MmuINT0170610 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000059921 | Unc5c
Description
unc-5 homolog C (C. elegans) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1095412]
Coordinates
chr3:141433982-141452026:+
Coord C1 exon
chr3:141433982-141434146
Coord A exon
chr3:141434147-141451834
Coord C2 exon
chr3:141451835-141452026
Length
17688 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTAAGT
5' ss Score
10.45
3' ss Seq
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3' ss Score
14.29
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
CTGCTCCTGACTCAGATGATGTGGCTCTCTACGTGGGGATTGTGATCGCTGTAACAGTCTGTCTGGCGATCACTGTTGTGGTGGCCCTGTTTGTGTATCGGAAGAACCACCGTGACTTTGAGTCTGACATCATTGACTCCTCAGCACTCAATGGCGGCTTTCAGCCTGTGAACATCAAGGCTGCCAGACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000059921-Unc5c:NM_009472:7
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF150281=PTCRA=FE(50.0=100)
A:
NA
C2:
PF150281=PTCRA=PD(24.5=41.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: