HsaINT0176423 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000140367 | UBE2Q2
Description
ubiquitin conjugating enzyme E2 Q2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:19248]
Coordinates
chr15:75859878-75869010:+
Coord C1 exon
chr15:75859878-75859982
Coord A exon
chr15:75859983-75868950
Coord C2 exon
chr15:75868951-75869010
Length
8968 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAG
5' ss Score
9.65
3' ss Seq
AGATTCTTTCTCTGTTTCAGAAT
3' ss Score
10.35
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTCGTCAGCAATTGAAGTGGTTGATATGTGAACTCTGCAGTTTATATAACCTTCCTAAGCACCTGGATGTTGAGATGCTAGATCAACCACTACCCACGGGTCAG
Seq A exon
GTAAAGTAAAAATTCTCTAGTGTTCAAGAGCTAAATAAATTGTCTCAAGCAAAAGTCAAACTAGGATGATTTTTCTTTTTATTGTTCAACTTATTTAGAAGTTAGTTTCATTTTTGTTCCTATTGAATTGTTTTGTTTGTTCTGTTTTAGGTACTAAAAATAAACTTTTCATTCTTTGGAGCTGCTGGTATTTACTATACAGGCAAACAATTGCCCTTCTCTCTACCACCACCTTTTTGTTAATATTGCTGGTTTCCGTAAATGCTCTTGCTTCTTTCATAGTTTGTCTTTGGTTATTCAATTACCTTCACCTAGCAATGTCATCTCCTTAAGTCTGTCTGTGCTTTTTAAAGACTAAACCAAATGTTATCTCCTGCAAGCAACAGAAATTTCCACTAGCTCACCACCATCACTAATTTCATTCTGGATTTACCTATTTAGGCATCTAAATATTTATTACCTATTTATTTTTTTTTTACTATAATACATGATAATTTAGCTCTTATACCACCCACTTACCACTCACCTCCCCTTCCTCAAATATTATCTTTAGTCATATAAGTAATCACTAATTATCATTAGGACTTTGTAGAGTAAAGCCAAGTTTTCTAGAATATTTAAGATAGGATATTTCCTTTCTTGGTGCAGCTTTTTGTTTTGCAGTGTCTTCCTCATAATAGTAATTTTTAATTTAAAAAATTCTGTTGTAGCCCTTTCTGTGAGGTTTCCCTTTCTTCTGAAGCCTTTGGTTCCTCTGTGCCCATCTTGGCAGGTTGTTCTTTGGGTTGGCTGTGCAGATGCCATCTTGAGGTTTTTCTCATCTGCTCTCCTACAGTAGATCCATTGTTTCTTGGATCCCATGCCATCTTTCTTGGCTGACCCTTTCTCATTTTGCCTGACTATATTCTCAGGTAAAACCCTAAGAAAGCATGGAGGAGTACATTTTCTGAGCTCTAGCTTCTGAAAAATACTGTCCAGTGTTTGGTTTTTGGAGCCAGACCGTGATAGGTTTGAATCTTTGTTCTGCTACTTACTGGCTGTATGCCCTTGGGCTGATTCCCTAATTGCTCTATGCATCAATTTTCCATTGGCAAAATGGGGGAACCAGTAATAATATTAGTACCTATGTTTTGGGGGAACTATGAGGATTAAATGAGTTCGTACAAGTAAACCATTTAGAACAGTGCCTGGTGCATAGCACATCCCCATCAACGTTGACTTCTGTTATATTCTACCCTCCCTCACACTTGATTGGTAGTTTGGTTGATTATATATTTCTAGGTTGAAGATAATTTTACCTTAGAATTTCAAAGTCTATGCTGTTGTCTTCTAACCAGTCGTGGTGGTGAAGCCTCATGGCATTCTGAGTTTCAGTCATTTATGTATGGCTTTCTCTCTGGAAGCTTTTAGGAGTTTGTCTTTTCCTTGGTGTGCTGAAACAGCACAACAGTATACTTAGTGTGGGTCTTTTTTCACTCATTGTGCTCAGTACACCAAATGGATAGGCCTATGGATAGGCTCTTTCAAATTTGGAATCTTGAATCTTCTCATAATTTTGTTAACTTTCTCCTTTCCATTTTATTTGTTCATTTTGAAGTGTCCGTTAATGGGATTTTAGACCTCTTGTCTTGAGTCTTGTATCTCATATTATTTCTAAATTATTTTTCTTTAATTTTAAAATCTGAAATATTTTTCTTTCAACTTTTGGAAATGTTATTTGGACAGTCATAGCTTTAAGTTTTATTTATTGTTGCTTAACCAATTATCCCAAAACTTAATGGCATAAAACAACAAATTTGCCTATCTATCACTATTGTATGGCTTAACTGGGGCTAGTTGGACAGGTTTTCTGCTGGTCTCATTTGGCAGCTCTCACTATGTGGTTTAGACGGTGGCAGGGACTGGTCATCTGGATGCTCAGCTGCAGTGGAATGTCTGAGACGACTTCTTCACCCACAGGTCTGCTGCCTTGGTGTTTCTTCATCTGGCCTTTCTCTCTGCATAGCGTCTCATCCTCTCGGGCCTCTTCATGTGGCTTCTCTTTCTCCAAGAGGATAGTCAGTTCCTATTTTTGGCTTCCAGAAGCACAGAAGTGGAGCTGCCAGGTGTTCTTAAGGCTTAGATCTGGAACAGGTCCAATATAATTTCTACCAAATTCTGTAGGTTAAAGTGAGTCTCAGGGCCAACCCAGACTCACTGTGGGATGGGCCCATCCAAGGACGTGATGACAGGAGGTGTGGTTCATTGAGGACCAACTCCCAAGATGAGCCCTGAGTTCTAAGAACCTTTTCTTCGCTGGTTATTTTTTATTCATATTCTATTTTTGTTCCATGGTTGTATTCATAAGTGTCTTTAAGGAGCTATTTTGATACTCTTTGGCCCTCTCCCTAGCATCTCTTTTTTCTTTAATAAATTTTTTTCTTAGTTTATTTTGGTCTTTTTTTTTTTTTAAACCTTTCCTCAGGTATCTATTCTATGTTGCTCATCATTTGTAGTCTTTTAATTCCCTTTTTTGTTCATATTTGAGAGAGGTACTAAAAGACTGATTGGGAGGCTGGGTGTGGTGGCTCACACGTATAATCTGAGTGCTTTGGGAGGCTGAGGTGGGAGGATCACTTGAGCCCAAGAGTTAAGACCAGCCTGGGCAACATATTGAGACCCCATCTTTACAAAAAATAAAAAATTAGGTGGGTATGGTGGCACCTGCCTGTAGTCCCAGCTACTCAAGAGGCTAAGGCAGGAGGATCAGTTGAGCCTATGAGGTTAAGGCTGCAGTGGGCTGTGATCATGCCAGTGTACTCCAGCCTGGGTGACAGAATGGAACCCTATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGACTGAAAGACTGATTGGGAGTTCTTTGTGGCCAAGACTGGTAGCTTTTAGTGGGAATTTAGGCTGATTCCCAATTGTTATTCCCTACCCCTCTATCTTATCTCCTGGTGCAATCATAAATGATGGCTGGAACTACTCCATTCCTCTGGAGATGAAATCTGTGTTCTTTTGCCTGAGGTAGATGTATGTTTGCTTAGGTTCTGCTTAAGGAGATGTGGGAGAACAGTGTGTTTCAGGGCCTGGAAAATGTGTTCTGTATATAGGCTTTTGTTAATCTGTTTACAGTCTTGCCTATCTGTCCCACTTTCTGGGGTACCTAGTGTCTGAGTCTAGAGCCTCTTCAGGGCGCTGTGAGATAAATTTGCCTTCTTGCTGTCAATATCCCCCTAACCTCCACCTTTGTTGGCTTTGCTCCATTAATTAACTATTTTCCATTTACTGTCATTGTCTAGTGGAGGTGAGTTCTGGTCTGCCGGTAACCCCATTCCTTTTTTGTAATTGTGTGTTTATTCTTCACCGTAATTCTAGTGGAGCCTCAGGACAAAGAGCAGATGGGAGAAATATGTGTTCAGTATTCACTTTTCCTTCTGTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTTCTTTTTTTTTTTTGACGGAGTCTCTCTGTCGCCCAGGGTGGAGTGCAGTGGCGCGATCTCAACTCACTGCAACCTCTGCCTCCCGGGTTCAAGTGATTCTCCTGCCTCTCAGCCTTCCAAGTAGCTGGGATTACAGGCACATGTCACTACGGCCAGCTGATATTTTATAAACATCTATGATCACCTGGCCAGTCTTTTTTTTTTTTTCTGAGTTGGAGTCTCGCCTGTCGCCCAGGATGGAGTGCAATGGTGCGATCTTGGCTCACTGCAGCCTCCGCTTCGTGGGTTCAAGCGATTCTCCTGCCTCAGTCTCCCCAGTAGCTGGGATTACAGGTGTGCACCACCACGCTCGGCTAATTTTTTGTATTTTTTAGTAGAGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACTCCTGACCTTGTGATCTGCCCACCTCGGCCTCCCAGAGTGCTGGGATTACAGGGGTGAGCCACTGCACCTGGCCCCTCACTTTTCCTTCTGTAAGACATCTGCAGCTTGTGTTTTTCACTGAATATCACATGGACTTAATGCATAGAGAGCTGCCTGGTTTTTCATGATTGTGCCCACGATTCTGTATAGGGATATAATTTATGAATTCCTAATTTTGAATCATCCTTGCATTTCTATAGTAAACACCGTTAGAATGGATATGGTAATACTTTATTTTTGGATTTTTACTTCTATATTAAGTAAGGTTATACTTTGTTTCCTTTTAGGCTCTTATTTCAGTATCAAGGGTATGCAGGGGTGACTTGGAAAGCTTTACATCTTTTTTCCTAAGATCTAGGGTGTAGATCTAGTTTACACAGTAATTTTCAACTGGAGGAGATTTTTGCCTCCCGTGGGACATTTGGAAATATCTGGAGCCATTTCTGGTTTTCACAACTGGTCATGGTAGGGGTGCTGTTGGCATTTCTTAGGTAGAGGGGATGTCACTAAACATCCTACAACACACAGGAGAACCCTCCACAAAGAATTGTCTGGCCCAATACGTCAATATTGCTGAGGTTGAGAAACCATGGTTTAAATAAAACTCCAATCTGGAGGATGAGTCTTTGACTGTCTTTTTCCTTTTTCTATGTATCGGTCTCCAGATTTTCCACTTCTTCAGTTTTAGTAACTGTAGATTCTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGATCGCTTCATGTATACTTCTAAGCTGTTGCATCATATTCACATGTGGCTATATGCCGTTTTCACTTCAAAAGTTTTCTTTATCTTGATTACTTATCAGAGGCTTGGCTGTTTTATTAGTCTTGTGAAAGAATCCTCTTTTAGTTTTATTTTTTAAATCTAGTGTTTTCTTTTTCATTTTTTGCTTATGTCTTAATTATTTCCCCTTTTTATTTTGCTTTTTCTAGTTTAGTGGATTAATGTAATTTAAATTGCTTTTTAAACAAACATGTAAGGGTATACATTTTCTTTGGGTGCTGTTTGAGTTTATTGCACAAGTTTTAAAATCTGTTTTCTAAGTAAGTTTATTCCATCATTTGTTCACATTGCCATACTATTAAAACTTTTTATTGTGAGAGATGACATGTATTAAAAATATGTAAAACATAAGCTTAGTGTAACTCATAATTAGAGTGAATACTTGGGAGCCAACACCTAGCCAGCACCCAGGTGAAGAGAAGGAACATTGCTCGCACTACAGAAACCTTCTGCAGGCTTCTTCCTGATCACTGTTCCTCTGTGCACTCATCTTTCCTTACATTTCTCTAGTGTTACCACTTATGTATGCATCCTTGAACAATACAGTGTAGTGTTGCCTATTGCTGAACTTTTGAAAATCATACTGTATGTATTTTTTCGTACCTTTGTTGTGCTTAACATTGTGTGTGAAATTTGTTCCTATTGTGTGTAGCTATAGTTCTTTTGCATTGCTGTATTTATTCCATTGTTTGAATACACCCTACCATTTATCCCCTTGACTGGATACAGACATGTGGGTTGTTTCCAGTGTTAGGAACAGCGAATGCTGCTGTGATCATTCTTGCTTGTATTTCATGGTACCCCTGTGCCAGCATTTCTCTGGGGCACATACTTAGGGGCATGAGGATCAATTTCTTCTTTTACTCAAGAGTTATCTAGGAAAAAAAAAACTTTTTAAAAAGCATTTTCAGATGGCTTTTCAGTTATTTTTAGTGCATCAATATGGTCAGAGAATATGGCCTGTGACCTTTCAGCTGCATTATCAGTAATCGTTTAGACTTCACTATTGGTGTTACTGCTGTCTTTGCTTCTTATTGCTGCTCCTTGTATTATGTGTCCTGCTCCCTGCCCCTCAAGTATATCCCTGAATAATATCTGGTTGTTTTTTTTTTTTTTAACCTAGAAAGGGTTTAAAGGGATGTGCATGGAGAGTGTCCCTTGAATACTTGCTGTCTGTTATTTGTTCAACAAATATCTGACTCTGTATAAAGTATTCCACATTGGTGTGGAGAATCTGGAGGTGAACGTACACAGATAATGCTTCCTGTCTTGATGGAGCTAGATATAGAATTCTAAGTTCATAATTGAGTCTATTCCCAGTTCTTTACGCTTTTATCTTCTGATATTTGTTACAAATGAAAAGTCTGATGCCTATCTCATTCTTAATTCTTTCTGTGTATTTTATTTTTTCTTTCTGGTAGTTGGTATGATTTTCTCTGTAACTGTAAAGTGTGGGGGTTTTACTTTTCAGTTTTACTTTTTTTTTTTGAAACAGGGTCTTGCTCTCTTGCCCAGGCTAGAGTGCAGTGGTGTGATCACAGCTCACTGCAGCCTCTACCTTCCTGGGCATAAGCAGTCCTCCCACCTCAGCCTCTTGAGTAGCTGGGACTACAGGTGTGCACTGCCACCGTGCATGGCTACTTTTTAAAATTTTTTTGTAGAGATGTGTTTTCACCATGTTGCCCAAGCTGGTCTCAAACTTCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGCCTTGGCCTCCCAAAGTGTTACAGGCATGAGCCACCGTGTCCGGCCTTCAGTATTCCTATGGGGCTTTCAGAGCCACTTAATATTCTAAAGTCTTTCTTTAGCTCAGCAGCACTTGTCTCTTTTGTTTCTTTTTATTCCCCTTCATCCTCTGGATGAATGTTAGATCTCTATATCTTCAATGTCCCTTAACTGTTCTCTTACTTACATCTCTTCTGTTTTCTCCCCCATCTCCTTTTTTTCTCTGTTCTAAGGAAATGTCACTGTTTGTTTTTCTTAATCATAAATACCTTGTTGGGTCAAGTCCATAGTACTCTGGCCCTTCTACAAGTGGTTTTTTGGGGGTGGAGGGGATCTTATTTTTACTTTCTAGAATTGTGCTTGCATAGTAATCTGTTTTTTATTTTGTGGATGCAGTATCTTCCCAATTACTGCTAAAGATCCCAATTAGGTTTTAAAATTCTATTTATTTCCTTCATTAGTAATGCTTCAGATCAATTGTGCTTACTTGACTTGGCACTTTCAGATTGCTAATTTTCTTCAGCTCTCTGGTGATACCTGGTTATCTCCTCATTTATAGATGAGATATACCCTTGATCAGTATCCATTGTTGACCTGAGTGTCTTCAGAATTGTCACTCTTTTCTACTGTGGCCTCCCCCTCCTGGTTTGCAGACCTGTGCTCTTCCTATGGCATGAGGATGGGGAGGTGCTGGCTGGTGAGCTTTCCAGCTCCTGAGCTAAAAGGAAGAGGTGGAGTCTAAGATTTTGCTGCTGCATTGAGTTATACTAAAAACACTCTCTGTCTTTTCTGTCTGGTTTTGACACTCATAGAGGCCATCAAGATAGGGTTCCTATATAGGAGAGTGATCCTTACCAACTGTAGATGGGACAAGTACAGTAAAGAATGTCTGATTCTTCTGAAAAAAAGTGGTCCCTGCATTATTTGGATTGAGTCTGTGACTTTCTCAAGCCCAGCAGTCTGATTCCATCTCCTTTGTATCTTCCAGCATGTCCTTATAGTTTTAGTTCACTAAGGGTATTCTCCTTGTATTTGTTTTTCTGCTACTGCGGCAGACCTACTCTTTTTTTATAAAATTCTGTCATTTCAGTGGGGTTTTGAAAAGAGGACCAGGCCACATCTTGAAATGAAATCATCTTAGGGTTTCCCACGATTAACTCACTTTTTGTTTTGATTAAATTACTTCCCCTTTTTGAGGTGATGGGGGCTCAGTTTTCTCATTTTAAAATGAGGGATAGTAACTGGGCTGATGGTGACAGACCCAGATGCATGTGAGAATCACCTCAGAGAGCTTTTGAAAAACAGATTCTCTGGGTAGGCTTTGAAATTGGCATTTCGAAAATGCTCTTTCAATCGTTGATGCAACCAAACTCTTTGGGAGTTTTAGGCTAGGTATATAGTCTTTAGATACCCAGAATAGTTTGATTTGGAATATAACAATTTAGGGAAATGAAAAAAGGGAGAATTACATTTTGGAAGCTGCTTGCTTCCATTTTCCATTAGTTTTTAGAAGACAATGTGTCTAAAGAGATGCAGATTTAAAGGAAATACAAGTTAATTCTGCATGGGTATGTTTACATGGAATTCTCCAGCTGACTAATCCAGAAGAGTTCTAATACCCTCTGTGATCATGGGTTTGTTTTTCTTGAGAATTATTCCATCAGAGTGTCTAATAACAGATGCTTAGATACTGCCGAGACCTTTGTTGGTCTTACTTGATCTCTGGATCCTGGTTTCGTGATCTTTTACATATTCTGTGTTCTAACCTGAACTGGCCTTCATGGTTAAAGATGCATGTATAAACAGTGTCCTGGCGAGGGCTTACCTTTTGAACTTTGTCAAAAATGGATATGAAAGTCCTTCCTAAAACCCCATCAAATTCATTTCTGAACTTGATAAATTGTAAATTGTGTAAATTGGTTAAGTTGTGTCTTGTAGGGAAGTATTTTGTTGTAAAATGTTTTTAAAAAGAAAATTTGCTTTTTAGTGAGGTGGTAATCATTTCATAATTCTTAGTTTTGTGAAATGTCTATTATCAATAACACATCTGACTGTTCAAAATGTAAGGCAATTGAATTTATGTAAATGATTCAGGCTTTCCAAAGTTAAAAAGGGAGCTATTTTAAGGAATCGGTAGTTTGGGAGATTTTATTTTAAATAAGCCATTGATCTTATGCATATAGCCATATAAGTAAAATGTTTTCTTATTTTAAATTAGATTATGTTTTAACATTTTTTTCTGTTTTGCTTTATATTTGATTGCTTTTCTTTGTTCCTAAGGCAGCCATTAAGTTGAATTGTTCAAAATTGTTTCATTTTTAAAAGCTGATAACTTATTTGTTAGTCAAAGCTGGATTTAAAGATAAACATTTTAATTTTAATAAACTGTCTGGTAGTGGGACTCCAGTGACAGATGTTTGAGAGTTTGTGGCACCAGTCTTCTAATGTACTCAGCCTGTGCATATTTGTTCTGTATAGCCCTGGCAGATTCTTTCTCTGTTTCAG
Seq C2 exon
AATGGGACAACAGAAGAAGTGACTTCAGAAGAAGAGGAAGAAGAAGAAGAGATGGCTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000140367:ENST00000267938:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.310 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0577317=RWD=PD(18.1=60.0)
A:
NA
C2:
PF0577317=RWD=FE(15.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains