GgaINT0077564 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000012219 | UNC5C
Description
netrin receptor UNC5C precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_989782]
Coordinates
chr4:58230514-58245028:-
Coord C1 exon
chr4:58244864-58245028
Coord A exon
chr4:58230706-58244863
Coord C2 exon
chr4:58230514-58230705
Length
14158 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
TCTTGCCTCTCTTCCTCTAGCTG
3' ss Score
11.08
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
CTGCACCTGACTCGGATGATGTTGCTCTCTACGTGGGGATTGTCATTGCTGTGATCGTTTGCCTGGCTATTTCTGTGGTTGTGGCCCTGTTTGTCTATCGCAAGAACCACCGTGACTTTGAGTCAGATATTATCGACTCATCGGCGCTAAATGGGGGATTTCAGCCTGTTAACATCAAGGCTGCAAGACAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000012219:ENSGALT00000019955:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF150281=PTCRA=FE(49.1=100)
A:
NA
C2:
PF150281=PTCRA=PD(25.9=44.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]