MmuINT0169163 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032307 | Ube2q2
Description
ubiquitin-conjugating enzyme E2Q (putative) 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2388672]
Coordinates
chr9:55016010-55024054:+
Coord C1 exon
chr9:55016010-55016114
Coord A exon
chr9:55016115-55023997
Coord C2 exon
chr9:55023998-55024054
Length
7883 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
ACAGTCTTTCTCTGTTTCAGAAT
3' ss Score
11.39
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCGTCAGCAATTGAAGTGGTTGATATGTGACCTCTGCAGATTATATAACCTTCCTAAGCACCTGGATGTTGAGATGCTAGATCAACCACTACCCACGGGTCAG
Seq A exon
GTAAAGTAAACGTTCTCTAGTGTTGAAGAGCTGAACTCATTGTCTTAATTGAAAGTTAAACTAGGATAATTTAAAATTATTATACAGCCTATTTGGAAGTTAGTTTTGTGTTCCTAGTAAATTGCCTTGCTTTAGGTGCTAACACAGGCTTTTCATTTCTTGGGGTTGTTTGTATTTTACTGTAATAGGTGAGCACTGCTCTCCGACCCCTCCATTTTGATTTTTGTTAAAATCAAAATGATTTGTGTGTTTCTTCTTTGACTGGTTGTTTAGTCAGTTTAGTCCTTTGACGTACCATGTCTAAAAGTCTGTCTGTGCTTCTTAAGATGAAATGCAAAGTTAGCTCTCCCAAGCCATGGAAATTTCCACCAGTTCAGCAATCATCCATGACATTTAGACTTACCTAATTAGCTATTAGTTAACTGACTTTTTATTACAATAAATGAGGATTTAGCTCTTATATAAACTACCTACTTAACCACCTACTGCTTCTAAAGCATTGCTTAGTCATGAACGATCAGTGCTGTGAGGACTTTGGGGAGCCATGTTTTCTGTTATGGCATTTCCATACCTGTGCATTCTTTTACTTCTCAGGGTTCTTTTTATAGTAATACTTCCCAGTTTATAAATGTCACATGCTCTTTCTGGGATCCTCTGTCTATGGAGTCCCTGTCTCTTCTGCATTAATTAGTCTTTGTGAGTTCTCGGATGGCCTGTACAGTTGTCACCTTGAGATTTTTCTTTTCTGCTATCCTAGAGCGAATCTATTGATTCCTGGATCTCATGTCATCTCTATTGGCTTTCTTTTTTCTTGTTCGTCTCTATTTATTACACTGTCGGATAAAGGCCGAAGCATGAAGGAATGGCATATTTCCTGAGTTAGCTTTTGAAAAACCTGGTTCAGAGTTGGTGTTAGAACAAGCCCGCCCACACTGGTTCCAAAATGTGGTTCTTGTTGCCATCTTCCTAGTCTTTGACCACTTCTCACTTGTACAGAGTAGTCGGTCGGAGTGGTTTGTCAGCACTGCAGGTATTCTAAAAGCAGTGCGCAGTGCTGTACATGGGAGTTGTGTGGCCTCAGTATCAGCTGCTGTTGTGTTCTCTTTCACTCAGTGTTTGAGTGAATAATAAATCTAGGCTGAAATTTTTGCCTAAGAATTTCAAATAACTATGCTGTTGTCTTCTAGCCAGTGGCGTAGCTGAAGCTGATGCCACCCGGAATCTTATGTATGATTTTTCTTTGGAAGCTTCAGGGAATTTGTGCTTTCTTTGGTGTAATGCACTGCAGCAGTGTCCTTAACTCAGGATCTTTTCTCTTTCATTGCGCTGGACGTTGAGTAAGGCTGTGTCCCTTTCCAAATTTGAGTCTTGAGTTTTGGTACATATTTTTGTGTGTTAACTTTGCTTGTCTATTTTGTTTGTTTTGGAGTTTATTAACTGGACTTTTCAATTTTGTTTTTACGTTTTGGAGACATGGTCTTGTACACTTTAGGCGCAGATTTCAAAAACCATATGTAGCTGAGGCTGATGGTTGTCTTTATCCTGAATGCTAGAATTACAGGCTGTATCGTCAATGCTGGGCTGCTTTTAGATTTTTAGACCTCTTGGTTTGAGTCTTTACATCTATTGTATTATATTCTTTTTCTTAATTTTATTTTATTTTTATTTGTATATGCGTGTGTGTGTGTTGGTATGAACGTTGGTGGCACTTTTATGGAGGTCAGAGAACAACTTGCAGGAATTGGTTCTCTCCACCATCTGAGTCCCAGGATCAAACCCAGGTGGTCAGGCTTGGCTACAGGCACCTTTATCCACTGAACCAACTTACCTTTTCTCTCTTTCTTTTAAAATTTTGCTGTACTGTCAACTTTTTTCTATTTCACACGGACAATAATAAGTTTTAAGGTTTTAAAAAATATGTGTATGAGTGTTTTGCCTACATGTATGTGCACCACATGCAACAGTAGAGAATCTTGGTAGTCCCTGGAAGTAGATGTTGTTAGCTGCCATTAGGTGCTAACAATCAAACAGTAGGCTTCTACAAGAGCAGCAAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTTTAGCCCTGAAGTTTTGTTTTTATTGTATATGTTTACCCTATTTTCTCAGAACTTAATGGCTTAGAGCTGGATGTGGTGGCACACGGGAGGCTGAGGCCAGCCTGTCCTACAAATGAAGACTCAGTCTCAGAACCCCCAAACAGGCTGGGGATGGATGGTAGTACTCACCTTTAATCCTGGCACTTGAGAAGTAGAAACAGACGCATCTCTTGAATTTGGAGCCAGTCAAAGCTGTACTGTGAGACCCTGTCTCAAAAGATTAAAACAAAAAAATCTTAATGCCTTAAAATAGTAATTGTTGCGATTGGATGGATTAGTTAGGCTTAGCTGAGTATCTATTGGTTTCATTTGGTGACTGTTGTGTGCAGTCAGGTGCACACTCGCGATAGTATGGCTGTGGACAACTAGTGTGATCTTTATCTCGAACAGCTCTCAAGTGTTCACACATGGCTTCCTTTTTCCCCCACTCTTCATGTATCTGGCATCTTTAGTGTTTCTTTGCCTGGCATTTTTTCTGTACATGACATCATCCTGAAGGGCCTCTTCATAAGGCTTCTGTTTCCTCAGAATTTCAGTCAGAACTCTTCAAGGATACAAGAGGGGAAGTTGCTGGGCATTTTTTTTTTTCCAGGACAGGGTTGCTCTGAGTAGTAGCCCTTGCTGTTTGGCAACTCACTCTGTAGATCAGGCTGGCCTTGAACTCCTTTATCTACCAATGCCCAGCTTAAGTTGCTGGGCATTCTTAAGGCTTAAACCTGGAGCACGCCAGTGAGGGGTTTGTGAGCTGAATCATTCTCCAAGCCAGCGCAGGTTCACTGTGGGCTGTGAGTCCTAGGCTTTAAGCCTGGTGGTGTGATTCATCTGGAGGAGGGAGTCATGTCCAGTCTCGGAATGTGAGCCTGAGCTTAAGAGCTCTCTGATTGTCCCTTCTTCCTAGCATTCTGTACAGGTCATATAGATGTGGTAGAATCATAAACCAGCTTATTGTGGCACTTTGGCCTGTTTAGCATCTGTATTTTTTTATTTGCTATATATTTTCTCAGTTTCATCTTGTCTTGTATATATTGTAAAGCCTGTTCTCAAGTATTTTTGTGTCCTATCTTTACTCATTTGTATTTTGATGTTTTTTAAACATACCTTTCTTCATTTGTGCCAAATAAATGATGTGGAGTTCCTTGTAGCCAACACTTGTCACCTGATAGCTTTAGGGGGAGTTTATGTTGATTCCCAACCACTCTTCCCCCTACTTTTCCACTTGTTAGTACAGGGTAAAAGATGGCTCCAGTTTCTCTGCAGATGACATTTTGTCTGACAGATAATCTCCTGGGTTCTACTTAAGGAGGTGGGGAATGCAGAGCATTTGAGGGCTGTGTGGTGTGTGTTGCAGGCAGGCTTTTGGTTAGTCTGTAGGTTTCCATCCTGCCTGCTGCTCCTGTTGCAGTGTATTTGGTGTCTTGAGTCTGGAGCCTCTGAATTGAGGGTGCTTTTTGCAGATCTCTCCTTGGTCACTGCTGTCTCCTGACCTGTACTTGCACTTGTGAGCTTCACTGATCACAGCTCCTATTTACAGTCATCTAATGGAAATGGTGTTTTATTGCTCCTCATAAGTCCCTTTTGCTTTTCAAATTTTTGTATTTATAAAATGTTTATTCTTTTGTAATTTAGTGGAGCCTAAAGAAAGATGAGAAAAATGTTTAATTTTTCTAACTGTTCAGGTTTTATTTTCTAGAGGGTCCATGGTTTTGTTTTTTACTTACAATATATCCTGAACTTGAAGTCTGTCTTGTTTTTCCTGGGTGTAGATTGGACAACAGTGTAGATATCCAAGTTAATTTGTGAATTATGTAAGAAAAATGGCCTGATTTTGAATCATCCTTTGTGTTTTGGTAATTAATATTGTTAGGATAGATGTGGTAATTTTTTGTTTTCACTTAGAGTCTAAGGTTGTTGAATGGTTTTGTTTCTTTTTTAGGCTCTTGTTTCACTTCTGCATCAAGGTTCTGACTTAGGAAGCTTTGCTGTCTCTCCAGCCCTCACAATGTTTCTCTCTGCCCTGGAATTTATCCAGTAGGCTAGGCTGGCTGTCCAACAAGCCCCAGGGATCTGCCATATCTGACTTGTACATGGGTACTAAGGATCTGAATTCAGGTCCCATGTTTACTGCCTGAGCCCCTCCTTTAGATCTTCATAGCTAGCCATCTGTCCTTACTTTCCTCTGACTTTATCCTTCATGCGTGCTTACTTCTGTATAGTTTAGTGTTGCCTGTATTGAGCTTTAAGAGTCACACTATATATATTGGCATGTTTTCTTTGCAGTTCCTTTTTTATTGCTATGTTCATTTCGTTGTTCAAAAAGATGAGAATGCCCATTTTCCACTTGAGTGTTGATAGATAATGGTAGGCTGTTTCTAGTTTTTTGATCTTTTTGTTTGGTTTGTATTTCTGTTAAGAGTCCTACTGTGGATTTTCTTGTTTGTATTTCTGGATACTCTTGTGCAGTCATTTCTCTGGGGTACATACTTAGGGGGTTGCTTTGCTAGGATTATCTCTCTCTCTCTCTCAGACCTAAGAGTTATCTAGACAGAACGGTACAATACTTTTCAGGTGACTTTGGGTTACTCTTGTTTTTGTCAGTACATGTGACCTTGCAAGTGATGGACTGACCCGCTGCTGTCAGTGCTGTTACTGCTACTCCCTGGGGGATCCCTCCAGAGTGTACTCTCGTCTTGATTTCCTAGAAAGGTTTGGTTTATGGAGATAGGTATGGTATGCATGGAGAGTGTTGTATACTTGGTGTCTGTTTTTAGCATGGAAAGTGTGTTGGTGCGGAGAACCCACATATACAAGTGTGTACACGTACAGAGCTTCTGACTGAATGGTGCCAGTTCCAGAGTTCTAAGTTCCTTAGTGGGTGTTACAT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Seq C2 exon
AATGGGACAACTGAAGAAGTAACTTCAGAAGAAGAGGAAGAGGAGGAGATGGCTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032307-Ube2q2:NM_180600:3
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
No protein impact description available
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.564 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0577317=RWD=PD(14.7=48.6)
A:
NA
C2:
PF0577317=RWD=FE(14.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
Other AS DBs: