RnoINT0077796 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000007528 | Kcnh7
Description
potassium voltage-gated channel subfamily H member 7 [Source:RGD Symbol;Acc:621112]
Coordinates
chr3:48749167-48759058:-
Coord C1 exon
chr3:48758633-48759058
Coord A exon
chr3:48749567-48758632
Coord C2 exon
chr3:48749167-48749566
Length
9066 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
GTTCATGTTTGTTTCCACAGACA
3' ss Score
9.22
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTTTCTTTGGGAGCAGATGTCTTGCCAGAATATAAGCTGCAGACGCCACGCATCAACAAATTTACAATATTGCACTACAGCCCTTTCAAAGCAGTGTGGGATTGGCTCATTTTACTCCTGGTCATTTATACTGCTATATTCACCCCCTACTCTGCAGCCTTTCTCCTCAACGACAGAGAGGAGCAGAAAAGACGAGAATGTGGCTATTCTTGTAGCCCTTTGAATGTGGTAGACTTGATTGTGGATATTATGTTTATTATAGACATCCTAATAAACTTCAGAACAACCTATGTAAATCAGAACGAAGAAGTGGTAAGTGATCCTGCCAAAATAGCAGTACACTACTTCAAAGGCTGGTTCCTGATTGACATGGTCGCAGCCATCCCTTTTGACTTGCTGATTTTCGGATCAGGCTCTGATGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
ACAACAACACTAATTGGTCTTTTGAAGACTGCACGTCTCCTGCGTCTTGTGCGTGTAGCCAGGAAACTGGACCGATACTCAGAATATGGTGCCGCTGTTCTAATGCTCTTGATGTGCATATTTGCCCTGATTGCCCACTGGCTGGCTTGCATCTGGTATGCGATTGGGAATGTAGAGAGGCCCTATCTGACTGACAAAATTGGATGGTTGGATTCCTTAGGAACACAAATTGGGAAACGTTACAATGACAGTGACTCGAGTTCTGGACCGTCCATTAAAGACAAATACGTCACGGCACTTTACTTTACCTTCAGCAGTCTAACCAGTGTAGGATTTGGAAATGTGTCTCCTAACACCAATTCGGAGAAAATCTTTTCCATTTGTGTCATGTTGATTGGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000007528:ENSRNOT00000009920:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF084125=Ion_trans_N=WD(100=36.6),PF0052026=Ion_trans=PU(31.0=45.8)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(63.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
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Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]