MmuINT0179529 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037640 | Zfp60
Description
zinc finger protein 60 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:99207]
Coordinates
chr7:27740957-27753702:+
Coord C1 exon
chr7:27740957-27741055
Coord A exon
chr7:27741056-27748167
Coord C2 exon
chr7:27748168-27753702
Length
7112 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTCTTGCTTTCTCCTTTCAGGTT
3' ss Score
13.27
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTTGGAGACAGGTTTTGAAGCTGAAAATAGATCTCCAAAGAATCATGTTTATAATAAAAAGTTACCCAAACAAACCATACAGCAATTAAGTAAAACTTCGGACGTCCAGGGCGTCAGTGTTAGTAATGGCCCTGGCTATAGTGTAATCAAGGAGCCACAGAATTATCAAGAAGGAGATGCTAATCGAAATATTACTAACAAGAAAGAAATGTCTACTTACACTAGCAAGACTCTTGCTCACAATAAAGAAAAACCGTATAAATGTAAAGACTGTGGGAAGTGCTTTGGTTGTAAGTCAAACCTTCATCAGCATGAGAGTATTCACACTGGAGAGAAGCCCTATGAATGTAAGGACTGTGGGAAGACCTTCAGACTCCCTCAGATGCTTTCAAGACATCAGAAGTCTCACAGTGATGAGAGACCTTTTGAGTGTAATATATGTGGAAAGTCTTTTCATCTTCCTACCCTGCTTCAGTACCATAAAAATATTCATACAGGTTTAAAACCATTTGAATGTGAGGAGTGTGGGAAGTCCTTCAACCGCATCTCTACCCTTTTTCAGCATAGGACTATTCATGCTGGTATGAAACCGTATAAATGTAATGTGTGTGGGAAAGCCTTTAATCGTCGCTCAAACCTCCTGCAACATCAGAAAATTCATTCTGAGGACAGACCTTTTCATTGTAAGGTGTGTGGAAAGGCCTTCACTGTGCTGGCTCAGCTTACTCGGCACGAGAACATTCACACTGAAGACAAATCGTTTGAATGTAAGCAGTGTGGTAAGATATTTAGTAATGGCTCTTACCTCTTACGACACTACGATACTCACACCAATGAGAAACCCTTTGAGTGTAATATATGTGGCAAGGCTTTTAGGCTTCATCTATACCTTTCTGAGCATCAGAAAACTCACACCGATGAGAAGCCTTTCAAGTGTAAGCTGTGTGAGTCAGCCTTCAGACGTAAGTACCAGCTCAGTGAACATCAGAGAATTCACACTGATGTGAAACCCTATCAGTGCAAGGATTGTGGGAAATTCTTTCGTCGACGATCAAATTTTACTGAACATCAGAGTATTCACACTGGAAAGAAACCCTTTGAGTGTAAGGACTGTGGGAAGGTCTTTAGACTAAATATACATCTCATTCGACATCAGAGATTTCATAGTGATGAGAAGCCCTTTGAATGTAAAGAATGTGGAAAGGCTTTTCATTTTTCCAGCCAGCTTAATAACCATAAAACCAGTCATACAGGTCAGACACCTTTTGAATGTAAAGAATGTGGGAAGTCGTTTAAGCGTGTCTCCAGCCTTGTGGAACATAGGATTATTCACAGTGGTGTGAAACCATATAAATGTAATGCGTGTGGAAGAGCCTTCAATCGTCGCTCAAACCTCATGCAACATGAGAAAATTCATTCTGATGAGAGACCCTTTGAGTGTAAGGACTGTGGAAAGGCCTTCACTGTTCTGGCTCAGCTCACACGGCACCAGACGATTCATAATGGAAAGAAATCATATGAATGTGAGCAGTGTGGGTCAGCCTTCAGACTCCCGTACCAACTCACTCAACATCAGAGAATTCATTATGATGTGAAGCCATTTCAGTGCAAGGAATGTGGAAAGGGCTTTGTTCGTAGTACAGGCCTTAGAATTCATGAAAGGATCCACACTGGTGAGAAGCCCTTTCAGTGTAAGGAGTGTGGAGAAGCCTTTCAGTATCATTACCAATTTCTTGGACACTTTAGAATTCATACTGGCAAGAACCCTTATGAATGTAGTGAATGTGGGAAGTACTTTACTTATGGTCGAGACCTTAAAGTACATCAGAGTATTCACAATCTTGAGAAACCGTAAGAATGTGGGAAGACCTTCAGTTGAAAATCAAAGGTGGTTTGACATGCTAAACTTAATATTATGAAGAAGAAGCCTTACAATGCTTATAAGGAATGTGGAAAGCCTTCAGTAATTCTAAGCTACCTGTATATCAGAGAATTCATACTGGTCTGAAGCACTGTTGATATGAAAATTGTGAGAAAGTTTAGATTAAGTTCAGCCTTCAGTGTACATCAAAGAATTCATATTGGTCTGAAACCCCATCACTGTAAAGAATGTGGAAAGACCCGCAACTGAAGCTCAGGCCTTCAGCATAAAAGTATCCATGCTGTCGTGAAACACTATGCAAGGAGTGTGTAAACATTTATAGAATTCATTCTGAAAACTCATGAAGGAGTCCATATAGGTCTGAAACCATAAGGATGTGAAAAAAATTTTATTGTTAAATGGTGAGCTTATACAGCATGAGAAAAGGAAGACGGATAAGACTTTATGGAAATTTTACTGAACATCAAAGAAGTCATTAACAAACTGGGACTGAAAGGAGTCTGGGAAGAACTTTAATCTATCATAGGATTTAACCAACATCTGAGTGTTCATATACTTGTGAACCAAAAAATCCTTAGAGAATGAGAGTGGGAATTCTGTTCACAGAAAATACTGTTGAGAAGGACAGAAAGAGATATTGTAGCCTTCATGCTCCTAAGTTAGCTCATCTTTAATACTACTGTTAATTGCATAAGCTTAATTCACCAAACACAATTCAGCTCACTTAGGAAGAACAGTTATTGAGACTATTATTATTCGAGGCACCTTGCCACCAATTACATCCCATGGCTCCTGTGCTATTACACTGGATGTTTGCTTTCTTTCTGCATAGTTCATGGTGAGCACGGTACCAGGCGGATGTGTGGAAACGGGGTCATAATGGATAGAGAATCCTTGAGAGTATTTGGTATGTTCTGTGAAGTAGCTTCTACAGTGTTGGTGCTCTCACGGGCGTTACTGTAACGGATATGAAAGACAAGCTGTGTCGTAGATAGTTTAGAAAAGCCTCATGCAGCCCTCCAGTATTAAATTCTAAATATTTCCTTCTGGGTAAAATCTAATAGATGAACAGGTACATGAAAGCATTTTTATTCTCAATCCGTTTCTTTAGCTTTCGTGCAGAGATGTCTATAAACTAGCTGTTGGTGAATAAGTACTTTTAAACGGGGATAAACACATTTAACTTTCAAAAGCTAAAATCCTGTAATTTATGTTCTCTGCCCAAACATTAAGATAAAATGCATTTGTGACTCAGCAGGACAGTGCAGTCCCCTCCATCTCATGCTGCTGAGACCATTTTAGGTTTGACTAGAATTTGATTTTAGATGGAGGAGATTCTTGGAGATTTACCCACCTCTAGTCTGTGAGCCAGCGGTCAGGATGCTCCTGCTATTTTATTTTGGCTTCTCTTAGACTGCCTGCCTGTGCAAACTTTCCCCTTCCACTTAACTGCTTACCCTGGCTTCTGTTAAACTGCCTGCTTGGGCAAATGCTCCCCCTGTAGCTGCTGAGCAAGATATCAGAATGTGGTTCTTGTTTTTAATAGCCCCTTGCTGTAAATGCTTGTGAGTGTATATGGATCCCGAATAAATGAGTGTAGTCCCAGCCAACTGGAATAAAGACTTTCAGTTGGCTATAATTGTGTCTGGCTCCATTTTCTCTGGTGGACTCTCCATAAACATGAACAAAAATAGCCCAATTTGAAGCCAGGTGTAAAAATACATGTGAGAAAATCTTCATACATATGTAAAAGAAGAGTCAAAAACACACTTGTGTTTCATCACCTGAATTAAAAACTGTTAGTTTGCTGGGCAGTGGTGGCACACTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGTAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGTCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGGGAAACCAACCAACCAAACAAAAAAAACCTGTTAGTTTACCATGTTAACCTTGTTTTTCTGTATATATGGGTTTGGGGACTGTAGTGTTAAGAATATGTTTTAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCGCCGACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAACGAAATCTGATGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAAAAAATAAATATATTTAAAAAAAAAAAGAATATGTTTTAGAATCTTGAGTGTGGTAGTGCATTCCTAAAACCCAGTTCTAGGAAAGCTTATGCAGAAGGATCAAGTTGGACTTTAAGTTGTGATTTTAAGTCCAACTTTGATTGTGTAGAGATCCTTTCTCAAAAAAAAAGTTGTAGATATGACTGACATTTTATCCCTTATGATATCAGCCAAGATGGCATATCATTTATACCACAGATCCATCCTTACTCTTAAGGAAATGATTCAGAATTATAACTTTCAGAAATCTGTCATTGGTTTCTAAAGTGTCATTTTTACAAATGTGTGCATCCTAAGAAGAATCTAATGCAGATTTGGCCTTCCTCTTGCCTTTATTAACATTTCAGAGTTGATTGAACCCAGGGTCTTGTGTGGGGTAAGCATGAACTTAAGTCACCCGGCTGCATTCCTGCCCTTTAGCCTGTGTCTTCTATCCAAGAGAAGTTAGGTTCAGTTGAAACATTTGAGGTAAGAACACATTGTAGATGGCATGTTTTGTTGCCAGCGTGTCCAGAAACACTAAGGTGGCAGCTACCACATTAGGTCAGATGGTAGCTGTCAGAGGCCCCCTAAAAAGTCTAATATATATTTATAGATATGGAGACTTTAATCCTGGGTCCAATATGAATAAAAATTGAAATCAACTTAATGAATAGCATAATGCTATCATAATTCAACGTGTTTGGTTTAACTGGTACAATACTCAGTAAAAAATTAAAACTATTCAGTGCAATCAGAAACTAAGATTTTGGCTGGAACCTTGTTTTTGTTGGCACTTTAGCTCCCTTTAGTGTCAAAAGAGAAAAATCTTTCAAGAGCATAAATTTTTGATTTTTTTTCCACTTAGGTTTCTCTAATCATTTGTATTTGGTATT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000037640:ENSMUST00000108336:4
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.331 A=NA C2=0.124
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types