HsaINT0188375 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000197782 | ZNF780A
Description
zinc finger protein 780A [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:27603]
Coordinates
chr19:40069152-40081914:-
Coord C1 exon
chr19:40081819-40081914
Coord A exon
chr19:40076210-40081818
Coord C2 exon
chr19:40069152-40076209
Length
5609 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGT
5' ss Score
10.86
3' ss Seq
GCTTTCTTCATTTCTTTCAGATT
3' ss Score
11.1
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000197782:ENST00000450241:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.100
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
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Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains