RnoINT0000341 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000060429 | AABR07002065.2
Description
NA
Coordinates
chr1:65590404-65599954:-
Coord C1 exon
chr1:65599860-65599954
Coord A exon
chr1:65591323-65599859
Coord C2 exon
chr1:65590404-65591322
Length
8537 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAAC
5' ss Score
7.82
3' ss Seq
AAATCTGTTCCTGGTTTTAGGTG
3' ss Score
9.54
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GTGAGGAACTACATTTGTCTCCACACATCAGGGCTTCAGGAAAAGCCTTGGATTGCCCTGGTTCCCCACACATGCCTATGAGGGTCAAGCTGTCAAGGTCATCTTGGCGACATCTTGAAGTCAACCAAGGATACACAGATTGATCAAAAATTTTTTCTAAAGCAATAAATAAAGTGGATTAAACCACTTTGTACCTATAAAAAACCAAAGAAATGAGAGAATGTTAATGCTTGCAAGAATAAAAAGATTGAAGACTTGGAGTTAAGAGCACTGGCTGCTTTTGTGGAGGACCCAGGTTCAATTTCCAGCAACTACACGGTGGCTCACAACTGTTCATAACTTCAGTTCCAGGGATCTGGGGCCCATTTCTGCTCTGATGGGCACCAGACATGTGGTGCACTTGACATACATGCAGCTGAACACTCATAAAACAGATAACTCTTATTAAAATATATTTTAAAGGTGATTAAATGTACCGAATGAAAAGACATAGGGTTTTTTTGTTTGCTTGCTTTCTGCTTTTTGTTTTTTTTTCAGAGTATTTTAACAACTTCATGAGAACATATTTTTAAAAATGTATGAGAAACAGCTTTTCTTATTATTTATTTAAATACTTACCAATATAGGGTCTTCCTATGTAACCCTGGCTGGCTTGGGATTCATTATGTAGGGGCAGACTTGCCTCCAACTTGCAGCAACCCTCTCCTCTCTGTCTCCTAAGTACTGGGATTTTAGGCACATGTCACCACAATTAGCTTGTTTTGTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCTTTTTTTTCCGGAGCTGGGGACCGAACCCAGGGCCTTGCGCTTGCTAAGCAAGCGCTCTACCACTGAGCTAAATCCCCAACCCCTTGTTTTGTTTTTGGAAGTAGTACCTTGCAGCCCAGGCTAGCCATGAGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000060429:ENSRNOT00000026540:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.854 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]