GgaINT0048089 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011082 | KCNH7
Description
potassium channel, voltage gated eag related subfamily H, member 7 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:18863]
Coordinates
chr7:20488808-20495841:+
Coord C1 exon
chr7:20488808-20489233
Coord A exon
chr7:20489234-20495441
Coord C2 exon
chr7:20495442-20495841
Length
6208 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGC
5' ss Score
9.85
3' ss Seq
TATATCTTTTATTTTTACAGACA
3' ss Score
9.18
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTATCCTTAGGGGCTGATGTTCTACCAGAATATAAACTCCAAACACCTCGCATCAACAAGTTTACTATATTGCACTATAGTCCTTTTAAAGCTGTCTGGGACTGGCTAATTTTGTTGCTGGTAATATATACCGCCATATTCACCCCTTATTCTGCTGCCTTCCTTCTGAATGATAGTGAGGAACGGAAGAGAAGAGAGTGTGGATATTCTTGCAGCCCACTGAATGTTGTAGACTTAATTGTGGATATTATGTTTATCATTGACATTCTAATCAACTTCAGAACAACATATGTAAACCAGAATGAAGAAGTGGTAAGTGACCCAGCAAAAATAGCAATTCACTACTTCAAAGGCTGGTTCCTAATTGACATGGTTGCTGCAATACCTTTTGACCTGCTGATTTTTGGCTCTGGCTCTGAAGAG
Seq A exon
GTAAGCTTAAATAAATGAGAAATCTTAAATCTGAAGTTTTGACATTACTACAGTAATCTATATATCCAAATATATATTTTTTACTAATTAATTAATTAGCTTTTTAGTAATTCCATCTTTTAAATTAAAGATAAAATTAGATCCTTCTTAGTACAGTAATGCAGAACATTGTCTGTGTCAAGGAATGTTGTCCTGTCAATGTATTTCATTCACAGGAGAAAAAGTTGAATAATTCAACTAATGTTTTTCTATTAAGTCATATTTGGTATTACCACTACAAATAATGAAATAAATATAATGTATGAAGGATTTGTTCTAATGCTTTTATTTTTGAATTTCTGCTCCTTTGATTTGGTGCTTGCTTTGTAAAAACTGCCCACAAAGAGTCTAAATGTCGTGTTGGTAGTAACACAGTAAAATAAATTATTTCTATTCAAAATCTTTAGATCAGATGTCTAGTCTGTGTAAAACAGATTAGATGAAATGTAGACTATATTATTTGATAGCAATTAACAAAAAGATCTGGCTGTTGTCTATTTTCTCAAGAACATGGACTACCAAAAGAAGATTTGGGGTGAACCTTGCCAGGCTGACAGTTCATGTGACTAATGACTTCATTCTATTTATAGAATGGGTTAACAAAATGCTAAATATATGCATCTGAAAATTGCCCAAAGGTGCATATAAGACATACGTTGTATTCTGGTAGCCTGACCCAATTCTGCCTTCATCCAAAGAATTTTTATTTAATTTAAGATGGTCTAAAGTTGTAACATATAGTTTGATGAAAACTGAACTGACAGGTAGAGTTGTGTTTATTTCTTTTTGTGATGTGTAGAATACAGGATAAAAAACCAGCAAACCCAGCAAAATATGATTCTATCTCTTTTCAAAGAGCAGACATCCATTTCTTAAAGATACAGTTTTGCACATACTGATACAAGGGAGAAAAAGGTTTATCGAGCATGTATACATTTCATTAACTGAGGAAAGTAAAAACACTGAATTAATCAGCAAAATAATAGCATGAAATTTGATTGCATTCCTCTATGTCTTGAAATAGATAAGTCAAAAACTTTTTCATTTTAAAATTAATTCATTTTAATTAAAGCCATCTATGAAACAATAAATATTTCTATGTCTGCCTCAGAAGTCTGAACTGAATTCTGAACACACACTATCTATCCTCACAAGTGACATTTGAATCTATGTATTTAAGATGCATTTTATGTATCTTAATTTATGCAAAACAATTGGCATATACCTAGAAGCACCTTGAGAGTCTTGTGAGATCTTTAAGTCTTAATAAAAATCAGAAGTAGGATGACTATTAGTTGTGCTTTTCTTCATTTTCTCATAATTTATAAAATGAAGAAGTTTTGTTGTCCTTCTGAATAAAATGATCTAATTCAGCAGACATGGAAATCAATAACAGTCCAATCAATAGTGATATTCCTACTGATTTAAACATGAGCATACGCATTCAAGGTAGATGAGTAATCTGGAGACACATGTAGTGTAACAGGATACAGTGGAAGTAAATTTTGTTAAATGAATGCAGTAAGAAGAAAAAGTAATAAAAAGAACAGAGAGAATGCATTAATACTTCTCTTACCGACAGAGAGCTTTTCTGTACAGAATATGACTAAAAAGCTCAGAGATTCAAGAGAAACTTTGCTCACTTTTTGCTTTTATTATGTGTGGTAGATCTCAGTCTTTCAGGATTTTTTTTCTGCAGTTTTGATGACACAGGCACATAAAAGACAAATATTTTGAGAATGGCATTACTTGGACCATATCATTCCCTTGCAAGAACGGTTTTCTCTTTCTGATCACTGAGCACTCATTGCTGCCAAAAGTTATGTTCAGTGAAGAGAAGTGTGGAACAACATGAGTTAGAATGGGGACAAATTCCAAAGCTCAGTGAAGGAGTGCCCATTGGATTTTACCCTGAACATCATTCTCCTCACCTCCCTTGCTATAGAAATCTTTAACAACAAAGTGCTAAGTGCTGAAGTTTAAAGGGACAGTTTTAACATAAGATAAAATCAAGGATTAATAGCAAACAAGTGCATTCCTGCAAATCAGTACACAAGCATCAAAACGTGGAATCTGGAACATAAATTATTGGACCATGTAATGAGTTTTTTCATATTACAGTTGTAAGTAATAAGTAATTGAACCGTTATCAGGAAAAAGTTTGTTTACCTAACCAGTAATATAGACATTATGAACAGTTAATCATGCCATAATGACTTCTCTGCTTCATTCGTGGTATTGAACATATCAATCAATTTCTCTAAGCTGCTACTTACTACAGTTTTGCTTCCTATATTGCTAACTGTAACATTTCCACAGTAATCCCTTTTGATAGTTTAGAGAGAGGAAGAAAATGTATAACTGTTAGAATGAAGCCTTTTCCATTTAATAGATTTTTTTTCAGACATGAGGGTTATCTCTTTTATGAAAAAGCTCTTTTTTGTTACCTGGAGATTCTTCAGAAAAGATCCCCTATGAACAATTGTACTGAACTCTCTCCTTATTAAACAACATAAGCTCCTACGAGAGCTCTGTGTGTGCTCACCCAGCTTTGAAACACCTTGATATCAAACTGAGTGTAGAAAGGGCAAGAGACAATAATCCAAATAGCACATGCAGCAGTATCTGAATGCTTCCATTTGAGCTATACTTTGTCAACCATAGGAAAGCAACAGACAGTTTACTTTCCAATTTCTGAATTTAGGAACTAATATAATTTACTTATTATTATTATTATTATTTTCTTTTTAAAAAGACTCTTAGAATGATTATGCCTGTTAGTAAATGTTTGCCTTTGAGTGTATGTGTGCTTTAAATATTAAGTGATATCTTCAATACTAGGGAAGAGAAAAAAATGGGTAAATAGACTTCTTGGTTTCTATTCTTTTGAAATGTTATTTTTAATCATGATGCTCATCAGAGAGGTCTGGTTCAGATTTTAAATAGCTAATAGTTGCAGTGGCACATCTCCTTAAAACATGAACAGAGATAATGTCCATGTATAAGTGAAATGCTGCTGAAGATTTCTATATATTTTTAGGTATATGCATTTAAAATAATGCAACTTTTCATGCATTCACCATCTTTACACTTCAGAGATAGATACATTGTAATGAAAAATCAGATGGGTGTAGAGCAAAACAGAATTTCTTCCCTTTCATCTCGAACCTACTGCAGTAAAACAACTCAACAGGTGGCGTTAGCAGGATAATTTTCATATTTTTAGTTTTATTTGAGGCCAGACAGAATACTTAGCTGAAATATGCAGAAAAACACCTTTTTTTGTTTCTACAAATAATAATGATCAAAGCTATTTTACAAAACGTGATTTTACAAAAACTAATTTACAAAACATAAACCAAAAAAAAACCATCAACAGAAAAAATTGCTGCACTAGGAAAAAAAAATACATCATGATACCCATATACAGCATACACACAAAATGTAAGTGACAGTATCTTCTATTAGTAGCAATAAACAATTGAAAAAACCAAACAGGTGGTTTTGGGGTAAAATGGAGACATACATTCAAAGCACTCTCGTTCTTTTTTGATATAGTTTTGATACATCTCCACTTCACTACATTGTGTATCTGTTAAAGTAAACTTAAAAGAAGAATCCCACAGTTCTAGAATAAGAGATTGAACCTGATAGTCCTGACTGCAGCATGACTGATCAGTAGGCTTTAACATCACCTTCAAAAGGCTAAATTCTGGCATGTAATAATGATTTGTCTCAGAGAGAAAAAATATAGCTGTGCTTAATGCTATAGTAGTCATGCCTTGTAGATTTAATTGCAGGCTTCAAGAAAGGGAGAAGGATGTTGATTATTTTACAAAAGAAAATTAGATAACAAGAAATTACTGAGAAACAGAGGACCTTACAATACCAGAAAGCTGGAAAGAACCCTGGTAGACGAAACACTGTGTAAGCGAACGCACCTTAATGTACATTAGAAGAGACATTTTGAGCTTCTCATGCATATCAGTGTTCTTATTTTATTTATAAAAGAGACAAATAAGACATGACATTATAGATTTATACATTAATGATAATGGATGCTATGAAAAAATGAAGAAAATTCCCCCCCCCACACACAAATGTAGAGTAAAACTATGAATTTGGACATCAGTGAGAAGGTCATGAGTCATAAATGGCTTTTTGCACAGATAGAATACTATTTATGCAGATAATAAATTAGGTCATAAATACCAGCTCTCTCTTCCAGACTGATACAATAATAACTTCTGAATAATACCCTCTGCAGAGATTGATGCCTTCCTCTTTCCAATCGTGCTGTCATCAATTGCTGTCCATCAAAGTAGCTTGCTGCCATGATCCCTTCATCATCAGGACCCAAGACATTGTTGGTATAAACAAATCTCACTGTTAAAAAAGAAGACTCATCAGACTTAAGAGTACCCTATTGATATATGTAAATATTTTGTAAGATAAGTTCAGCATCCTGTACCCAGAAAACATTTGTCCAGGAGGCAAATAATTGGCAAACTTTAACCTTTCCCAAGGAAGAACTGAATAATTATCCCAAAATCATTAAAGATACCTTTGGCACCTGGGGTGGGATAATGTGTACAATGTACATATATGTAATATACACATATATTACATATGCCATATGGATACTTTATCTACAGACAGGAAGACATACCCAGGACAAGATCCTGGAGAGGAGCTCCACAGTAAAGGATCTGGGGTTCTGGTAGGTGGCAAGGGTGCCCTGGCAGCCAAAATGGCCAGCCATACCCTGGGCTGCATCTGGCCCAGCACTGCAGCCGGGCAAGATAAGGAATTGTCCCACTCTGCTCTGCACTGGTGTGGCCTCACCTCAAGTACCATGAACAGGTTAGGGTACCACAACATGAGAAGGGCATAAAACTAATAAAATTATTAGAAAATGTACAGAGGAGAGCTACAGAAATGTTGAAAGGTCTGAAGGGGAAGACATGAGGAGCTGCTGAGGTCATTTGGTTTGTTAAACCTAGAGAAGAGGAGACTAAGGAAAGAATTCATGCTTTCCAACTCTACTGCCAGCTCTACTTCTAGAGTCAGTGCCTCTCCATTGTGTTAAAGAAAATACAAACTCACTGTGAGTTTCTTGTTTAAAACATATGCAGCTCCACTCTGCTGATTTCACCATGAATACCTGGAGTTTACTTGCATTATACATCTCAGGTATACTCCAGAGCTCACATGGATGCAGTATCTAAGCAGGAGTTTGACACTGAGCATGTATAATATTAGCAAATCTTATCTTAAGGATAGTGTGGAAAATTGTTGACAAATTTGGGATTCACAGTTTACTTACATACATTTTTACAATGCAGTGTAAGAAAATGTTGCATCTTACATAGTTGTCAAGATATGACTACGTCAGTAATAAAATGGTTTCAACTACACCACTAGAACAAATGCTAGCTTTTCTAAAGTTTACTTTCATCATTAAGGAATTATAATTAGTAAAGCCTGATCTAACTTACAAAAAAATTTCCCTAATGGCAATATTTGCACACTGAAGCTTAACATAGGAATAGCTTTTGGAAAGATATATGGTTTCTCAGACTATTGAGGTCACAGTCAATCAAACAGACATTTTTATAGAAATTCTCCCTGATTTGTTACCCAGCTTTACTGTACATTAACCTCTTGCTTGTTTACTCAGAAACATAGACAGTTAAAAGTTTATTTTACTTGTTAATACATCCAAGCATCCAAAAAAGTTTTCAAGGTGCATACTTGATAAGCAAATGTCTAGAAGAAGGGTTATGGTGTCAAGAGATGATTTCTACTTCCTTTTTAAAAAATCAATAAATTTTAATTCAACTGCCAGTTTCTTCATTTTTGGCATCTCTCATTATCATACATAGCAGGTCAAGAATAATACTCAAAATGAACAAGTATTCAGCAGATAATGACAGTGGTCAATATATCTTCATTTAATATATGCACTGCTTATTGTTGTCTTCACTGATTTTGTAATAAATTTGATAGTTCAAACAAAATAAAATCAAGATTCCATTTGAAAGGGTTATTCTACTGCTTACTTCCCAAAAATAATGGAATCACTTCTGGTTTATTCATGCTAATTGAGAGTTAATTTGCTAACCAAAAAAAAAAAATCATTTTCTGTTTATATCTTTTATTTTTACAG
Seq C2 exon
ACAACAACATTAATAGGTCTTCTGAAGACAGCTAGACTGCTGCGTTTGGTGAGGGTAGCACGGAAATTGGACAGATATTCAGAATATGGTGCTGCAGTTCTGATGCTCCTTATGTGCATATTTGCACTAATTGCACACTGGCTTGCTTGTATTTGGTATGCCATTGGAAATGTAGAAAGACCTTACTTGGCTCACAAAATTGGCTGGCTGGATTCTTTAGGAGAGCAATTAGGAAAACACTACAATAAGAGTGATGCAAGTTCTGGACCATCCATCAAGGACAAATACGTTACAGCACTTTATTTTACATTCAGCAGTCTGACAAGTGTAGGATTTGGAAATGTTTCTCCAAACACCAACTCAGAGAAAATCTTTTCCATCTGTGTCATGTTGATTGGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011082:ENSGALT00000018056:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.004
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF084125=Ion_trans_N=WD(100=36.6),PF0052026=Ion_trans=PU(31.0=45.8)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(63.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]