RnoINT0090141 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000014076 | Mbnl1
Description
muscleblind-like splicing regulator 1 [Source:RGD Symbol;Acc:628668]
Coordinates
chr2:150838385-150846727:+
Coord C1 exon
chr2:150838385-150838555
Coord A exon
chr2:150838556-150846526
Coord C2 exon
chr2:150846527-150846727
Length
7971 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGC
5' ss Score
6.64
3' ss Seq
CTTTTTGTTTTAATTTCCAGCCA
3' ss Score
8.92
Exon sequences
Seq C1 exon
GGTCGTTGCTCCAGAGAAAACTGCAAATATCTTCATCCACCCCCTCATTTAAAAACACAATTGGAGATAAATGGGCGGAATAACTTGATTCAGCAGAAGAACATGGCCATGCTGGCCCAGCAAATGCAGTTAGCCAACGCCATGATGCCCGGTGCCCCACTGCAGCCCGTG
Seq A exon
GTGAGCTCACTTTCCACCCACCCCTGTCTGTGTGGTCAAGTGTTCCGTGTCTGTCCTGAAGCAGTGACTGTATGCAGAGGTAGTGGTGGTGGTGGCAGTTAACTTGCAGCATGAACCTGGTGTTTATTAAAGTAGCCATCAAACTTGGTTTAGTTAAAATACATTCCAAATTTCCTTTAAAGATGATAATGATATTTTTCTTAAAAACGAAAGAAAGAAAACTGATAAATGATAAATATGTCTTTAATTTTGAGACTATTCCTTCCTTGTTCCTTTCCTTGAAGAGAATCCCGGTTGTTTTCTTTCTCAAAAAGGAGACTGTGGAAAACTTAACTTGAAATTACTCCGTGGTCAAAAATGGTAGGCAGTTTTTCACAGCGACGAGTCATAAGCATGGCTTGGAAGTCTCATCAGAAGAAAACTAATCAAAATGACAGAACCCAAGGGCCTTTGAAAAGTAGCTATGACTGATCATAGGCACTTAATGTTTTCCTAGCCATGTGTGTTGGTAACTTGTTTATGAATACACATACCTATTTAAATGTTTAGATTTTTGATGTGCATGTGGTTAATGACTTTAATAATCTTATCTATGTAATAGTTAATGTTTGGTTAAAATGGTGTTTATGCTAATATTATACAGAAATCCTGTTACATATGTGATAAAAGTTATAGTGATCACAATATGTCTGGTTAATTTATCGCTAACATATTATGAACTTATAAGGTCATGAGAACACATGTTTTTCTAGTTTGTTAATTGTAGCATGTGTGCTAACTGATTTTTTTTCCTAATACATTTTAACACCTAAACTCAATGTAATTATCATTCTCTCTTAGAACTTAATGCAACAATCATTCCAAAAAAGAGGGGGGGATTGCATTTCGAGGTGGGAGGGATCCCCATATTACACCGGCAGTGATACCAATTATCAATACTGTACAGTCGAGGTGAGAGAATATTATAATTAATTCTCTATCATGTTAATCTGACTTTTATTTTATGACATTATTGGGGGCTCAGTTAAAATGTGATATCTTTATTTTTATGGCATCTCCTTATTTTATATATCTTTACGGTGATATCATAAATATTTTCATTTGGTTAAGAATGTTTTGTATAATCATTTTTTCTTACAGAAAATTCAGTTCTAAATATCTCTTTTGCATTTGGCCCTCATGTATGGTTTCAAAGATCTAGAACAGTTTCTACTTTAGTACATAAGGTTACCTCTCCTTGAAGTGAGGTCCTTTTTTCCACTTAAACCTCTAAATCATACTTACTGGCGTTCTGTGCTCTCTGTGACCCAGAGCACCTCTGAATCAGGCCAGTGTGGGTCTGGAATGGAGGAGACCAGTCTCCGATGCAGCCCTGAGAAGTTAGTTCTCCGTGAAGGCTTGGCCCATTTCCTGACCTTGTCCTTAAATCCTGCTATCATGGCTCATCCAAGGTCATATATGCTTAGCTCTGAAACAAACTGTCAAAGATCTTGATTCTCTTTGAAATGCTAATGACTTGTGTGTTTATATAGTCACTAAATCATAGATCTCTGAAGCCATCCGTATGTAGATTCCTGGTATTTCTGTTAATTTTTTTCTGCATAGACAAAGTAATTATCTGTTTTAGTTATGAGCACAGGCATTATGTTCATTTCTCCCTCACACCATTACAGTTCAATAGGAATTGCCCTCTACAAGGTACTGTGGAACCACAGAGGAAAAGTCTCTATTCAGGATGACGTTTTTGTAATAAGTATTGAAATCACTTCAATTATTCAGACCTAAAGCATTTTTTTTACTGTGATGACTATAAGGAAGGCTTTAATCTGGGGAATTTGTCCTCAAAAACCCCACCTGAGACTTTCTGATCCTCTTTAGAGTCAGCCTGGTTTTGATGGGGATGACAAAGGGATCCAGAAGTAAATGGGATGGCCATAGCCATCTGCTTTCTGGGAATTCAGTTGGAGCTGCCAGTAGGAAATACAAGTGAGCCATGAGCTGCCCTGTCACCAGCATAAGGAGGACTCTGAACACACACAGGCCTGTTGGAGGGCATGGTACAGCATGGACACAGATCAGGCAGGACTGGTGTGAGTGTGGCTTTCTGTGAGCAGATCCACAGTGTGAGAGCATATGAGGAGACAAAGATTGCAGGCGTCAACCAATTTAGCACCAGACATACATGGAGGACAGAAGATGAAGCAGAGTGAGAGCAAACTAAACTTATACATCCAGTATTATGTGCCTGTCTATAGAAGAGGTTCATAACTCACAGACAGAAAAAGAAGGAAGGAAGGAGTTGCCCAGACATCCCTAAACCAGACAGATTCATAGTGGTCTCTCTGCCTTGTGGATGGAACCAGGGCACAAGCCAGAGCTTCACTGCCTCTACAGTGGGCTACAGTAGTCGGCTGTTGTCAACAGTGTTTCCAAGGCAAGTGAGGGGATTGTTAACAGTCACTGTACCACCAGACCATGACATGGAGCAAGCTTGGTTAATGGAGAAATTCATAGGAGACCTTTGTGCTTTCATTAGGTTATCACGCAGTATGCCAATTAAGAAGGAGTACCAGTTTTGAGACAATAAAACAGTTCGCAGCATCTGTTTTACTCAGCAAGTTCTGTATACGCCATTCTCACAACTTTCCTGTGAGCTGGGAAATGTTATGTCGGGTTTAGGATTAAGGCCCAGAGGTTCAGAGTTTAACTCTGTGGCTTAGGTTACACAGCTCATTTTAATCCAGCCAGCCAGATGGAGAGCTCATATGGTAAAAACATACAGTAAACAGGCTCTCTAACTACCTCGGACCTTTGGCTGATTGTTTAAGCTCTTCAATTTTCCACATGGAAATAAAATACAAAATATATTGTCTAGAAAGTCTTTGTAATTATATAAACATCATTTCCATTTCACAAGGTTAATAAAGAAGGAATTGGCTATAGGAAATTTCTTTATATGTCTAATTCATGAAAGTTCACAAAATAAACAGATTTTTAATATTAACTTCTTGGCATTAAGATTTCTAATTAAAATATAAGTGAATTTTTTATCTTTTTATCATATATGATCTTTGAGAATAAGTGAGATTATGATTTGTTTTCAAAATTAAAGAAAACTTTCTGCATTCTTTCATGTTGCTACATCATGATAATGAGAAATTTACATACATTGTAACTCACCCTGAACTGCATCTTCTGGATGACAGCCTAGAAGTTCCTGGTGTACTTCTTTAATCCCCAGGATGCTGTTCTTTAGAAACCAAACCGTATTGCTCCAAGCTCTCTGCATTGCCCTGTGTGGTCAGGGGTTACCGAGGACTCAGCATGAGCTCAGGAGTTCCGTTAGTGTGCCGTTTCCTGATTACTTGGGACCTGGGTTAGCAGTGACTTACAGAGTTCCTAGAGCAGCTGCTCCTCAGGTGCACACAAGCCCTGGAGACATATAACCTATGTAGAAATCCCAGGTATTTAGTGAATCTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGCGGCTGTTAGCAGTGACTTACAGAGTTCCTAGAGCAGCTGCTCCTCAGGTGCACACAAGCCCTGGAGACATATAACCTATGTAGAAATCCCAGGTATTTAGTGAATCTGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGCGGCTGTTCAGAGTTCAAGAGCAGTTTAGTTCCTCTTGTCACCTTGACTTTGCCAATCTTTCATATTCTCAGGGTTTCTTGGCAGTGGATGAAGAATGCTTTGAAGTTATCGTTTGTCAGACTCCCAGACCACCTAGAATTTGCCAGAACTTTCTATGCTTATTGTCTTGTTATCCACCTCATGACAATAAGGCCAGTCCACTCTATAGTGTCTCTAGAAAAATATTTTTCATCAGCCGCATTGGCTTGTTCATCTGTTTTGCCATGTATCAGTGATTCTGAATTTCCAAGCAGTCTGTGATCAGTCCCTGAGCTGTAAGAATAGACCTGGGTCCATTTGAAGCCTTTATACTGAGAGGATCTTAAATGAGACTCACTATTTAAATGTTTGTTTCAATAAAACTGGATCATAGGATAAAGTGAAGCAGAGTAAAGAGTGTATTCATTCCTTCCTCTTCCCATTCACAAGCTGTGAGTAGAGTCCACAACACCCTTTACTCTGTTCCAGCCAAATGCTACATCATTCTTAGACAAAAACCTGAATGTGGATTTATTGACGATTCCAGTTAGCTCTGAATGCTATGTTCAAAACAATGGCTCACTAAAACTATTTCTGTGTGTTTACAAAATGGTGCTTGCAAAGAAACAGTTGCCTATATTTGGGACATCCTACTATTTTAAGAGCTTGACTTTTTATTGCTTACAAGTTTGACTGCAGCATGTATGTATATACATGTGCAAACATTCTACTAAGCATACATGTATACACATGTGCATTACCAAGCATACACTTGTACACATGCACAAATGTACTACTAAATATACATGTGTACATATGTACACATTTAACTAAGCATACACACATATGCATGCACATATTCCACTGATCATACACATGTATACATAGTCACATTTTACTAAGCATATATGTGAACACATGAACACACTCTAGGAAAATCTGACTTGTAAAGTTTCTGTTCCATAAATTTCAAAATGATAAATTTAGAATCATATATATGTATGTATATCTGAACTTTCTGTTTTATAAAAAACACAATTTTTACCATTTTAAAATAAACAACCTTGTGATAGTGACTGTGTTACAGAATAATAGTTAAAATACTTAAGATGTAATGTTAATATAAAAGTTAGAAAAATAAGCTTGTATATATTCATTATAAAGTAAAAACTAAATTCTAAGGTGGAAAAAAGATTATATGATTAATTCTCTTTACCATCTAGATATCTGTGCTAGAAATATGTATTTGCTAGTTTTGCTGG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Seq C2 exon
CCAATGTTTTCAGTTGCACCAAGCTTAGCCACCAATGCATCAGCAGCCTTTAATCCCTACCTGGGGCCTGTTTCCCCAAGCCTGGTTCCAGCAGAGATCTTGCCGACTGCACCAATGTTGGTCACGGGGAATCCTGGAGTTCCGGTGCCAGCAGCTGCTGCAGCTGCTGCACAGAAGTTAATGCGGACAGACAGACTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000014076:ENSRNOT00000036808:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (disopred):
C1=NA A=NA C2=NA
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0064219=zf-CCCH=PU(11.1=4.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]