RnoINT0010163 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000039656 | Abca17
Description
ATP-binding cassette, subfamily A (ABC1), member 17 [Source:RGD Symbol;Acc:1560494]
Coordinates
chr10:13632836-13647003:-
Coord C1 exon
chr10:13646809-13647003
Coord A exon
chr10:13633024-13646808
Coord C2 exon
chr10:13632836-13633023
Length
13785 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGGGT
5' ss Score
8.23
3' ss Seq
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3' ss Score
5.33
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000039656:ENSRNOT00000060818:25
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000522=ABC_tran=PU(37.2=83.1)
A:
NA
C2:
PF0000522=ABC_tran=FE(42.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Mouse
(mm9)
No conservation detected
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]