MmuINT0170630 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000063626 | Unc5d
Description
unc-5 netrin receptor D [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2389364]
Coordinates
chr8:28875496-28891510:-
Coord C1 exon
chr8:28891292-28891510
Coord A exon
chr8:28875640-28891291
Coord C2 exon
chr8:28875496-28875639
Length
15652 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGG
5' ss Score
10.07
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3' ss Score
6.6
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000063626:ENSMUST00000168630:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.135 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types