RnoINT0160634 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000011858 | Unc5d
Description
unc-5 netrin receptor D [Source:RGD Symbol;Acc:1309245]
Coordinates
chr16:67350580-67367155:+
Coord C1 exon
chr16:67350580-67350802
Coord A exon
chr16:67350803-67367011
Coord C2 exon
chr16:67367012-67367155
Length
16209 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
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3' ss Score
7.23
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
GCTTGAAGGTCCGGGAGGTGTTTATCAATGTCACCAGGCAGCAGGTGGAGGACTTCCATGGGCCCGAGGACTACTGGTGCCAGTGTGTTGCGTGGAGCCACCTTGGAACTTCCAAGAGTAGGAAAGCTTCCGTGCGCATAGCCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000011858:ENSRNOT00000015879:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.269 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]