RnoINT0058699 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000061348 | Fam53b
Description
family with sequence similarity 53, member B [Source:RGD Symbol;Acc:1310799]
Coordinates
chr1:204761727-204773141:-
Coord C1 exon
chr1:204773090-204773141
Coord A exon
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Coord C2 exon
chr1:204761727-204762505
Length
10584 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGT
5' ss Score
8.73
3' ss Seq
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3' ss Score
4.92
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000061348:ENSRNOT00000077956:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.133 A=NA C2=0.464
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF152421=FAM53=FE(29.8=100)
A:
NA
C2:
PF152421=FAM53=FE(85.5=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]