MmuINT0085538 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000059742 | Kcnh7
Description
potassium voltage-gated channel, subfamily H (eag-related), member 7 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2159566]
Coordinates
chr2:62615339-62626072:-
Coord C1 exon
chr2:62625647-62626072
Coord A exon
chr2:62615739-62625646
Coord C2 exon
chr2:62615339-62615738
Length
9908 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
GTACATTTTTATTTCCACAGACA
3' ss Score
8.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTTTCTTTGGGAGCAGATGTCTTGCCAGAATATAAGCTGCAGACGCCACGCATCAACAAATTTACAATATTGCACTACAGTCCTTTCAAAGCAGTCTGGGATTGGCTTATTTTACTCTTGGTCATTTATACTGCTATATTCACCCCCTACTCTGCAGCATTTCTCCTCAATGACAGAGAGGAACAGAAAAGGCGAGAATGTGGCTATTCTTGTAGCCCTTTGAATGTGGTAGACTTGATTGTGGATATTATGTTTATTATAGACATTCTAATAAACTTCAGAACAACCTATGTAAATCAGAATGAAGAAGTGGTAAGTGATCCTGCCAAAATAGCAATACACTACTTCAAAGGCTGGTTCCTGATTGACATGGTTGCAGCCATTCCTTTTGACTTGCTGATTTTTGGATCAGGTTCTGATGAG
Seq A exon
GTAAGAGCTGCTTAAGAATTTTATTCTCTGAAAGACTGCAATTGTAAAACTAAATATACTTTAACTGCAAGAGAAAGTAGTTTCTCCAAAAGTACCTACAACTCAAGGATGAAATTTTCACCTGGAAATACCATAAAATGAAATACAGCAATTTTTCTGTTGTGAATAATTGAAATGTCTTCTATATTTGTGAAAAATACAAAAATACTCTCTATGCTGTAGACAAACAACTTAAATTTTCAAACAAGTGCACACACAGATCATTCAGTATAATCCTAACAAGTAAAATCCCTGCAGATTAAGTTCTTGAGTACAAAGCTATCAAACATGAAGAATGTCTTTCAGTCTTAAGTCACTTATTAGGGTGCAAGCCAAAAAGAGACATGTTCTTAGTTCAAACTATGAAAAATGTAGTACCTTATGAAATTCCTTTATCAAAACTCTTTCACTTCTAGCTCTCATCTTGGAAAAATGCTTACTGTATATTGCTAGTGCCTCATAAAGTTGGAAACTTTAAGGAAACATTACACATACAGATAGTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAAAATAGGTAGATAGATATCAAGTGCATGTTCAGAATAAAAAGTGCATTAAAATAATCAGATCCTTTAAAGAATCTTTGAACCAGATATAGCTGATGTTCCTTTTATTTAACTATCCCTAGTTATTATACTATATAAATATTTATATAATGAAAAGTTTTATAGAAGTTATGTGTCTTAGTTTCCTGTCTAAGGCTTTAATAAAATACCTGGACAAAAAAAATTTACATGATAACAGGTTTACTTTAGCTCACAATTCCAGGTTCTATTGAATCAGTGTGGAAAAGTCAACCCATCAAGACCTTGAAGCAGCTAGTCAAAGGCATAACCAAAGGCAGAGGGAGAATGGGTGTGTGCATCCTTACTGCCTATCTGCTTTCTCTACAGTTGTACAATTCAGGACCCAAACCCAGGAAATGCTGCCACACACTTTAGGCTGGGTCTTCCTACATCAATTGATATATTCAAAAATTATTCCCCTACAGACATGCCACATTCTGTTTAGATAATCCCTTGTTGCAACTGTGCTAATTTGACAGTTTAACGATTAAAACTAACCACCACATTGGTTATGAAAGTAACTCCAAGAAAGTTAACTGAAAAGAAATAAAGTCGATGTGATGAAATTTTGAATAATTCAGTGTCTTTTTCTACCTAATAATTCCTCACCATCTTTGTTTTGTTTGTTTATTTGTATATTTCAAAAAAAAGAAAAAGAAAAAGAAAAAAGAAAAGAAAAGAAAGAAAAAGAGGAGATCCCAACAGATATCTGTTTCCTAGCCACAGAAGGCTTAAGGACAAAGGAGTATTTGTCTACTAGGGGGAATCAATGCCTTTAGAATTAAGTCTCTCCTTCTGCTGGAAGACTGATCAAACAGTAGATTAGTTGAACTCAGGACAATGGAATATGAAAGTCCCAGAACCCTTTAATAATCTGCAAAAGAATGATATTAAAACCACCTTCCTTGTTAGTTTGTTATTTTATTAGGAACTAGAATGAAGTAACACATAGTAATAAAAATAAAATAGTTGATAAACACCTTTTAATGGCAATTTCTAATTTGGGTTGTAAGTAAAAGACAAAAATGTAAAATATTTCATCTTTAATATTTACCTTTGAATTTCTTATGATGGGAGGTACATACTATTTTATCACATAAATTTTCCAGATAAGTTACAGAATAAAATTTCACTGTTTCAAAAAGATTGAGTAGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACTGTGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGACTGTGTAAGTGTGTGTGTGTGTGACTGTGTAAGTATGTGTGTGTGTGTGAGACTGTGTAAGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGACTGTGTAAATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGACTGTGTAAGTGTGTGTGTGTGTGAGACTGTGTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCATTAAATCTATTTATACACACCAACAGTGAATTAGACCTTGGAAAACAAATGAGTAGAAAATAGAATATTAGAAAAAGTTAGTGTACTCATGACATTCAATCAATAATAATCAAAAGAGTGGATATCCAAGTATTCTAATTACAGCCATTAAGGAAGAATTCAATGCTAGACTCTTAATTTCAGTTACTATGCATTTTAAAAAGTGTAAAATTCCTTTAATATATGTAATTCAAATAATCACTACATCAATAATACTGTTGATTAAATTAAAGCAATAAAATGTTTAAGAGGTTCATAACAGGATATGGTGAAATCCTAAGGAAAAGTAGGATGAAGAGAAAAGTGAAGCACTTAAAGTTTATAGAGTGGGGAAATTTGGGGAATGATTAATAAATATGAAAATATTGGGCTTTACATATGCCAGTTACTAGCATGACATTGAAAAATTATTTAGAAGCTGTAAAATTTTGTTGTTGGTGACTCCTTTAGGAATCATAATTCCTACTGACCTTATTTTACTAGGAAGTAAATTAAAATCTAAGGTTGTGTTTACTGGAAACTTTTTTGAACTTCAATTAACTACAAAATATAGTTCACCTGATTCCAGGCCTATGAAGTTAATTATTATCCCAGTTTTGTAGAGATCATTAGCTGGGTTCTTTAGTCCTATGTTGAACATTACTCCTATCAGTAGTAATATGATATACCTCATTCATCAGCTAATGTTTGCTCAGTAGCCTTCAAAGCAGCAGGCACAATTCTAGATTCAGAAGACAATCAAATAGATACTTTCTGCTCTCCATGTACTTATATTTCTAAGTAAATACAAAAGTTAAACAAATCAGGTGAAAAGAAATAATGTGTAGTGGACTAATACAGAGTGGTAGACTAGGATAGAAGACTAAGGAAAGGTCATTTGAGTTCAGACTTGCAAGGCATTTCCACCCATATAAGACTATAATGCAAACAAAACATTGCAAACAAAAGGAAATGATCGTAGCATTTCCTCAATTGATTATTGCGTTTGGAATATTAGAAGAACAACAGTAAAAAGAAAAATGCCAATGACAGCAAGGCTAAATCCAACCCGACATGAGGTGCTGAGATATGAAGACTGAATCACAAAGAGGTGTGAGATCTGTTTATTGTGGCTTCAGTGAGACTCTTTGGAATGGAACTGACTTTGATTGACATTTTAAAAGATTGTGTGGCCTGTTCTCTGTGTGATGGACAGTTTTTGTAAGAGCAAAGGACCCAGATGCAAGCCCACACTGTGATCTATAATGGATAAGAAAACAGTGTGGACACATGATGCAATAGAGGTGTAGAAAAACAGGTAAATGTGTGTGGTATTTTGAATGTCATCTGTAAGAAATTGTTGGTTAATTAAATATCCATTTCAAAAAAGAAAGAAAGAAAAATAAGAACTATGGAAGATTCAAAACACTTTCTGTAGTACATTTGTTGAATTATTCAGGTAGAAGGAGGGAGCAGGGAGAGGGTGATTTTATAAAAAACTTTAATAGAAGATAATGTCTTTAACCAGATGGTAAAATTATAGGAATAAAGGGATGTATTGTGAGGGAGAAAAAGTATATCATAAAATGTTTGGCCACCATAAGTATGAGTTGCCTATTAGTCATACAACTACAGATGGTTGGGAAGCAAATCAGGCACCCTGTCTGCAACTAGAAACATGAATGTCCATAAAAGAGAAGCAGTCTTTACATTAAAAGTCAGATATGATCCCGATAGCATTTCAAATGTAAATGAAGAAAATATCTAATAAAAATTGCTTAAAAAATCAGATATGATCACAGTAATGGATGGTTGGAATCAGTACTGTATCATCAGGTTTATGCATGAGTTTCTGTGTGGATGTTTAAGAGTCTAGAGACTAGGCATGGCCTCACATGCCCATGAACTAAACATATGGAAGAGGCCATTTTTGGCTACACAACAAAACACTATCTTAATAGGTATACAGATACAAACATGCATGCATACACTCACCTGAAGATTCACAATTGGTAGGAAGAAAGGCTTTAATTCTCAAGATTTTCAATTTTAGTTGTGCTGTTTAAACATACAAATGTGGTGGCCACATCTGGAATACAAACATCCAGGTTTTCATTCACTCATTGGCAAACACCTTTAGAAACTATATGCAAATATACATAATCAAATTAATTAAGATGTGCTTTTCTACTGATTAAAAGTTTGAAGCAATTTCTTGCTGAATTATTTGAATGATTTCTTCTCATGTATTAGCACCATTAGTTAGGAAAGAGAAAAATGTTTTTCTCAACGTCAAAGAATTTCTTCCCTCATCTTAATGTTAAACTATAATATATTAACTTTATTTATAGTCAACTCAATCCTCCATTTTTGTAACATAATATTTTGTCTATGAAAGATATATATATATAAACAATAGGACAATGTAACAATATGGTTTTACAAAGGAAGACACAATTGCTCATATTTTTTTCAAACTAACGTAATAAACATAAATAAAGTTTACTGTAAATCAATGTGGTTAGTAATAACTAAAGGATCTCCTTTACTGTTGCAAACACGTTAAGCAAAGTAGATGCTGGTTATTGCTGGGATTGTTCTTGTTAATATCTCCCTGACAGTAAAATCATCTAAAATGAGAAATAATTCTGTGGCTCCTAACACTGGCTACATCAAGTGCGATATTGCCATGACTTCCTTCAATATCATTGATGCTAAAATACGATATCATTCCTTTTGTCATCCAAATGTCAGCTTTGATTGTCTGCCTTAGATTTCCCCATATTTGGTTTATCTATGGCAAATTTTTGATCCATTAACATTTAGAATCCAGAGAACTCTGCTTTGCAACATAGGTCATTATCTCCTTCCTCCCGTGAAAATTAAAATTCTAATTTTCAGTTACTTGCTTTGTTGACTTCTGATTCATG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Seq C2 exon
ACAACGACACTAATTGGTCTTTTGAAGACTGCACGACTCCTGCGTCTTGTGCGCGTAGCCAGGAAACTGGACCGATACTCAGAATATGGTGCGGCTGTTCTAATGCTCTTGATGTGCATATTTGCCCTGATTGCCCACTGGCTGGCTTGCATCTGGTATGCGATTGGGAATGTAGAGAGGCCCTATCTGACTGACAAAATTGGATGGTTGGATTCCTTAGGAACACAAATTGGGAAACGTTACAATGACAGTGACTCGAGTTCTGGACCGTCCATTAAAGACAAATACGTCACGGCACTTTATTTTACCTTCAGCAGTCTAACCAGTGTAGGATTTGGAAATGTGTCTCCTAACACCAATTCGGAGAAAATCTTTTCCATTTGTGTCATGTTGATTGGCT
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000059742-Kcnh7:NM_133207:7
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF084125=Ion_trans_N=WD(100=36.6),PF0052026=Ion_trans=PU(31.0=45.8)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(63.3=100)
Associated events
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(danRer10)
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Fruitfly
(dm6)
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- Muscular differentiation time course
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- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
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