MmuINT1006040 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000038599 | Capn8
Description
calpain 8 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2181366]
Coordinates
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Coord C1 exon
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Coord A exon
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Length
24944 bp
Sequences
Splice sites
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Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAGACTGTTGGCTTCTGGCAGCCATTGCCTCCCTCACCTTGAATGAAAAGCTGCTTTATCGAGTGGTTCCTAGAGACCAGAGCTTCCAGAAGAACTATGCTGGCATTTTTCATTTCCAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000038599:ENSMUST00000048941:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(7.7=100)
A:
NA
C2:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(13.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types