MmuINT0179493 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000078779 | Zfp59
Description
zinc finger protein 59 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:99206]
Coordinates
chr7:28631423-28641793:+
Coord C1 exon
chr7:28631423-28631521
Coord A exon
chr7:28631522-28638402
Coord C2 exon
chr7:28638403-28641793
Length
6881 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
GCTTTCTCCTTTTCTTTCAGATT
3' ss Score
12.06
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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GGTCTTGTCTTTGTTGGGTATCGTTTTTCCCTCCACCCCTCAGGATTTAGTTCAAAAACCTTTAATAAAGGATGTATGTTAGGATAAAGTGGCAAGTTGTGGGTAACTTTGGCAGGCTTATGCCAAGGTATGTGGCTAAGAAATTATACCACACAATTGATATAGTGTAAGAGCTTCATTGGGGGTTGGGGTTATAGTGTATTTATCATGTGCTTTTGACCCTTTAAAGGATTTCCAGTTGCTAATGAACTGGCCTTTTAAGAATTCTTAGTTGTTAGAACTGCTTGGCCCTATGACCTTCAGTGTAGGATATAAAGCAGAGGCTGAGAATGGAGATTGAGCAGAGTGAGAGACAAAGGCAACTGGGGCAGAAGATATTGTTAGGAGACAGTTGAGTCAGGAGAAGCTGGGCTGAGCAGATGGGCTAGAACAGTTGTTATAGGTTGGAGCTGCGAGCATTAGGAAAACTGGAAGAGCGGCTGTTTACACTGTTGGGGAACTGAGGGAGGAAGAGTTGGGAGGAACTTTTAAAGGGATTGGGCTGGAAATATGCAGAAATGGGTGGGAAAGAAGTTAGATTGAGGGATCCTACTCAGTGTCTCCCCTCTATCCTTATTTCTCTCTTATCTAGTGTTAGTGGGTGAAACGATGGGGATGAAAGGTGGGAAAAAGAAGAACCCACAAAGTAGCAATGACCAGCTACATGGCTGAAATTGAAAGGCTATCTCCAGTGGGGACATGGAGGTGGGGGGGGAAAACAAAGTGACAGAGAAAATGAACAGATTGAGAGAAAGGCAGAATGGGAGAGTGAGCTGGGGTGGCTGGGGCCTTTTATGGGCCACACCTGGAACACCTGGTACCTGTGTGTGATGACATAAGTTACTGCTACTAGGCCCCCAAGGACAGGCTGGTGGGAATGTCTAATTGCTGTGTATTTCAAGTAGTATACAAATAAATACGTAAGATTATTTCAGTACAGTTATAATGTGGTAAAGCGGACCTATAGAGAGACTTTTGGCTACTGTGTGGGTTTCTTTTTCTACAACCCTTCTCCACCATTATTCCATCCTTCCAACTGCCAAACACTAGGAGAGAAAGAATGCTAGAGGGGAAAAGGAGTGTTGATATCCTTAGACATCAGATAGCCTGCTGATTAGGGCTTCGAGTTTCTTGGAGCAACTTTGAGCTTGGCTGCTGGGATATCCAGTTTCTTCTTCTCTCTGTGTGTGCAACCACTTGACAGACCACAAGATCAGTGACCGGCAGCAGGAGCAGAGCCTCCCTCAGCACCTCTGGGTACTCGAGCATTCATATCCCCTCTAAAGATTCCCCAGAATTTTAAGCATCATAGACTTGAAAAAACTATCTATAGCTGGCATAATCAAGCCCCTGCCATAGCACTAGGCAAATCATAGTCTGTTGCTGTGGGCAATCTGAAGTAGTCCCATATCCTATACCCGGGATTGGAAACATATGCTGGGAGTCGTGACATATACCTTTAATTATATACCAGCAGATGGGAGACAGAGCCAGGTGGATCTGTTGTGAGTTTGAGGCTGACCTGATCTACAAAACAACTCCCTGACAACCAGGGCTGTTACAAAGGAAACAAACAAAAACATAGTCTCATAAAATTTCTGTGTTTTTAAGGAAACCAGAGTTCTCACCACAGACATGTTGTCCCATTTCCAACCTGTTCTACTGTAAAGAGTATCTTCTTACATAAACTTTCCTTACTGCTGCTATCCGTGCTCCCATACAGCTTCTCAGAGATTACTTTAAAGTGTTTTCATTCATTTAATGGCTCTTATGTTACAGGAAAATGTGTGTATGTGTGTTACCAGAAAATAAAAGTATTCTTGCTTTCTCCTTTTCTTTCAG
