RnoINT0040006 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008749 | Col5a1
Description
collagen type V alpha 1 chain [Source:RGD Symbol;Acc:70920]
Coordinates
chr3:6565357-6567648:+
Coord C1 exon
chr3:6565357-6565410
Coord A exon
chr3:6565411-6567392
Coord C2 exon
chr3:6567393-6567648
Length
1982 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCCGTGAGT
5' ss Score
8.4
3' ss Seq
TGCTCTCTTCTGCACCCCAGGGG
3' ss Score
7.64
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCCCACTGGCCCGAAGGGCGAGGCAGGCCATCCAGGACTCCCTGGTCCACCC
Seq A exon
GTGAGTAGTCTGTGAAGTGTGAAGGGGAACCAAGGGATTGTCTGTGGGGCTTGGTGCCTGAGATGCAGTGAGATTCGCATGGCATAGCCTGGGGATACAGAGGAGACTGTGGGCTCATGGGCTGACTTGCCCTGGGAGATAGGGAAGGTACATGTGCATGGATGGTATGTGGTATGTGGGCATATGTGACTATGTAAGTGTGTCACATTGCTGGACATACATATGTGTACTTAGTTGTGTGTGTATGTATTCATATGTGTAAGTAGCAATTTATGTCCATATATATGTTTGCTTGCAAATATGGACTTGTATATTTGTGTGCACTCTACATATGTGTGCAAATATACATTAAGTATATGCAAAAGTGTTCATATATGTATCAACATGCACATATACATGTGCAGGTATAAATGTATGTTTCTCTGTGCTGTATGCATGTGTGTGAACATGTATGCATATGTGTGTTTAAGGTTGTGCACATGTATATACACATATGTGAAAATGCACATGTAAATGTATATATATGCTTGTATATGTATGTTGCTTTACATATTGTTAAGATATATATATGTGTATGCATGTATACACATGCATGTGTATGCAGGTACGTGCATTTCTGTCTGTATTTTGCATGCTCACATGCATTTGTAAGTGTGAAGGTATTTTTCTATATGTAATGTGTGTTCATGTATATAAAATGCATATGTGTATATAACACAGGAGTATATTTGTGAATATATGTGTAGATGTATGCATATGTATTTATATACATGTGTATGAACATGAAATGCATAGTGTATTTCTACATGGGTATTATACATGTGTATATATGTATTGTGAACATGCATTCATGAATGTGGTATATGCATTTATGTGTATGCATATGTGTCAACATACCAGTATAATGTGCAAGCATGTTTCCATATGTTTATGTATGTGAACAGAGATGTGTGTCTGTGTGTGTATTATGCATGTGTATATAAATATGCATATATACACATGTAGGTGTTTCTAGATGTGTATTGTATGCATATGTATAATCATGAATGTGTATATTTCTATGTGTGTATTATGTTTAGGTATGAACAGGCACATATAAACATTCATGCATGTTTATCTATGTATATTGTACATGTTTAGAGTTGTATGACTAAACTTTTCCTGGAAGAATAGAACACACATGCCTACTCAACCCCAGATAAGGAGCCCACTGTAGAACAAAGTATGGATACTGCTCAAGTCCAACTTGGCCAACCATGATTTTTATTGAAGTTACTTACAGGAATATGGGTGAGGGGCTACTTATGGGTTCAGAAATGACTGAGAAACAGCTACATCTTCAAAGCCTACCCAGCATGGGTAACTCACAAAGCTGGTAACTTGGAGCAACTGTGCAGCCTACAGGCAGCTCAAAAGATTGAAGAGTCTCCTTCCTAAGTGGCCCAGTTGACCTAAACTTCTTCCAGGCAGCTTGGCTGGTTTTTGTGTCTTCCAAGCATCTGGTCTGGTCTCAGAATCTTCTTCGCAGCTTGACTCTACTTCTCAGAGAGGAACTCTCATCTTTCATTGCTTAGTCTGGCAGGAAGAGGGCCAGTGAATCTAGTCAGTTTCAGGAACTTCCTGAAGCTATTTTGAATTGTTTACCTCCCCTTTAAAGGTCCCTACTGCAGGATGGAATGTTTCAATCTTGGAGGAAACTTGCATAACACTTATGTGTGATCATGCATGTGTTTATATGTACACATGCATATGAATGTATATGGTTCTGTATCATGTACATACAACCACAGAACCACACATGAAGATGCAATGTACATATATACAGGAAAAGATTGGTGTGGTTGGGTGGTGCCAGTCCCTAGACTACCTTACACAGAGCCTGAGGGACGGGGACTTCTGGCTCAGAGTTATCTTAACTCTGCCCTTGGGACAGGGTCATTCTCATTCTGTCCTATTCATAACTGCTCTCTTCTGCACCCCAG
Seq C2 exon
GGGCCTCCAGGCGAGGTCATCCAGCCCCTGCCAATCCAGGCGTCCAGGACTCGGCGGAACATTGATGCCAGTCAGCTCCTGGATGATGGGGCTGGGGAGAGCTACGTGGATTATGCAGATGGCATGGAAGAGATCTTTGGTTCCCTCAACTCCCTGAAGCTGGAGATTGAGCAGATGAAGCGGCCACTGGGCACACAGCAGAACCCAGCCCGTACCTGCAAGGACCTTCAACTCTGCCATCCTGATTTCCCAGACG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008749:ENSRNOT00000012334:61
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=1.000 A=NA C2=0.721
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0139113=Collagen=FE(28.3=100)
A:
NA
C2:
PF0139113=Collagen=PD(13.3=9.3),PF0141013=COLFI=PU(12.7=31.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
GGTCCCACTGGCCCGAAG
R:
CGTCTGGGAAATCAGGATGGC
Band lengths:
310-2292
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]