Special

HsaINT0188375 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000197782 | ZNF780A
Description
zinc finger protein 780A [Source:HGNC Symbol;Acc:27603]
Coordinates
chr19:40582043-40587821:-
Coord C1 exon
chr19:40587726-40587821
Coord A exon
chr19:40582117-40587725
Coord C2 exon
chr19:40582043-40582116
Length
5609 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
GCTTTCTTCATTTCTTTCAGATT
3' ss Score
11.1
Exon sequences
Seq C1 exon
GAAGTTCCATTTCTAAACCAGATGTAATTACGTTACTAGAGCAAGAGAAAGAGCCCTGGATGGTTGTAAGGAAAGAAACAAGCAGACGGTATCCAG
Seq A exon
GTAAGTGAGGGTAAAGCAGGCGGGGGGAAGCCATCATTGTCCTGGACATGTGCTCAGAAAGGAGTCATACACTTGAGATGTGGTTTGAAAAGCTTTCTTCAGTGACCCAAGTCCTGTTGGATAAAAATGCCCAAGACCTGGGAAGGAAATAAAGATTACAGCAGAAGCCATCACCAAGGAACTTCATCATTTACTAATCACCTAATTTCTGTTCTCTTATTTCCTTCCCCTTTTAGTGGAGTAAGTTCCCTCTTTTTTTCCCAGGGTAAACTTTTTTTTTTTTTTTAAGGTGGAATCTTGCTCTGTCCTGCAGTGTGGAGTGCAGTAATCTGATCTTGGCTCACTGCAACCTCTGTCTGTTGGGTTCAAGCAATTCTCATGCCTCAGCTTCTCAAGTAGCTGGGATGACGGGTGCCCACCTCCACACCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGATGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGTTGTTCCTGAACTCCTGACCTCAGATGATCTGCCCGCCTCGGCCTCCCAAAGCCCTGGGATTACAGGTGTGAGCCATCGTGCCCAGCCCATTTGCCAACTTTTTAATTGGATTTTTTTTTTTTTTCCTGTTATTTGAGTCTCTTGTCAGAGAAATAGTTTGCAAATAATTTCTCTCATTTAATTTTGTCTATTCCCTCCGATGATAGTTTCCTTTGCTCTGCAGAAGCGTTTAGTTTAATATAGTCCCATTTGTCTATTTTTGTTTTTGCCGCCTATGCTTTTGCAGTGTTAACCAGAAAATTTTTGCCTAGGTCAATGTCCTGAAGCACTTCCTTTATGTTTTCTTTTAGTTGTTTTATAGTTTTGAGTCTTACATTTAAGTCTTTAATCCATTTCCAGTTGATTTTTGTATACGGTGAGAAATAGGGGTCTGGTTTCATTCTATCACATACGGATATCCAGTTTTCCAGCACCATTTATTTATTTATTTTTAATTTATTTTCCAACTTTTATTTTAGGTCCAAGGGGTACATAAGTGGGTTTTTTATATGGGTAAATTGCATGTTGTGGTGGGTTTGGTGTGCAGATTATTTCACCACCCCGGTAATAAGCATAGTACCCAATAGGTAGTTTTTGGATCTTCGTCCTCCCACCCTCTACTCTCAAGTAGGCCCTGATGTCTGTTTTTCTGTTCTTTGTGTCCATGTGTACTCGGTGTTTAGCTCCCATTTATAAGTGAGAATATGTAGTATTTGGTTTTCTGTTCCTTAATTAATTTGCTTAGGATAATGGCATCCAATGCCATCCATATTGCTGCACATAATCTTGTTCTTTTTTATGGTTGCATAGTATTCCTTGGTGTATATGTACCACATTTTCTTTATCCAGGTAACCATTGATGGACATTTAGGTTGATTCCATGTCTTTGCTATTATGAATAGTGCTACAATAAACATAGGCATTCATGTGACTTTAGGCTAGAACTATTTTCTTTTTTTGTTTCTTCCTTGTCTGGTTTTGGTTTCATGGTATGCCAGCTCCATAGAAAGAGTTAAGGAGAATTCCCTTCTCTGAAATTTTTTGGAATAGTTTGAGGAGAATTAGTTCTTTGAGAGTTTGGTAGATAGAATTCAGCAGTGAAGCCATCAGTCCTGGAGTTTTCTTTTTTGGGTGACATTTTATTACTAATTCAATCTCATTACTCATTGGCCTGTTCAGCTTTTCTATTTTGATGATCTTTTCTGTTTCTGTGGTGTCAGTGGTAATATCTCCTTTTTTTATTTCTGATTTTGCTTATTTCTTCTCTTTTCTTCTTGGTTAGTCTAGCTAGTGGTTTATTAATTTTATTTATGTTTTTTAAAAAACAACCTTTCATTTCATTGATCTTTTGTATTATTTAGCCTGTATTTTATTTAGTTCTGCCCTAATTTCATTAGATCGTTTATTTGAAATCTTTCTGCTTTTTCAATGTAGGTGTTTATTGCCATCAACTTTGCTCTTAGCAGTACTTTTGCTGTATCCCATAGGTTTTGGTATGTTGTATTCTGATTTTCATTTGTTTCAAGAAATTTTTTAATTTCCTCCTTATGTTCTTTCTTGACCCAGTGGTTATATAGGAGCAGGTTGTTTAATTTTCATGTGTTGTACAGTTTCCAAAGTTCCTCTTGTTACTGATTTCTCATTCTATTCCATGTCTGAGAAAAGACTTGATATAATTTTGGTTTTGAAGAATTTGTTAAGAATTGCATCCTAACATATGGTCTATCCTAGAGAATGTTCTGTGTGCTAATGAGAAAATGTGTATTTTGTAGCTATTTGATGAAATGTTCAGTAAATGTCTGTTAGGCCTGTTTTGTCTAATGTGAAGTTTAAATCCAATGTTTCTTGTTAATTTTCTATCTAGATGATCTGTGTAATTCAGAGTGGGGTGTTGAAATCCCCAATGATTATTGCACTGGAATACATCTCTCTCCCTTTTGATCTAATAATATTCACCTTATATATCTGGGTGTTCTGGTGTTGGGATTATAGTATGTTTAGAATTGTTATATCCGCTTGCTGAATTGATCCCTTTATCATTATACAGTGATCTTCTTTGTCTCTTTTTTGCTGCTTTTGACTTAAAATCTTTTTTGTCTGATATAAATATAGCTATTCCTGCTCACTTTTGGTTTCCATTTGCATGGAATATCTTTTACCATTCCTTTACTTTCAATCCATATATGTCTTTACCAGTGAGATGAGTCTGTTGGCAGCATATAATTGGGTCACTTTTTAAAAAATCCATTCCATCTATATCTTTTAGATGAAAAGTTTAATCCATTTACGTTCAATGTGATTACTGATATGTGAGGGCTTATTCTTGTCATTTTATTAATTGATTTCTAGTTGATTTGTGTATCCTTTGTTCCTTTCTTTCTCTTTTATTTTTCATCATTGTGGTTTGGTTGTTTTCTATAGGGGTAACATTTGGGTTCTTTCTGCTTATTTGTGTTTGCTGTGTCAGTGGGTTTTATAATTTTGTGTGTTTTCACAATGGCAGATATTCTTTCACTTCTAGGTGTAGGACTCTTAAGCATATCTTGTAGAGCTGGTCTGCCCTCAGCTTTTGCCTGGGAAAGATTATTTCTTCTTCATTTATGTTTTATAATTTGCTGAGGATAGTATCCTTGACTGGCAAGTTTTTTCTTTCAACATTTTGAATATACCATTTCATTCTCTCTCATTTCTTTCTGTTGAGAAATCTGCTGTTCGGCTAATGAGAGTTCCCTTGTAAGTGACTAGATGCTTTTCTCTTCCTGTTTTTAGTATTCTCTCTTTGTCTTTGACTTTTATATTTTGACCATAATGTGCCATGGAGAAGACCTTTTTGTGTTGTTATGTATTTGGGTATCTCTGAGCTTCCTGTATCTGGATGTCTACATCTCTTGCTAGAATTGGAAAGTTGCCAGCTGTTATTTCATTAAATAGATTTTCTTTCCTTTATTTTTTCTCTTCATCTCTGGGACCTCAAAATTTCAAATATTTGGTTGTTTTATGATGTCCCATATAGGGTCTTTGTTTCTTCTTCTTTTTTTGTTTTTCTATTTTTGTCTGACTGGGTTATTTCAAAAGAATTGGCTTTATGTTCTGAGATTCTTCTACTTGATCTAGTCTGTTGTTGAAGATTTTGAATGTATTTTATATTTTATTCAATGAATTATTCAGTTTCAGAATTTCTGTTTGGTTCTTTTTTATAATGAAATTGGTAAGTTTCTTCTTCTTATCCTGAGTTTTTTTTTTCTGATTTGTTTGTATTGTTCTTCCGAATTCTCTTGTATCTCACTTAGCTTCTTTAATATAATTATTTTGAATTCTTTTGCTAGGATATAGCATTTTTCTCCCATTGGAATGTTTCTGGAGAATTATTATGTTCCTGTGGAGATGTCAAGTTTCCTTCTCTTTTTTTTTTTTTTGTTATTTCCTGTGTTTATTCTCATTTTTTTGAATTTGCTTTTGTAGGGGAGGCTTTTTTCCTAAAGATGTACCTATGGTTAATAGGGTTGGATAGGGCATTTTCGCTTTGATTCTGGGCGTGTGCAGTAGTGTTGTTATGTAGTGTTATGATTTTTTTTTTGGCTGTAAACAGTGCCTTTGGTGTCTGTGATTTCTTCCTTGGCTTTGGTTGTGATGGTTAGTGGAGGGTATGGTGAAGTTTTATTGGGGATGAGGAGTGATATAGTTTAGATATTTTCCCCTCTAAATCTCATGTTGAAATGTAATCCCCAGTGTTGGAGATGGGGCCTGGTGGGAGGTAATTGGATCATAGGGGTGGATTTCTCATGAATGGCTTAGCACCATCCCCTTGGTGCTGTCCTCACAATAGTAAGTGAGTTCTTGCAAGACCTGGTTGTTTAAAAGTATATGGCACTTCTTCTTGTTCTCTCTCTTGTTCCTTCTCTTGCTGTGTGACATTCTTTGTCCTGTGTTGCCTTCTTTTATGAGTAAAAGGCCCCTAAAGCCTCCCCAGAAGCTGAGAAGATGCTAGCGCCATGTACAACCTGCAGAACCATGAGCCAGTTAATACTCATTTTTTCGTAAATTACCCAGTCTCAGGTATTCCTTTAATGCAAGAATGGCCTAGCACGAGGACACAAGGTAGGCAAGTCCTTGGGCTCTGGTGGTGGCAGTGGCAGTCCAGATGTGCCTGTTTTGGGGCCCCAGCATAGTGTATGCTGGTACTAGTATTAGTGTGTCTAGGCACGTTGATTCTTTGGCCTCCTCGTAGTTTGGATAGTGCTGGCAGTGGTAGTGGTATGCTGGGTAGGTGGATGGGTTCTTGGATTCTTGGGCAGCAAGTGTGGCATGGGTGATGGTAGTAGTAGTGAACAGGACAACCTTCTGGCTCCCAAGCAGTAAGTGCTTAGTGTTGGAGGTGACTATGATGGGCTGGGTGGGCCAGTCCCCAGAACTTCCGGTTGTGAGTACAGGTGGGTACCAGTTGTGGAGGAAACAGCAGGTTGTATGTGTCTGACCTTAG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Seq C2 exon
ATTTGGAGTTAAAATATGGACCTGAGAAAGTATCTCCAGAAAATGATACCTCTGAAGTAAATTTACCCAAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197782-ZNF780A:NM_001142579:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.000 A=NA C2=0.096
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains