RnoINT0052078 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000009781 | Dync1i2
Description
dynein cytoplasmic 1 intermediate chain 2 [Source:RGD Symbol;Acc:620174]
Coordinates
chr3:57823003-57832779:+
Coord C1 exon
chr3:57823003-57823120
Coord A exon
chr3:57823121-57832688
Coord C2 exon
chr3:57832689-57832779
Length
9568 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTGGTAAGG
5' ss Score
8.92
3' ss Seq
CTGTCTATTTCACTATCTAGTCC
3' ss Score
6.84
Exon sequences
Seq C1 exon
ACTGATCAGAAGAAGGAAGCTGCAGTCTCTGTGCAGGAAGAGTCTGACCTTGAAAAGAAGAGAAGAGAAGCCGAAGCCTTGCTTCAGAGCATGGGGCTAACTACAGACTCCCCAATTG
Seq A exon
GTAAGGATCTGACTATATCTATTCATGGGAGACGGCGTAGATTCTGTCGAGCTCAGACATATCCAAGCTCAGTGCATTGGTTTGTTGCCTTTTCATATTTTCTTTGTCTCAAAAGCATTAATCTTAGCATTTGCCTGTAATTCCTTTTTATCCCAGATATATCAATACAGAGTTACTTTATTTGTGAAATCAAGATTAATACCTACCAACACATTATCAAGCTACCAATTGAATTTTCTTATTTAAATAAACAATTTACTATGCACTATACTGTGTTAAACTTAAAGATGAGTATTTCCTAATCTTAACTCTATTCTCCTTTTTGTAGGCTAGGATAAGGTATACTAAGTCAAAGTACTCAAAACGAAGGAGCAGGAAGAGAAATGTATAGTATTCTCCCTGTTCCAGAAAGCACATAGTACTGTTGCTTCTTTTGGCACTAATCTCACTTGGTCCTGGTCTTCTTCCTGTGTTAGTCATCTTGATTGTTATATTAAGCCAGTAGACTTTGCAGGAGAGATACTGAGAACTATCTAGATACATACACGAAAGCATTAATGCTTAATGTAGTTCTGTGTTAGGTGCTGCTACAGAGAATGTATTTGAGTGTGGCATTTTAGGGACCTGGCACTTGAAGGTTATTGTTGAGCTGCTGTCTTTGTGTGTTTGTGTGTGTTCAGTTAGGTGCCATGCATGTAGAATCTAGAAGACAGCTTTGGATGGTGTTTCTTGGGTGCTGCCTACCTTCCTGACCTAGGGCTCTCAGAGTAGACTAGGCTGCTACCAGTGAGTCCGAAGGTCAACCAGACTCCATCTCGTTGGCTGGGATTACAAGTGTGTATCACCATAGCTGGTTCTGGGGCTAGAACTCCAGTCCTCATATTTGTGTAGCCAGCACTTTATGAGCAGAGCTGTTTCCTTAGCAATGGTTTCATGTTGTTGAGGTTTTGTTGTTTTGGGATTGGGTTTGGCTGTTGAGACAGGGTTTTCTGCCCAGTCTGACCTTGTACTCCTAATCCTCTTGCCTTGGCCTTCTGAGGGCTGGGATTATAGGTGTGTACCATCATACCTAGGGTGCAGACTAATTTTATCTAGCATAGGGGATGTATACCAGAGGGAGTAACTGCAGTGTGTCTGTTGTGAAGCTTAACTGTCCTTGGTAAAACTGATCTTTATTTCTAAAAGGTTTTAAGATGAAAAGGCTGTTTGTCTTAGCATCTGCTTCCTTGTTACTTCTTCCTGCTCTTAGTTTTTCTTTATTGATAGAATTTGAAGACTATAGCACATTGATTTATATTTATATTTGTGTATTTAATAATCCTATGCTATATATTTTGATTTTAAAAACAAATTAATTCGACTATTTTTTCCTATTATCCTAGTAACTGACCCACATCATTCATGAGTTGTACGGGTCTTGAGAGGGTCTTGTTTTCTTATTTTCTGGGCCATTGGGTTTTGTTTTTCTTCTACGAATCCCCCACCCTGCCCCCTGCCCCAACTTCCATTTCACTGAATTTACTTGCTTATGTCTTAATTCATAGCCCACTTCTATTGATTCTTGAAAGATCACTCTTTGGAGATGTAGGAGAGAGGGTTTGCCCTCTTTTCTCCATTTCTAATTCTCCTATGTGAGAATTTATAATACTTAGTTTTAAAGCTTTTAAAGAAAAATCTTAACCATTCACTCATTAATTCAGAAAATGTTGAGTACTTATGATAAAGTTCCTTGCAGAGTTCCTGTAGGGAGCTGGATTGTTGTGGTGCTGTCAGAGCGAGACTGCGGGCTGCGTTAGAGCAGGTGTTCAGGAAGAGCTTGGTAAGAGCAGGACAGTCAGAAGAAGCCCCACATGGTAAGGCTGAGAGTGGGAGCAGCCCAGGTGGAGGGGAGAGTGAGTCCCTGCATAAAGCTTGCCTTGGTGGGCTTGGTGGTGGCAGCGTAAGAAGCCAGAGAGAGGCAGAGCAGAAGTGGGCAGAGGTCAGGTGATGGAAACAAGGTCTTGGGATGGAAGAGTTTTGTTCTTAACACAATCAAAAGAAAGCAACAGCAACAAGGAAGACTAGACTTTAAAAAAGCAGAGAAAACAAAGCAGTCTTTCCCCAAGGTAACCATTATTACCTTAGGAAAATAGATGTACTTCTGCTTACAAGAAACTTGGGCTATAGAATCTAAACATAAGACTATATCTAGCATAAGTCAAGGAAATTCATTCTTACTCAGGTCTTTCTCCAGGAACCAGTGTTGTATTGTTTCCATTTAGCAGAATCTGACCTAATTTAGTAATCCTTACTTCAAACCGAGCTCTCTTCCAATATCATGGTGACAAAGTCTTCAGATCCTGGAAGGGTACAGATCTATTTCACTCTTCACCCTGAGGAATTCCTGATCCTGTGCACCTGTGCACAAGCTCCAATGGCAGGAGCTGCAAAGAATTAATGATAGCTTAGGCATCATAGCTGGGCTGGGTCTGCGGGGCTTGTTGAAGGATTTCAAGCAAAGGCTTCCTTAAGGAGAAACTAGAAATGGTTTATCAGAGCTGCAACTGGCTCTCAGTCACAGATGTTGTAGCCTCTCTTAGGTGACACTTGAGTTTTGAAAGTTAACTCTGAGACAAGTTGATTAAAGTAAAAATATGCCTATGTCAACCCGTTCTAGCCAGTAACAAGGTGGTTTTGTCTTAACTGGAACTGGAGTATTTTAGCTGAGGCAGGCGAAGCACAAGGTAGCATTTTGTCTCCATGTTGTACATGCATTCTTAGACTGAGCCTTAGCAGGGAGAGCTCATTCCCTTGCTGTCCTTTCTGTCTGATAGATTCTTACTCTTCTGTTTGGGGTGGGGCAGGGTGGTGGCAGACATACTACAGGAGAACCTTGTGAAGTCAGTTCTTTCCTTCTACCTACATAGATTCTGGGAAGGAGTCAGGCTTCTGGGCTTGCACAGCACTCGTCCTTACTGGCCAAGCTCTCCTGCTAGTCCTTCTGTCGGCCACTGTTTTGCTCTGTGTGTAAACATGAGAGAAGGGGCAGAAGGAAAGGAAAAAATATTGTTAATCTTCAATCCATTAGTTTGGCATTTTTGCTAAATTAAACTATGGAAAGACAGTGTAAATAGCTATGCTTTTTTTCTTTCTAGTGAAAACAAATTTCATGAATGTGAGTGATTACTGAAAGATTTTAACGTTTTTTAGTATTTATTTTTCTTTTATATGTGTGAGTGTTACCTGCATGTATGATGTCACTGTGTGACATACCTGCTGCCTGTAGAGGTCAGAAAACGGTGTCAGCTACCATGTTGGTGCTGAGAACCAAACTGGGATCTTTTGTGGCCTAGTTAGAGACTCTATGGCTGTGATGAAACACCATGACCAAAGCAATTTGGGGAGGAAAGGACTTATTAAAGCCATATGTTTCACATCACTTTTCAGCTGAATGAAGTCAGGACAGGAACTCAAATAGGGCAGGAACCTGGAGACAAGAGCTGATGCAGAGGCCATGGAGAGGTGCTCCTTACTGTGTTGCCCCCCAGTGCTTGCTCAGCCTGCTTCTTATAGTGCCAGAACCACCAGCCCATAATGGGATGGGCCCTTCTCCATGGATCACTAAGAAAATGCCCTACAGGCCTGCCTGCCTACACGTATCTGCCCTGATCTTATAGAGACATTTTCTCAATTGAGGCTTCCTCCTTTCAGATTCTAGCTTCAAACAAGTTGACATAAAACGAGCTAGCATATTCTGCCAAAACAGCAAGGTCTATTAACTATTGAGTTATCTTTCCAGCCCCAGCATCTTCTTGATTAAATATCAGCTTGCTATTTGGCATGTGAACAGTTAGAATTTATAGCTGCCTGTAACAGTAGAATGTTAATGTTAGATCTAGCCAAAGTAGAACAGCTTAGGACAGTAGTAAGCAGGCTTCGAGAAACAAGCCAAGTGTCATTGCTGTATATTCAAAATTGAAAGAATGTAAAGGCATATGAGGTTATGTTTACCAAAAGAGTATAAGCTGATCAGCCCAGAATTAATGTCTTTCGATAGCTGCTGTGGCCTGCAGTGTTCAGGATTTAACCTTTCTGTTTCCTAGCCAGATCCCCACATGTTCTTCCTTTCTTATTCTAAACTATTTTCCTCCTCCTAGCTGTCTTAACAGAATGAAGCCAATGAAGGGCTAAGCACATTATGGTGATCTTGTTGCCTTTAAAAAATGAGGGAACAGTAGGGAAGGGGTGGGAGGACAGGAGCTATGTCTTGGCAGGTAACACCATCTAACTCTAGCCTAAGACTTGGGTTAGGTTCTCAGCACCCATATAGGTAGATAACAATTTCCTGTAAGCCAGCTTCAGGGGATCTGATGCCCTCCTCTGGCCTTTTGGGGCACCTGCATTCAAGTGTGCATACTGCCACATAAATATACACATAATTAAAAACAAATCTTAAAAAATAATTAGGCAAAATGCATTTCATAATCCTTAAAACATACATTTATAACCCCAATATTAATACCCAGTGCTTATTTATAATTTGTTATGAAGATAAAAAATACGCAGATAAGTTGTGTTTTTCATAATTTTGTTGTTGTTTTCATAATCTAGAATTTAAAAAAATAAAACAAAAAACCCTGGGGGTGGAGGGATGGCTCGGAAGTTAAGAACCCTTGTTACTCTTGCAGAGGGCCCAGATTCAATTCTCAGTACGCACATGGTGGCTCACAGCTATTTGTAATTCCAGTTCTGAAGGATCAGACTCCCTCTTCTAACTTCTGGGGGCACTGGGCAAACAAACTTTACTCATGTATATAAAATATTTTATTTATTTATTATATATTATGATTACACTGTTGCTATCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCAGACTTGTTTCAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTGGGAAGAACAGTCGGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCTACTCATGTATATAAAAGGAATAA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Seq C2 exon
TCCCTCCTCCCATGTCTCCATCCTCCAAGTCGGTGAGCACGCCAAGTGAAGCTGGAAGCCAGGACTCTGGAGATGGCGCCGTGGGATCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000009781:ENSRNOT00000013400:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.988 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF115403=Dynein_IC2=PU(0.1=0.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
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