MmuINT0179529 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000037640 | Zfp60
Description
zinc finger protein 60 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:99207]
Coordinates
chr7:28525976-28536708:+
Coord C1 exon
chr7:28525976-28526074
Coord A exon
chr7:28526075-28533186
Coord C2 exon
chr7:28533187-28536708
Length
7112 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAGT
5' ss Score
11
3' ss Seq
TTCTTGCTTTCTCCTTTCAGGTT
3' ss Score
13.27
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGGACGTTGCATTCCCAAGCCAGATCTGATCGTCTTACTAGAGCAGGAGAAAGAGCCCTGGATGGCTGTGAAGAAAGAAACAGGCAGGCCGAGCCAAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTTTGGAGACAGGTTTTGAAGCTGAAAATAGATCTCCAAAGAATCATGTTTATAATAAAAAGTTACCCAAACAAACCATACAGCAATTAAGTAAAACTTCGGACGTCCAGGGCGTCAGTGTTAGTAATGGCCCTGGCTATAGTGTAATCAAGGAGCCACAGAATTATCAAGAAGGAGATGCTAATCGAAATATTACTAACAAGAAAGAAATGTCTACTTACACTAGCAAGACTCTTGCTCACAATAAAGAAAAACCGTATAAATGTAAAGACTGTGGGAAGTGCTTTGGTTGTAAGTCAAACCTTCATCAGCATGAGAGTATTCACACTGGAGAGAAGCCCTATGAATGTAAGGACTGTGGGAAGACCTTCAGACTCCCTCAGATGCTTTCAAGACATCAGAAGTCTCACAGTGATGAGAGACCTTTTGAGTGTAATATATGTGGAAAGTCTTTTCATCTTCCTACCCTGCTTCAGTACCATAAAAATATTCATACAGGTTTAAAACCATTTGAATGTGAGGAGTGTGGGAAGTCCTTCAACCGCATCTCTACCCTTTTTCAGCATAGGACTATTCATGCTGGTATGAAACCGTATAAATGTAATGTGTGTGGGAAAGCCTTTAATCGTCGCTCAAACCTCCTGCAACATCAGAAAATTCATTCTGAGGACAGACCTTTTCATTGTAAGGTGTGTGGAAAGGCCTTCACTGTGCTGGCTCAGCTTACTCGGCACGAGAACATTCACACTGAAGACAAATCGTTTGAATGTAAGCAGTGTGGTAAGATATTTAGTAATGGCTCTTACCTCTTACGACACTACGATACTCACACCAATGAGAAACCCTTTGAGTGTAATATATGTGGCAAGGCTTTTAGGCTTCATCTATACCTTTCTGAGCATCAGAAAACTCACACCGATGAGAAGCCTTTCAAGTGTAAGCTGTGTGAGTCAGCCTTCAGACGTAAGTACCAGCTCAGTGAACATCAGAGAATTCACACTGATGTGAAACCCTATCAGTGCAAGGATTGTGGGAAATTCTTTCGTCGACGATCAAATTTTACTGAACATCAGAGTATTCACACTGGAAAGAAACCCTTTGAGTGTAAGGACTGTGGGAAGGTCTTTAGACTAAATATACATCTCATTCGACATCAGAGATTTCATAGTGATGAGAAGCCCTTTGAATGTAAAGAATGTGGAAAGGCTTTTCATTTTTCCAGCCAGCTTAATAACCATAAAACCAGTCATACAGGTCAGACACCTTTTGAATGTAAAGAATGTGGGAAGTCGTTTAAGCGTGTCTCCAGCCTTGTGGAACATAGGATTATTCACAGTGGTGTGAAACCATATAAATGTAATGCGTGTGGAAGAGCCTTCAATCGTCGCTCAAACCTCATGCAACATGAGAAAATTCATTCTGATGAGAGACCCTTTGAGTGTAAGGACTGTGGAAAGGCCTTCACTGTTCTGGCTCAGCTCACACGGCACCAGACGATTCATAATGGAAAGAAATCATATGAATGTGAGCAGTGTGGGTCAGCCTTCAGACTCCCGTACCAACTCACTCAACATCAGAGAATTCATTATGATGTGAAGCCATTTCAGTGCAAGGAATGTGGAAAGGGCTTTGTTCGTAGTACAGGCCTTAGAATTCATGAAAGGATCCACACTGGTGAGAAGCCCTTTCAGTGTAAGGAGTGTGGAGAAGCCTTTCAGTATCATTACCAATTTCTTGGACACTTTAGAATTCATACTGGCAAGAACCCTTATGAATGTAGTGAATGTGGGAAGTACTTTACTTATGGTCGAGACCTTAAAGTACATCAGAGTATTCACAATCTTGAGAAACCGTAAGAATGTGGGAAGACCTTCAGTTGAAAATCAAAGGTGGTTTGACATGCTAAACTTAATATTATGAAGAAGAAGCCTTACAATGCTTATAAGGAATGTGGAAAGCCTTCAGTAATTCTAAGCTACCTGTATATCAGAGAATTCATACTGGTCTGAAGCACTGTTGATATGAAAATTGTGAGAAAGTTTAGATTAAGTTCAGCCTTCAGTGTACATCAAAGAATTCATATTGGTCTGAAACCCCATCACTGTAAAGAATGTGGAAAGACCCGCAACTGAAGCTCAGGCCTTCAGCATAAAAGTATCCATGCTGTCGTGAAACACTATGCAAGGAGTGTGTAAACATTTATAGAATTCATTCTGAAAACTCATGAAGGAGTCCATATAGGTCTGAAACCATAAGGATGTGAAAAAAATTTTATTGTTAAATGGTGAGCTTATACAGCATGAGAAAAGGAAGACGGATAAGACTTTATGGAAATTTTACTGAACATCAAAGAAGTCATTAACAAACTGGGACTGAAAGGAGTCTGGGAAGAACTTTAATCTATCATAGGATTTAACCAACATCTGAGTGTTCATATACTTGTGAACCAAAAAATCCTTAGAGAATGAGAGTGGGAATTCTGTTCACAGAAAATACTGTTGAGAAGGACAGAAAGAGATATTGTAGCCTTCATGCTCCTAAGTTAGCTCATCTTTAATACTACTGTTAATTGCATAAGCTTAATTCACCAAACACAATTCAGCTCACTTAGGAAGAACAGTTATTGAGACTATTATTATTCGAGGCACCTTGCCACCAATTACATCCCATGGCTCCTGTGCTATTACACTGGATGTTTGCTTTCTTTCTGCATAGTTCATGGTGAGCACGGTACCAGGCGGATGTGTGGAAACGGGGTCATAATGGATAGAGAATCCTTGAGAGTATTTGGTATGTTCTGTGAAGTAGCTTCTACAGTGTTGGTGCTCTCACGGGCGTTACTGTAACGGATATGAAAGACAAGCTGTGTCGTAGATAGTTTAGAAAAGCCTCATGCAGCCCTCCAGTATTAAATTCTAAATATTTCCTTCTGGGTAAAATCTAATAGATGAACAGGTACATGAAAGCATTTTTATTCTCAATCCGTTTCTTTAGCTTTCGTGCAGAGATGTCTATAAACTAGCTGTTGGTGAATAAGTACTTTTAAACGGGGATAAACACATTTAACTTTCAAAAGCTAAAATCCTGTAATTTATGTTCTCTGCCCAAACATTAAGATAAAATGCATTTGTGACTCAGCAGGACAGTGCAGTCCCCTCCATCTCATGCTGCTGAGACCATTTTAGGTTTGACTAGAATTTGATTTTAGATGGAGGAGATTCTTGGAGATTTACCCACCTCTAGTCTGTGAGCCAGCGGTCAGGATGCTCCTGCTATTTTATTTTGGCTTCTCTTAGACTGCCTGCCTGTGCAAACTTTCCCCTTCCACTTAACTGCTTACCCTGGCTTCTGTTAAACTGCCTGCTTGGGCAAATGCTCCCCCTGTAGCTGCTGAGCAAGATATCAGAATGTGGTTCTTGTTTTTAATAGCCCCTTGCTGTAAATGCTTGTGAGTGTATATGGATCCCGAATAAATGAGTGTAGTCCCAGCCAACTGGAATAAAGACTTTCAGTTGGCTATAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000037640-Zfp60:NM_029531:4
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.331 A=NA C2=0.126
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF0009621=zf-C2H2=WD(100=3.7),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF0128613=XPA_N=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0),PF127602=Zn_Tnp_IS1595=WD(100=6.9),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Rat
(rn6)
No conservation detected
Chicken
(galGal4)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: