DreINT0171874 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000092722 | unc5da
Description
unc-5 homolog Da (C. elegans) [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-080908-2]
Coordinates
chr21:16277362-16303801:-
Coord C1 exon
chr21:16303601-16303801
Coord A exon
chr21:16277506-16303600
Coord C2 exon
chr21:16277362-16277505
Length
26095 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAT
5' ss Score
8.76
3' ss Seq
TTTTTTTTTCCTCTGTGCAGGAC
3' ss Score
11.83
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCACGTGATGGTCAGTCGGCAATGTCTGGAACGCTTCCTCACTTCCTGCAGGAGCCCGATGATGCATATATCGTCAAAAGCAACCCCATCAAACTCCGCTGCCGTGCGAGACCAGCACTCCAGATCTTCTTTAAATGCAACGGCGAGTGGGTCCATCAGAACCAGCACACTTCTTTGGAGCACATCGAACTGGGAACAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GACTGAAGATCCGCGAGGTGATGATAAATGTGTCTAGACAGCAGGTGGAGGATTTCCATGGACCGGAGGACTACTGGTGTCTGTGTGTGGCCTGGAGTCATCTGGGCACCGCCAAGAGTCGCAAAGCCACCGTTCGCATTGCTT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000092722:ENSDART00000136435:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.103 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]