HsaINT0188375 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000197782 | ZNF780A
Description
zinc finger protein 780A [Source:HGNC Symbol;Acc:27603]
Coordinates
chr19:40582043-40587821:-
Coord C1 exon
chr19:40587726-40587821
Coord A exon
chr19:40582117-40587725
Coord C2 exon
chr19:40582043-40582116
Length
5609 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
GCTTTCTTCATTTCTTTCAGATT
3' ss Score
11.1
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGTTCCATTTCTAAACCAGATGTAATTACGTTACTAGAGCAAGAGAAAGAGCCCTGGATGGTTGTAAGGAAAGAAACAAGCAGACGGTATCCAG
Seq A exon
GTAAGTGAGGGTAAAGCAGGCGGGGGGAAGCCATCATTGTCCTGGACATGTGCTCAGAAAGGAGTCATACACTTGAGATGTGGTTTGAAAAGCTTTCTTCAGTGACCCAAGTCCTGTTGGATAAAAATGCCCAAGACCTGGGAAGGAAATAAAGATTACAGCAGAAGCCATCACCAAGGAACTTCATCATTTACTAATCACCTAATTTCTGTTCTCTTATTTCCTTCCCCTTTTAGTGGAGTAAGTTCCCTCTTTTTTTCCCAGGGTAAACTTTTTTTTTTTTTTTAAGGTGGAATCTTGCTCTGTCCTGCAGTGTGGAGTGCAGTAATCTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGTCTGTTGGGTTCAAGCAATTCTCATGCCTCAGCTTCTCAAGTAGCTGGGATGACGGGTGCCCACCTCCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGTTGTTCCTGAACTCCTGACCTCAGATGATCTGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGCCCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATCGTGCCCAGCCCATTTGCCAACTTTTTAATTGGATTTTTTTTTTTTTTCCTGTTATTTGAGTCTCTTGTCAGAGAAATAGTTTGCAAATAATTTCTCTCATTTAATTTTGTCTATTCCCTCCGATGATAGTTTCCTTTGCTCTGCAGAAGCGTTTAGTTTAATATAGTCCCATTTGTCTATTTTTGTTTTTGCCGCCTATGCTTTTGCAGTGTTAACCAGAAAATTTTTGCCTAGGTCAATGTCCTGAAGCACTTCCTTTATGTTTTCTTTTAGTTGTTTTATAGTTTTGAGTCTTACATTTAAGTCTTTAATCCATTTCCAGTTGATTTTTGTATACGGTGAGAAATAGGGGTCTGGTTTCATTCTATCACATACGGATATCCAGTTTTCCAGCACCATTTATTTATTTATTTTTAATTTATTTTCCAACTTTTATTTTAGGTCCAAGGGGTACATAAGTGGGTTTTTTATATGGGTAAATTGCATGTTGTGGTGGGTTTGGTGTGCAGATTATTTCACCACCCCGGTAATAAGCATAGTACCCAATAGGTAGTTTTTGGATCTTCGTCCTCCCACCCTCTACTCTCAAGTAGGCCCTGATGTCTGTTTTTCTGTTCTTTGTGTCCATGTGTACTCGGTGTTTAGCTCCCATTTATAAGTGAGAATATGTAGTATTTGGTTTTCTGTTCCTTAATTAATTTGCTTAGGATAATGGCATCCAATGCCATCCATATTGCTGCACATAATCTTGTTCTTTTTTATGGTTGCATAGTATTCCTTGGTGTATATGTACCACATTTTCTTTATCCAGGTAACCATTGATGGACATTTAGGTTGATTCCATGTCTTTGCTATTATGAATAGTGCTACAATAAACATAGGCATTCATGTGACTTTAGGCTAGAACTATTTTCTTTTTTTGTTTCTTCCTTGTCTGGTTTTGGTTTCATGGTATGCCAGCTCCATAGAAAGAGTTAAGGAGAATTCCCTTCTCTGAAATTTTTTGGAATAGTTTGAGGAGAATTAGTTCTTTGAGAGTTTGGTAGATAGAATTCAGCAGTGAAGCCATCAGTCCTGGAGTTTTCTTTTTTGGGTGACATTTTATTACTAATTCAATCTCATTACTCATTGGCCTGTTCAGCTTTTCTATTTTGATGATCTTTTCTGTTTCTGTGGTGTCAGTGGTAATATCTCCTTTTTTTATTTCTGATTTTGCTTATTTCTTCTCTTTTCTTCTTGGTTAGTCTAGCTAGTGGTTTATTAATTTTATTTATGTTTTTTAAAAAACAACCTTTCATTTCATTGATCTTTTGTATTATTTAGCCTGTATTTTATTTAGTTCTGCCCTAATTTCATTAGATCGTTTATTTGAAATCTTTCTGCTTTTTCAATGTAGGTGTTTATTGCCATCAACTTTGCTCTTAGCAGTACTTTTGCTGTATCCCATAGGTTTTGGTATGTTGTATTCTGATTTTCATTTGTTTCAAGAAATTTTTTAATTTCCTCCTTATGTTCTTTCTTGACCCAGTGGTTATATAGGAGCAGGTTGTTTAATTTTCATGTGTTGTACAGTTTCCAAAGTTCCTCTTGTTACTGATTTCTCATTCTATTCCATGTCTGAGAAAAGACTTGATATAATTTTGGTTTTGAAGAATTTGTTAAGAATTGCATCCTAACATATGGTCTATCCTAGAGAATGTTCTGTGTGCTAATGAGAAAATGTGTATTTTGTAGCTATTTGATGAAATGTTCAGTAAATGTCTGTTAGGCCTGTTTTGTCTAATGTGAAGTTTAAATCCAATGTTTCTTGTTAATTTTCTATCTAGATGATCTGTGTAATTCAGAGTGGGGTGTTGAAATCCCCAATGATTATTGCACTGGAATACATCTCTCTCCCTTTTGATCTAATAATATTCACCTTATATATCTGGGTGTTCTGGTGTTGGGATTATAGTATGTTTAGAATTGTTATATCCGCTTGCTGAATTGATCCCTTTATCATTATACAGTGATCTTCTTTGTCTCTTTTTTGCTGCTTTTGACTTAAAATCTTTTTTGTCTGATATAAATATAGCTATTCCTGCTCACTTTTGGTTTCCATTTGCATGGAATATCTTTTACCATTCCTTTACTTTCAATCCATATATGTCTTTACCAGTGAGATGAGTCTGTTGGCAGCATATAATTGGGTCACTTTTTAAAAAATCCATTCCATCTATATCTTTTAGATGAAAAGTTTAATCCATTTACGTTCAATGTGATTACTGATATGTGAGGGCTTATTCTTGTCATTTTATTAATTGATTTCTAGTTGATTTGTGTATCCTTTGTTCCTTTCTTTCTCTTTTATTTTTCATCATTGTGGTTTGGTTGTTTTCTATAGGGGTAACATTTGGGTTCTTTCTGCTTATTTGTGTTTGCTGTGTCAGTGGGTTTTATAATTTTGTGTGTTTTCACAATGGCAGATATTCTTTCACTTCTAGGTGTAGGACTCTTAAGCATATCTTGTAGAGCTGGTCTGCCCTCAGCTTTTGCCTGGGAAAGATTATTTCTTCTTCATTTATGTTTTATAATTTGCTGAGGATAGTATCCTTGACTGGCAAGTTTTTTCTTTCAACATTTTGAATATACCATTTCATTCTCTCTCATTTCTTTCTGTTGAGAAATCTGCTGTTCGGCTAATGAGAGTTCCCTTGTAAGTGACTAGATGCTTTTCTCTTCCTGTTTTTAGTATTCTCTCTTTGTCTTTGACTTTTATATTTTGACCATAATGTGCCATGGAGAAGACCTTTTTGTGTTGTTATGTATTTGGGTATCTCTGAGCTTCCTGTATCTGGATGTCTACATCTCTTGCTAGAATTGGAAAGTTGCCAGCTGTTATTTCATTAAATAGATTTTCTTTCCTTTATTTTTTCTCTTCATCTCTGGGACCTCAAAATTTCAAATATTTGGTTGTTTTATGATGTCCCATATAGGGTCTTTGTTTCTTCTTCTTTTTTTGTTTTTCTATTTTTGTCTGACTGGGTTATTTCAAAAGAATTGGCTTTATGTTCTGAGATTCTTCTACTTGATCTAGTCTGTTGTTGAAGATTTTGAATGTATTTTATATTTTATTCAATGAATTATTCAGTTTCAGAATTTCTGTTTGGTTCTTTTTTATAATGAAATTGGTAAGTTTCTTCTTCTTATCCTGAGTTTTTTTTTTCTGATTTGTTTGTATTGTTCTTCCGAATTCTCTTGTATCTCACTTAGCTTCTTTAATATAATTATTTTGAATTCTTTTGCTAGGATATAGCATTTTTCTCCCATTGGAATGTTTCTGGAGAATTATTATGTTCCTGTGGAGATGTCAAGTTTCCTTCTCTTTTTTTTTTTTTTGTTATTTCCTGTGTTTATTCTCATTTTTTTGAATTTGCTTTTGTAGGGGAGGCTTTTTTCCTAAAGATGTACCTATGGTTAATAGGGTTGGATAGGGCATTTTCGCTTTGATTCTGGGCGTGTGCAGTAGTGTTGTTATGTAGTGTTATGATTTTTTTTTTGGCTGTAAACAGTGCCTTTGGTGTCTGTGATTTCTTCCTTGGCTTTGGTTGTGATGGTTAGTGGAGGGTATGGTGAAGTTTTATTGGGGATGAGGAGTGATATAGTTTAGATATTTTCCCCTCTAAATCTCATGTTGAAATGTAATCCCCAGTGTTGGAGATGGGGCCTGGTGGGAGGTAATTGGATCATAGGGGTGGATTTCTCATGAATGGCTTAGCACCATCCCCTTGGTGCTGTCCTCACAATAGTAAGTGAGTTCTTGCAAGACCTGGTTGTTTAAAAGTATATGGCACTTCTTCTTGTTCTCTCTCTTGTTCCTTCTCTTGCTGTGTGACATTCTTTGTCCTGTGTTGCCTTCTTTTATGAGTAAAAGGCCCCTAAAGCCTCCCCAGAAGCTGAGAAGATGCTAGCGCCATGTACAACCTGCAGAACCATGAGCCAGTTAATACTCATTTTTTCGTAAATTACCCAGTCTCAGGTATTCCTTTAATGCAAGAATGGCCTAGCACGAGGACACAAGGTAGGCAAGTCCTTGGGCTCTGGTGGTGGCAGTGGCAGTCCAGATGTGCCTGTTTTGGGGCCCCAGCATAGTGTATGCTGGTACTAGTATTAGTGTGTCTAGGCACGTTGATTCTTTGGCCTCCTCGTAGTTTGGATAGTGCTGGCAGTGGTAGTGGTATGCTGGGTAGGTGGATGGGTTCTTGGATTCTTGGGCAGCAAGTGTGGCATGGGTGATGGTAGTAGTAGTGAACAGGACAACCTTCTGGCTCCCAAGCAGTAAGTGCTTAGTGTTGGAGGTGACTATGATGGGCTGGGTGGGCCAGTCCCCAGAACTTCCGGTTGTGAGTACAGGTGGGTACCAGTTGTGGAGGAAACAGCAGGTTGTATGTGTCTGACCTTAG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Seq C2 exon
ATTTGGAGTTAAAATATGGACCTGAGAAAGTATCTCCAGAAAATGATACCTCTGAAGTAAATTTACCCAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197782-ZNF780A:NM_001142579:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.096
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA

Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)