RnoINT0159291 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014529 | Ube2q2
Description
ubiquitin-conjugating enzyme E2Q family member 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2388672]
Coordinates
chr8:59728960-59736526:+
Coord C1 exon
chr8:59728960-59729064
Coord A exon
chr8:59729065-59736469
Coord C2 exon
chr8:59736470-59736526
Length
7405 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAACG
5' ss Score
10.52
3' ss Seq
ACATTCTTTCTCTGTTTCAGAAT
3' ss Score
12.5
Exon sequences
Seq C1 exon
CTCCGTCAGCAATTGAAGTGGTTGATATGTGACCTCTGCAGATTATATAACCTTCCTAAGCACCTGGATGTTGAGATGCTAGATCAACCACTACCCACGGGTCAG
Seq A exon
GTAACGTAAACATTCTCTAGTGTTGAAGAGCTGAAATCAATTGTCTTAATTGAAAGTTAAACTAGGATAATTTAAAATTATTATGTAGCCTATTTGGAAGTTAGCTTTGTGTTCCTAGTAAATTGCCTTGCTTTAGGTGCTAACACAGCCTTTTCATTTCTTGGAGTTGTTTGTATTTTACTGGGATAGGACCGCTGCTCCCCAACCCCTCCACTTTGATTTTTGTTAAAATTTCTGATTGCTGTGTTTCTTCTTTGACTGTTGTTTAATCAATTACTTTCCTCTGACATACAATGTCCATAAGTCCGTTTGTGCTTCTTAAGATCTAATGCTTCTTAAGATCTTAGCTCTCCCTAAGACATAGAAATTTCTACCAACTCATGATTTTTAGACATTTGTAATTAGCTATTAGTTAGCTGACCTTTTATTACAATAAGTGAGGATTTAGCTCTTATGTGAAACACCCCCTTAAGCATCCACTGCTTCTCAAGCAGTGTTTTCGTCTTGAACCATCAGTTTGCCATGAGCACTTTGGGAGCCATGCTTTCTGTCATGGCAGTTCCATACGGGCACCATTGTTTATTTCTCAGTTTTTAGACGTCACGTTCTCTTTCTGGAATCCTTTGTCTTTGGAGTCCCTGGCTCTTCTGCATTAGTCCTTGTGAGATCTCTAAACTGCCTATGCAGTTGTCACCTTAAGATTTTTCTTCTCTGCTATCCTAGAGTGAATTTATTGATTCCTGGGTCTTAAGTCATTTCTATTGGCTTCCTTTTTCTTGTTTGTCTCTATCTATTACAATGTCAGATAAAAGCCAAAGCATGAAGGAATGGCACATTTTTTGAGTTAGCTTTTGAAAATCCTGGTTCAGAGTTGTCGTTAGAACAAGACCACACTGGTTTCAAAACGTGGTTCTTCTTGCCATCCTCTTAGTCTCTGACCACTTCTCCCTTGTACGAAGTAGTCGGAGTGGTTTGGCAGCCCTGCAGGTGTTCTAAAGTGGCGCACAGTGACGTGTGTGAGAGTTGTGGGCCCCTAGTATCAACTGCTGTTGTGTTCTATTTTAATCAGTGTTTCATTGAATAATAAATCTAGGCTGATATGTTTGCCTAAGAATTTCAAATACAATGCTGTTGTCCTCCAGCCAGTGGTATTGCTGAAGCCGATGCCATCTGGGATCTTAGGTTTTCTTTGGAAGCTTCAGGAAATTTGTGTTTTCTTTGGTGTAATGAACTGCACCAGTGTCCCTGACTTAGGGTCTTTTTTTCTTTTATTGTGCTGGACATTTAGTAAGGATATCCCTTTTCAAATTTGAACCTTGAATTTCGGTATATATTTTTGTGTGTTAACTTTGATTTTCCATTTTGTTTGTTTTAGAGTTTATTAATTGGGCTTTTTAATTTTGTTCTTACTTTTTGGAGACAAGGTCTTGTATACTTCAGGTGCTGACCTCAAAAACCATGTGTAGCTGAGGCTGATGGTTCTCTAGATCACAGGCTATCTCGTCATGCCTGGCTGCTTTTAGATTTTAGATCTGATACTTTGAGTCTTTACCTCTATTGTAGTATATTATTTTCTTATATTTTTATCTGTATATGCCTGTGTGTATGTGTTGGCATGGACATTGGTGGCACTTCTCTGGGGATCGGAGAACAACGTGCAGGATTGGTTCTCTCCGTGACCATCCGCGTCCCAGGATCAAAGCCCGGTGGTCAGGCGTGGCAGTAAGCACCTTTATCCACTGAGCCCTTACCTTTCTCTGTTTCTTTTACAGTCTTGCTGCTCTGTCAACTTTTTGCTTATTTCATATGGACAATAATAACTTTTAAGGTTTTGCATAGTCTGTGTGTGAGTGTTTTGCCTACATGTATGTGCACCACATGCACATAGTAGAGAATCGGTTGGGATTCCCTGGAAATGGATGGTTGTTAGCTGCATTAGGTGCTAGCAATCAAACCTTAGTCTTCTACGAGAGCAGCGAGTGCTCTTAACCAATGGGCCACTCTTTAGCCCCAACGTTTTGTTTTTATTATATATCTGTTTACCCCATTTTCTCAGAACTTAATGGCTTAGAGATGGATGTGGTGGCACATGTTTTTAATCTCAGTACTCAGGAGCTTGAGGCAGGGCGTGTGTGAGTTTGAGGCCAGCCTGTCTTACAAGGGAAGACCCAGTCTCAGAATCCCCCAAGCAGGCTGGGGATGGCACTCGAGAAGTAGAGACAGGCAAATCTCTTGAATTTACAGCCAGTTGCAGCTATACAGTGAAACCCTGTCTCAAAATATTAAAACAAAAAAAACCTTAATGCCTTAAAATACTAATTCCTGCTATTGGATGGATTAGTTAGGCTTAGCTGAGTAATGTCTGTGGTTTCATTTGGTGACTGTTCTGGTGGCACATTGAAGATAATATGGCCGCAGACAACTAGTGTGATCTTTATCCTGAACAGCTCTCAAGTGTCCAAGGATGGCTTCTTTCTTTTTCCCCCACTTCTCACCTTTCTGGCATCTTTAGCATTTCTTTACATGGCTTTTTTTCTGTACCTGGCGCTATCCTCTAGGGCCTCTTCGTAAGGCTTCTGTTTTCTTACAGGTCAGGCAGAACTCTTCAAGAATACAAGAGGGGAAGTTGCTGGGCATTTCCTCCAAGACAGGGTTTCTCTGAGTAGCAGCCCTGGCTGTTTGGCAACTCACTCTGTAGGTCAGGCTGGCCTCGAACTCAGCTGTCCATCTCTGCCTTCTGAGTGCTGGGACCACCAGGCCCACATTAAGTTGCTGGACATTCTTAAGGCTTAAACCTGGAGAGGCCCAGTGGTTTGTGAGCTGAAGCCTTCTCCAAGCCAGCTCAGGTTCCCTGTGTGCTGTGACATCCCGGGCTTTAAGGCTGGCGATGTGGCTCATCTGGAGGAGGGAGTCCTCTTCAGTATCTGAGTGTGAACCTGATTGTCCTTCTCCGTCCGTAGCATTCTGCCTGTCGGTGTGATAGGGTCAGAAAGCAGCTTATTTTGGCACTTTGGCCTCTTTAGCAGCTGTCACTTTTTACTCTGTGTTTTCTCAGAGTCGTCATGTCTTCCTGTATATATTGTAAAGCCTGTCCTCAAGCACTTTTGTGTTCTATCTTTACTCATTCAGATTTTGATTTTTTTTTTAAACATTCCTTTTTTCTTTTATACCAAATAAATGATTTGGAGTTTCTTGTAGCCAATACTTGTCAGCTGAAGCTTAAGGGGGAGTTTATGTTGATTCCCAGCCACTTTTCTACTTGTTAGTACAGGGTAAATGATGGCTCCAGTTTCTCTGCAGATGACATTTTGTCTGACAGATAATCTTCTGGGTTCTACTTAAAGAGGTGGGGAATGCAGGGCATTGAGGGCTACAGGTAGGCTTTTGGTTAGTCTGTAGGTTTCCGTCGTGCCTACTGTTCGTACTGCAGTGTGAGTCTGGAGCCTTTGAAGTCAGGGTGCTTTTTGCAGATCTCTTCTTGATCACTTATGTTTGCTGACTGAGTCCCTTCTTCAGAGCTCATCGCCAGCCATCTTCCTTGCTTTTCTCTGACTTTATCCCCCACCGTGCAGACTGTGTATAGTTCAGTGTCGCCTGTACTGAGCGCCGAGAGTCACACTAGGTATTGCATGCTTTCTTTGCAGCCCCTTTTATTGTTATATTTATTTCATTGTTCAGAAAGACCAGAATGCCCATTTGCTTGTTGGTGGATAATGGTAGGCGGTTCAGAGTCCTGCTGTGGAGTTTCTTGTTTGTGCAGTCATTTCTCTGGAGTATATACTTATTGGTTGCTAGGATATGAGTATTTTTTTTCCTTTTCCTTCTTTTTTTCAAACCCAAGAGTTATCTAGACAGAACTTTATAATACTTTTCAGGTGACTTAGGGGCTACTTTTGTTTTTGTCAGTGCATGTGACCTCGCAATTACATGGACTGTGCCATTGGTGTCATTGCTGCTACTGCTACTCACTCCCAGGTGGATCCCTACATAGCATATTCTATGTCTTGTTTTTCCTAGAAAGATTTGCTTTATGAAGATAACGTATTGTATACATGGAGAGTGCTGTATACTTGGTGTCTGTTTTTAGCATGTAGAGCGTGTTGATGTGGAGAACCTGCATGTACATGTGTATGAGCACAGAGCTGCTGAATGAATCGTGCCAATTTACTTACATTTATTGTTACTAGATACAACTCCAGTGATTGCGTGATTCCTCTTTCTGTGTATTTCATTTTCCTGTCTGATTTTCTCAGTAACTGTGGACTTGCTTCTCAGTATTTCTTCGGGGTAACCAGAGACACTTAATATCCTAAACTCTTCCCAGAACTTGCCTGCCACCATGTGTCCCTTTCCTTGCATAGTTTCCCTCTTGTTCTCCAGATGAACATTAGCCCTTTGTGTTCCTGTCTTCCAGGTCCCTCGAATGATCTTATTTGTAACTCCTCAGGCTTCCCATCTCTTTTCTTCACGGCAGTGTCTCAGTTTGGCCATTGTCATTATAAATGCTTTGTTCAGAGGAGACTGGTGGGTTCTTTTTGCTCTACTGTCTTTCTTCAAATGTTTCTTATTTCCTGGAACTGTCCTGTCCTTTTATAGTAATATGGTCCTACTACAGTAGGTGCAGTAGCTTCTCAGCAGCGCTAAGGATTCCAGTTAGATTTTAGTCTGTCTTCCTTCCTAGTTGTGCTTCAGGCCACTTGTGTGACTTTTCTGTGTGGCACCCTCAGAGCCTGTTTTCTGTTCATGGTACTTGGTCATTTGCTTGTTGTGTAGGAGAAGTATGGCATTGGTCGATACCAGCTGTTGACAGAGGTGTCTGGAGAAAGACACTCTTCTCTGCTGTCCAGTGTGTAGACCTGTGTTTTGCTGAAGCTGGAGGATGGAGTTGGGGTTTCCAACTCCAGAGGTGTTAAGAAATTCTGCTCTTGTGTTGAGTTATAGTGAAAAGACTTTTCCTTTTCCCTTTGGTTCTAGTACCTACCTATTAGGGCACTAGATTG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Seq C2 exon
AATGGCACAACGGAGGAAGTAACTTCAGAAGAGGAGGAAGAGGAAGAGATGGCTGAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014529:ENSRNOT00000019539:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.314 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0577317=RWD=PD(14.8=48.6)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]