RnoINT0011107 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007041 | Abcg2
Description
ATP binding cassette subfamily G member 2 [Source:RGD Symbol;Acc:631345]
Coordinates
chr4:88852576-88861464:+
Coord C1 exon
chr4:88852576-88852794
Coord A exon
chr4:88852795-88861404
Coord C2 exon
chr4:88861405-88861464
Length
8610 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGT
5' ss Score
10.08
3' ss Seq
CAATATGGTTTTGTTTCTAGTGG
3' ss Score
5.97
Exon sequences
Seq C1 exon
AAAGGCATAGATCCTAAAGATGTCTTCTAGTAATGACCACGTGTTAGTACCGATGTCACAGAGAAACAAGAACGGCCTTCCTGGAATGAGCTCCAGAGGCGCGAGGACGCTCGCAGAGGGAGATGTGCTAAGTTTTCATCACATCACCTATCGAGTGAAAGTGAAGAGTGGCTTTCTAGTCCGGAAAACAGCTGAGAAAGAAATACTATCAGATATCAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
TGGGATCATGAAACCTGGTCTTAATGCTATTCTGGGACCCACAGGCGGAGGCAAGTCTTC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007041:ENSRNOT00000009546:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.343 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0000522=ABC_tran=PU(2.6=6.0)
A:
NA
C2:
PF0000522=ABC_tran=FE(13.2=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]