Seq C2 exon
ATTTGGAGGCAGATTATGATGCTGAAAATATATCCCCCCAAAATCGTATTTATAATAGAAAATTTTCCAAACAGAGCATAAAGCAATTAAGTAGAACTTTTGACCCCAAGGGCTCCTGGTTTAGTAATGGCCCCAACTATAGTACATTCCATGGACTACGGGATTGTCAGAGTGATGCTGGCCAACAGATTACTAACAAGGAAGGAGTGCCTCCTCACACCTGCCAGACTCTTGCTCACAATACAGAAAAACCATATGAATGTAAAGAGTGTGGGAAGTGCTTTGGTTGCAGGTCAACTCTTACTCAGCATCAGAGTGTTCACACTGGAGAGAAGCCCTATGAATGTAAGGAGTGTGGGAAGGCCTTCAGACTCCCCCAACAGCTCACAAGGCATCAGAAGTGTCACAGTGGTGAGAAGCCTTTCAGTCATAATGAAGGCAGACAGGCTTTTCAACATCCCAACCTACTCAAGTACCCTAAAGCCATTCATACAGGTGCCAAAGCATTTGCATGCAGGGAATGTGGGAAGTCCTTCAACCGTGTCTCCAGCCTTGTTGAACATGGGCTTATTCATGCTGATGTGAAACCATATGAATGTAATGAGTGTGGGAAAGCCTTTAAACGACACAGAAGTTTTGTGCGCCATCAGAAAATCCATTCTGGTGAGAGACCCTTTCAGTGTAAGGATTGTGGGAAGGGCTTCATTGTTCTGGCTCACCTCACTCGGCACCAGAGCAGTCATAGTGAAGAGAAGCCATTTGAATGTGAGGAATGTGGCAAGAAATTTAGAACTGCCAGACACCTTGTTAAGCACCAGCGCATTCATAGCGGCGAGAAACCCTTTGAATGCAATGTATGTGGGAGTGCTTTCCGGCTTCAACTATACCTTTCTGAGCATCAGAAAACTCACATGGAAGAGAAATACTTGGAATGCAATGTGTGTGGGAAGGCTTTTCGGCTTCAGGTATACCTTTCTGAGCATCTGAAAACTCACACTGAAGAGAATCCTTTCAAGTGTAAGCTCTGTGGGTCAGCCTTCCCAAATAAGTACCAACTTAATAAGCATCTCACAGTTCACACTGATGGGAAACCCTATCAGTGCAAGGAATGTGGCAAATGCTTTCGTCAAAGGTCAAAACTAACGGAACATGAGAGTATTCACACTGGCAAGAAACCCTTCCAGTGTGAAGAATGTGGGAAGTTCTTTAGACTTAACACACTTCTCATTCATCATCAGAAGTCTCACAGTGGTGAGAGACCTTTTGAATGTAAAGAATGCGGAAAGGCTTTCCTTCTTCCCAGTCAACTTAATAGCCATAAAATTGTTCATACAAGTAAAAGACCCTTTGAATGCAAGGTATGTGGGAAGTCCTTCAAGCGTGAATCCAATCTCATTCAACATGGCGCTGTTCATGCTGGTGTGAAATCATATGAATGCAGTGAGTGTGGGAAAGGTTTTATTCACCGCTCAAGCCTGTTCCACCATCGGAAAATTCATTCTGATGAGAAACCATTTAAGTGTCAGGAGTGTGGAAAGGCCTTCGTTGTTCTGGCGTATCTCATTCAGCATCAGAGCATCCACACTGGAGAGAAACCATTTGAATGTGAGCTGTGTGGGTCAGCCTTCAGATGTAGATCCCAACTCAATAAACATCTGAGAATTCATACTGATGTGAAACTCTTTCAGTGTGTGGAAGATTGAACAGACATTGTTCGTGGAACAGAGCTTAGGGAGTCCACACTGGTGAGAAGCTCGTTCAGTGTAATGGATATGGGGAAGCTCTTTGATATCTTTACAAAATTCTTAGACATGTTAGAATTCATACTGGCAAGAATCATCATGAATATAAAGAATGTGGGAAGTACTTTATGTGTGGTGGAGACCTTAAAGTACATCCAAGAATTCACACTGTAAGAAACATTACCACTGTTAAGAATGTAGGAAGACCTTTAGTTGAATATGAAACTTGTTTTGACATCCTAAATATAATAGTAATAAGAAGTCTTATGATGTAAGGAGTATGGAAAGGCCTACAGTAATTCTAAGTTCCCTGTATATCAGAGAAGTTCTACTGGTGAGAAAGCCTATGAATAAAAGTAAGGTGGGAACATGTTTAGACTTCGTGCAGCCTTCATGCATAGTGGCAAATTCATACAGGTAGGACACCCTATCAGTATAAAGAATGTGCAAAGACCTCCAAGTGGAGCTGGGGCCTTCTTCAACATAAAAAAATGTTTGCTTGTGTCGAACACTATGAATGCAAGGAATGTGGGAATATTTACAGAATTAGCTCAGCTCTTAAAGCTCATCAGAGGGTCCATATAAGTCTCGAGATGCTGTGACTGTGAGGACTCGGTAAGAAAGCTTTGATTGTAAATGGTGACCTTACACAACATCAGAAAATCCATAATCACCAGGAGTCATGTGCATGTGAAAGAGGACAAGCCACTGTATGAAAATCTTCCTGAACATCAGAGAACTCACATTGGGAAGACCATGACGTCACATAAAATGAGAACTTTAATCTGCCCTGGGATTTGGTGAACATAAGAGTATTCATATACGGTTGATGCCAAGAAATCCTTTGGAACGAGAATTTGGGAAGTCGGTTCAGAGAAGATACTCTGTTGAAAATGTCTCTTATCCTCAGAAATCTAGGAAGTCTCCTGACAACCTTTTCCCAGCATTCTAACAGTCTAGATTGACTGTCCCAGGATGCTGCCAAACGTGACTGGAAACAAAGTTGTTCTATCCTCCCTACAGGGTCAGGACACAGAATACTGATAGTTAAACTGTGAGGGGCCCTACATGAAGAACCTGACTCTGCCATTGTTCCATTGGCAGCAACAACAAAGCCCTGGTGGCTCTAATGTCTAGGAGAAAAAGCTGGATGCCTACAATTCAGAGTCCTTTGCTTTAAGGATTGAAGCTAGGTGTGGTGACTTTTGCCTGTAATTCCAGAATATGAGAGGATGAGGTAGGAGAATTACCAGGCATTTAAGGCAAGCCCGGGTTTCATGTATGAAATCCAGGATATCTTGGAAAAGAAAAGCAAAATAAATACACAAGCCTAAAGGCTCAGGGATCTACAGACAAGAGAAGGCAGGAAGATTGCAAGAGCCAAAGGGTGTCTTCAAGGAAATACTGACTTCCAGACACAACAGATGCACATTATGAACTCTCAAGAGTCCATGCAGTGTGTGCAGGTTCAAGGAAGACAGTCTCAACAATGGGGGGTGGGGGGAACCATGGGCTCCCACCCCTAACCAGTGAACTATCTGTAATTGACACCTGCTAGCAAATAAAAATCAGGTGTCTCCAATGCTGTCTCACTGGGTGTATCAACACCTCAGGGCCCACACAAAATAAACTTGGTGGTATTTTTGTGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000078779-Zfp59:NM_011762:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.390 A=NA C2=0.088
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF0009621=zf-C2H2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF097235=Zn-ribbon_8=WD(100=8.1),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF051298=Elf1=WD(100=11.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF127602=Zn_Tnp_IS1595=WD(100=8.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: