BtaINT0156232 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000004024 | UBE2Q2
Description
Bos taurus ubiquitin-conjugating enzyme E2Q family member 2 (UBE2Q2), mRNA. [Source:RefSeq mRNA;Acc:NM_001075530]
Coordinates
chr21:31660369-31671328:+
Coord C1 exon
chr21:31660369-31660470
Coord A exon
chr21:31660471-31671271
Coord C2 exon
chr21:31671272-31671328
Length
10801 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TCGGTGAGA
5' ss Score
8.51
3' ss Seq
CAAACTTTTTTTCTTTTCAGAAT
3' ss Score
10.21
Exon sequences
Seq C1 exon
GAATCTTATCCATCTTCTTCACCAATATGGTTTGTGGACTCTGATGATCCAAACCTGACTTCAGTTCTGGAACGTCTCGAAGACACTAAGAACAACAATTCG
Seq A exon
GTGAGAAAATAAACAACACTACTTTTTTTTTTCTCATGAACATAACAGAATTCAAGTGTTAAGAGGTAATATGATACAAAAGCTTGATTAATGACTATTTGATAACCTAGTCTTTAGCTCCTCTAAGATTTTTTTTTTGTCCTTCAAATTCTGTTTAGTACTCGGTTTCTCATTTTTATTCCCCGTAACTATAGTCCTATTTTAGCTCAGGAATTAGGTTGTCTCTTTCCCATGAATCCTAATCATTAAATTAAGTAAGCATTTTTGATTGGGTCCACTATCCAAGGTAGGAAAAGGGAAAAAGACTGAGATAGATGTGAGGGGGAAATAATGATTGAATGACCCCAATTGATGTTTCTGTCAAGAGTCTATATAACTCTGCAGTAAAAACCAAAGGAATATAAATTAAAAATTATTTTTTAATATATAAAGAAATCAGATTTCTTTGATTATAAAGCTATTAAGTGACCCTTGTGAAAGAACTAGTGAAAGTAAAAACAATAAAAGCAAAATAGAAGTCACCCTAATTTTTCTCTACCTGATAATAAACATTGTTGACATGATGGCAATGTTTAAAAATCAGTATTTTTCTTTTGCTTGTAAAATACATAGACTCTTAAACATACATTTAAGTTATATCATTTGCATTTTTCCACGATATCACAAAGTTCTTCTAGAAGAATATCAGTCATTATTTGCAGATGACATGATTGTTTACCTTAAATCCAAAGGAGTCAGTTGAAAAAGCAATTTTTAAGATGATTGATTAAAAGTTCTGTTATATAAAAATCAAGTTTTCCTAAATATCAGCTATAATCAAAAAATACAGTGGACAGGTATTTTATTGACAGCCACAATTAAAGAAAAATTAGACACCTAGGAATAAGCTTAGATGTACAAATTTTGTATCAAGAAAACTATAAACATTTGCTGAGTGGAATTAAAGACTTGACAACTGTGTTCCTAGATGTGCAGACTCCCGTATTATAAATATGTCAGTTATCTGTAACTTCATGTGAGTTTATAAATTGAATGCAATTCCAGTAAAAATTCCAACAGATTTATTTTTGGAACTTGACAAAATGACTCTAAAGTTTGTTTTGAAGAGTAAATAATAGTAATTATCTGACCAGATACTAAATAAAATATCAAGTACTAGCACTAAGCTGGACAGGTAAAGGCAGTTAGAAATTTAGAAACATAATCATGCAATTGAGAATTCAGAATCAGTTAAATTGAACCAAAATACTCAGTAAATAAAGGATAGATTATTTTATGAATAGTACTGGGAGAACTGACCATTTGAGGAAGTTAGACTGACCTCAGATTTTTGTCACAATAAGTTAGAGGTGGTTTAAACATCTATTCTTAAAATTACGATCAGAGGAACTTCAGTGTGAGTATTACAAGAGTAATAACAAAGCCATGAAGATTAGAGGAAAAAATTAAAAGCTAGACAGACATGTGTTCACATCTCCAGCAAGGGAGGGGCAACAGGACAGGTAATGAGCAATAGACATAGCCCCCTTACCAGTGCTTCCCTTTAGGAGGTTGCCTCAAAGATCTAAAGTTGTAAGTTTTATAATAGTAGAGATGAGTGGGCTTATTTTTTGATGTCTAAAATATTCCATCAAAAAATGCTCCTAAAGTGAAATGACATAGGATAAAAAATTTGGTCCAATTTTATGAACGAATATTTACATAAAAGAAAAAAACAAACTCATCCTCTACTCTTTCTTGTGCTCTCTGCCAGTTATTTTATAATCTAGTTTCTTGATCAAATAAGCTATCTTTTCTCACATTTAATTCATTATAATGGGTACGCTGCCACCTTTGTTGTACTAAAATTTTTACCCCTAGTTGCCAAATCCGGGACTAGTTCTTTAGTCCTAAAGTTTCTGCAGCATTTTGAAACTGTTGACTCTTTCTTTTTGAAACAGTCCTTCATTCAGCAAACACATATGCTTTACTGTCCACCAGTAAAGAGCTGGTTAAAAAAAAATTGCTGTATGGTTTTATGATAGAACATCATGTTGTTAAGAATGCAGCCAGTCTTTCCACAAGAGCACATGCAACGTTCCAAGATGTACTAAAGTGAAAAAATGAGGCAAAGCATATTTTCTATAATCTGGCCCCTTTTGTATGGTGGTTCAGTCACTAAGTCGTGTCTGTCTCTTGTGATCCCATGCGCTGTAGTCCACCAGGCTCCTCTGTCCATGGGATTTCCCAAACAAGAATACTGGAGTGGGTTGCCATTTACTTCAGGGGATCTTCCAGACCCAGGGATCGAACCCAGGTCTCCTGTGCTGCAGGCAGTCTCCGGCATTGGAAGCGGATTCTTTACTGACTGAGCCACCAGGGAAGCACGTATACAGTGCTGTAAAAAATATATAACTATGTGTACACTGGTTTGTACATACCTTTTTTAACCTGGGTTTTTACAGAAAACTGTTAGTAGTAGGACACAGAAAAGTGTTTTTAAAAACGTGCCTGGCTTCTGTGCCAGGCTTTGTGATAAGTGGTCAGTATACAAGACAAGTCCTGTCTCTGTCCTCTGAGGATTTCCATCAAATCACTTTCTCCTGTTTCTGTCTCTTACTACCTTGCCTTGGTCTTCTCTGAGCTCTTATTCCTTGGTCCACCTCTTTGTTCTCTTTCTGTGCTTTCTCTGAGTAATCTCTTCTACCCCTAGTACTTAAATTGTGGCCTATATTCCAATGATTCCTAAATTTGTATCTCTAGATAAAATTTTGTCTCCTGAGTTTGACACCCATTATTTGTCTATATATCACATAGATTCAGGGAATCTCACTCAGGTGTGCCATGGCTGTTCAAAATGATTACATCTAAAATTTAAGTTCATCTGCATCTTAGTACTCCGCCACCCCCATCACATTTCCCCTCAAAAATTTCTCTCTGTGATTGTGAATGGGGCAAAATGAAATAATGAAAGTTGTTACCCATGCCTGAATGTGGGAACTATCTTAGAGTTCTTTTTTATACCAGTGTTTCCTGACCCCTGCCTCCTCAACCCGAAACTATCTAGTAAATTTCTAAGACTTGTTCATCTCCCTTCTAAATATTTCCTAAATTCTTCCCCCCTGGTCTTAAGTTTCTTCTTCTGATCCCTTAAACACCTTTTGGGGGGAGCATGGCGTTGAAATTCCCGGGAGGTGTATGGCCCTGCTTGTTACTGCCTGGTGCACCTCTACGACCACGCGGCTGTCTCTCCCACAGTGCTCGGGGAGCTCTTCCTGTACCAGGGAATGGAGTGTCCAGGTCTGTCCAGCTCACCCAGCCACCTCTTTATTATGTACTGAGCACAGAACAGAGCTTATCAGATGGAGAACAAATCCACAGTGGGGCTTTGCTGTTTTTTAAGCTTGAGGATACTTTTGATACTAATTTACTGCTCAGCTTTCCTCATTTTCATTTGCTCCATTGTCCACTTTGGAAAGGCTTGTTCTTTGCTTTGTTTAGCCCATTCTAATTCTGTTTCTGTTTTCCCTTAGTCCTTCATAAATCTTCTTTCTCTTCATGTCTTTTCCTGGTTGGCAACATCTAGGAAACTGTTCTGACCAATTGAAGTAAGTTGCCTTATTTGCTCCCAGTCAGGTCTACTGATAGTGACCATTCTTCTGAAATCATAGTGCTAAACTTATACATTGAAAACAATGTATATTTTTTAAACAATGAAAAATGTATTTGTGCATATAATTTACCTTGCTTACTTAAAGTAAATATGTTCTAAAAATCTGAATTTAAAAGTGGAAAGGAGTTATTCTTTGCAGCTTTCCTGGTGAGGCCTTTTTTTTTTTTTTTGACAAACACTTAAGAGCCTATAAGTGTCAAGTGTTTTTGCAGAAGATTTCATTTAATCTTTACCCTTATGAGAAGGTTTTAGTTTCCTTATTTTCCAGATGAGGAGACTCAGACTCAGGGCATTAGGTACTGTATCCAAGGTTGTCTAGGTTCCAAGGCTCTGTCTGCTAGACCACATTTGCCTCTGTACTTGCAAATGAGTGGCTGTGAAATACATAATTTTATAATCCATGTGCAACAACGCTGCTTCTGTTTTCTGTAGCCTCGTTAATGTATTAATGTGCTCTTATAAGTTATTAAGAAAAGAAGTTAACAACTGAAAATTAGGCAGTGTTTGGAGCTTCTCTTCCTCTGCCATTTTTTTCATGTCATTCTGCTAGGCAGCCCTTAAAATATTTCTTAAGATTGTTATTTTATCTGTAGGCTGTAATTGAGCAATAGTAAACTTTTTTTTTTTCCATTTCCTACTGGATTAGTTACAATAGTTGTAGCATTATTCATGTCTTCTAAGGGCTCTTTAACGTAATGCTTATTTACTGAAATGTGTTTTGTAGCTTCGTCAGCAATTGAAGTGGTTGATATGTGAACTCTGCAGATTATATAACCTTCCTAAGCACCTGGATGTTGAGATGCTAGATCAACCACTACCCACGGGTCAGGTAAAGTAAAAATTCTCAAGTGTTCAAGAGCTAAAATACATTGTCTCATGCACAAATAAAATTAGGATGATTTCTCATTATTATACAACTTATTTAGGAGTTAGTTTTTGTTTTCCTGTTGAATTGTTTTGTTTGTTTTAGATACTAAAAATAGCCTTTTCATTCTTGGGAGCTGCTGGTTATATTTACTATGACAGGCAAACAATTGCCCTTGTCCCCATCACCACCTTTTTGTTGTTAATATTTCTGGTTGCCATAACTGTTCCTTGCTTCTGCAGTTGTTTGCTTTTGTTTATTTACTTACCTTCACCTGAGAATGCCATCTTTCTGCCGTTTTGTGCTTCGAAAGGCCTAACTCTAATGTTATCTCCTCCATCAGCAGAAGTACCCACTTGCTCACCACCACCTCTAACTTCTCTGGATTTCTGGATTTACCTATTTAGGTATAATTTCGTGGCTTGTACTATAATAAAGATTTAACTCTTATACCACCCACTTACCCACCCACCTCCCCTTCCT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Seq C2 exon
AATGGGACAACAGAAGAGGTGACTTCAGAAGAGGAGGAAGAGGAAGAGATGGCTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000004024:ENSBTAT00000005257:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.397 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0577317=RWD=FE(25.4=100)
A:
NA
C2:
PF0577317=RWD=FE(13.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]