTCAAGTAGGACAGATAACTGCTGGGGTGGCTTCCTGGGAAGATGAGTTCATGGCAAACTTGAGAGGAGATTTAGACTGTTGGGGAATTAGTTAATTTGCGTTGAACATAGAGAAAACAAAGCAGAGAACAGCTGACTGGTAGTATGTACCTATCATCCTATCTTGTTTTGGTTTTGGTGTTTTGAGGTAGAGATCTGCCTTCCTAGTGCTGGGAGTAAAGGCATTTCTACTGCCTAACTTCCTTACATAATTGAAAAATATTCCCAAGCCAGGTATGACAGCACACACTTATACTATAATCCTAATGCTTAGAAGGCTAAAGCAAAATAATGGCAAATTCAAGGCCAGCCCAAGCTACAACAAACAACAACACAGGTCAGGGATGGTTGTGCATGCCTGTTAATCCAAAACTCAAGAGTATTGTCAGGATCAAGACCAAGCTGTGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACTGACTGTTCTTCCAGAGGTCCCAAGTTCAATTCCCAGAAACCACATGGTGGTTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGGTGTGTCTGAAGACAGTGACAGTGTACTCATATACATAAAGTAGATAAATCTTTTTAAAAGAAAAAATACAAAGCCACCTTTGCCTGTGCAGCTGATCCAAAGACAGGGCAGCCTGTGTTACATGAAATGAGATCCTGTCCAGAAGAGCTTAAAAAAAATAGAGAAAGAAAAGAAAAATGTTGAGAGTATAGCTTAATGCAGTGCTTGCCTAGTGTTCATGTAGCAGTAGGTTTGATCCACAGTACTGAATATGTGTAGTACATACCTATAAGGCCTCCTGAAATCACACCATTCTAGAGGAGGAAACATATAAAAAACATAGACATTTTTAAATCAAAATACAAATTGGACTGCTGCTCATGGCCTTTCATCCTAGCACTGAGGAGGCAGAGGCAGGCAGATCTCTGTGAGTTCCAGGACAGCCTGGTTTATAGGAAATCTTTGGTTATTAGTTAGTTTTGCTTTTGTTGTCTCTGGTTTTGAGTTAGGGATAGAACCCAAAGCCTTGTTCAGTGTTTTGAATGTGAATGTTTACCACAGGTTCCAATCTTTGGTGGAACTGTTTGTTAAGGATTAGATGTGGCCTTGTTGGAGAAGATATGTCACTAGGGGTGGTGAGGTGTTAAAAACCCATGCTATTCTAGTTAGTGTTTTCTCTCTGCCTGATGTAAGCTCTCAGCTACTGCTCCAGTGCCATGCCCCACAACATAATGGTGGTGGACTCAGCTGCAAAAAAAAAAAAAAAGATTTATATATTTTATTTATATGAGTACATTTTGCTCAGGACCTCTGGAAGAGCAATCAGTGCTCTTAACCACTGACTCATCTCTCCAGCCCCAGATGCTTTCTTTTATATGTTGAGGTGTATGTTTGTAGCAAGAGAAAAGTAACTTAAGATTACCACTTAGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCATCTTCTTGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACCTGGTGACTCACAACCATCTGTATTGGGGATCCGATGACCTCTTCTGGTGTGTGAAGATAGCGACAGAATGCCCACATACATGAAATAAATAAAATAATTTTTGCTAAACTTTAAAAAAAATGACTACCATTTAACTACATATCCAGTCCTACACTACAAGAAACAGACTTTACCTTCTCTCTTTAAAAAATAAAAGGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGAGGTTAAGAGCACTGACAACTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAAT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Seq C2 exon
GGTTTATGAGTGTAACAAACGCTGCAATTGTGACCCAAACATGTGCACAAATCGGTTGGTGCAGCATGGTCTGCAGGTTCGACTACAGCTGTTTAAGACACAGAACAAGGGCTGGGGTATCCGCTGCTTGGATGATATTGCCAAAGGCTCTTTTGTCTGCATTTATGCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000015697:ENSMUST00000107170:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0503311=Pre-SET=FE(33.9=100)
A:
NA
C2:
PF0503311=Pre-SET=PD(15.7=31.0),PF0085623=SET=PU(4.4=34.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types